229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_1461 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_1461  exonuclease V subunit alpha  100 
 
 		 496 aa  1031    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00677876  normal  0.63958 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0232  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  66.87 
 
 		 475 aa  687    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.14834  normal  0.233843 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2665  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  50.31 
 
 		 474 aa  483  1e-135  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1469  exonuclease V subunit alpha  48.88 
 
 		 480 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.232256 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4515  exonuclease V subunit alpha  45.38 
 
 		 469 aa  410  1e-113  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0521  ATP-dependent exodeoxyribonuclease  42.97 
 
 		 473 aa  388  1e-106  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10593  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V), alpha subunit - helicase superfamily I member  41.46 
 
 		 476 aa  370  1e-101  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1303  helicase, putative  40.12 
 
 		 471 aa  354  2e-96  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3509  exonuclease V subunit alpha  35.57 
 
 		 924 aa  227  3e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.996983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1226  exonuclease V subunit alpha  35.57 
 
 		 924 aa  227  3e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688264 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2955  hypothetical protein  32.68 
 
 		 488 aa  224  4e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0703173  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0683  ribonuclease H  31.74 
 
 		 754 aa  206  8e-52  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2849  AAA ATPase  30.54 
 
 		 678 aa  180  5.999999999999999e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0353435  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5077  putative deoxyribonuclease  27.56 
 
 		 365 aa  92.8  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1343  hypothetical protein  26.38 
 
 		 373 aa  92.8  1e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000254854  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1387  hypothetical protein  26.38 
 
 		 373 aa  92.4  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.102316  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1491  exonuclease V subunit alpha  27.14 
 
 		 375 aa  92  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3841  putative deoxyribonuclease  28.63 
 
 		 365 aa  92.4  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2140  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  25.97 
 
 		 363 aa  90.5  5e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2796  exodeoxyribonuclease V  25.93 
 
 		 376 aa  90.5  7e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.517009  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2487  putative deoxyribonuclease  27.35 
 
 		 365 aa  89.7  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.280682  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1994  exodeoxyribonuclease V  26.4 
 
 		 375 aa  89.7  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1808  exodeoxyribonuclease V  26.71 
 
 		 373 aa  89.4  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4249  putative deoxyribonuclease  27.99 
 
 		 365 aa  89  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2514  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  27.14 
 
 		 375 aa  88.2  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.237198  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2770  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  26.3 
 
 		 375 aa  87.8  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.527428  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0255  putative deoxyribonuclease  25.21 
 
 		 367 aa  86.3  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.0109793 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2772  Exodeoxyribonuclease V  36.52 
 
 		 653 aa  82.4  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00547941  hitchhiker  0.000384136 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0089  exonuclease V subunit alpha  32.82 
 
 		 813 aa  81.6  0.00000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.930068  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5462  putative deoxyribonuclease  24.95 
 
 		 368 aa  81.6  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3505  putative deoxyribonuclease  23.74 
 
 		 363 aa  80.9  0.00000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.618009  normal  0.621388 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0919  hypothetical protein  26.65 
 
 		 369 aa  80.5  0.00000000000007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.551853  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  34.39 
 
 		 726 aa  79.7  0.0000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1462  helicase RecD/TraA  38.51 
 
 		 739 aa  78.2  0.0000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5834  DNA helicase, putative  28.43 
 
 		 462 aa  77.8  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  37.36 
 
 		 735 aa  77.8  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  33.81 
 
 		 733 aa  77  0.0000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  30.92 
 
 		 744 aa  77.4  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  36.84 
 
 		 744 aa  77  0.0000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1619  hypothetical protein  35.75 
 
 		 761 aa  76.6  0.0000000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00216862  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2658  Exodeoxyribonuclease V  35.39 
 
 		 659 aa  76.6  0.0000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0285632  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  33.79 
 
 		 711 aa  76.3  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  35.67 
 
 		 742 aa  76.3  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.130609 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  37.1 
 
 		 736 aa  75.5  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  34.41 
 
 		 728 aa  75.9  0.000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  34.36 
 
 		 733 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6207  helicase, RecD/TraA family  36.84 
 
 		 725 aa  75.9  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  35.59 
 
 		 728 aa  75.5  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  37.14 
 
 		 738 aa  75.9  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  34.36 
 
 		 733 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  35.05 
 
 		 740 aa  74.7  0.000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  35.67 
 
 		 742 aa  74.7  0.000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  36.84 
 
 		 754 aa  74.3  0.000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1859  hypothetical protein  26.48 
 
 		 369 aa  73.9  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0230  RecD/TraA family helicase  34.5 
 
 		 741 aa  73.6  0.000000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  27.64 
 
 		 727 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11171  exodeoxyribonuclease V  26.02 
 
 		 486 aa  72.8  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0885219  normal  0.565866 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0594  exodeoxyribonuclease V  26.65 
 
 		 369 aa  72.4  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1552  helicase RecD/TraA  36.26 
 
 		 739 aa  72  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.338597  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3584  Exodeoxyribonuclease V  28.76 
 
 		 720 aa  72  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.68504 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4487  Exodeoxyribonuclease V  34.24 
 
 		 738 aa  72.4  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00100877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2433  RecD/TraA family helicase  23.22 
 
 		 744 aa  72.4  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  35.06 
 
 		 731 aa  72  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1393  RecD/TraA family helicase  37.42 
 
 		 719 aa  72.4  0.00000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0674  putative deoxyribonuclease  25 
 
 		 373 aa  72.4  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.663725 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0685  putative deoxyribonuclease  25 
 
 		 373 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  35.67 
 
 		 738 aa  71.6  0.00000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  35.96 
 
 		 736 aa  71.2  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  34.5 
 
 		 750 aa  71.2  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0764  helicase, RecD/TraA family  35.47 
 
 		 728 aa  71.2  0.00000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0607896  normal  0.527893 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2143  RecD/TraA family helicase  33.33 
 
 		 744 aa  70.9  0.00000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1425  helicase, RecD/TraA family  34.44 
 
 		 737 aa  70.5  0.00000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  33.33 
 
 		 762 aa  70.5  0.00000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0213  helicase, RecD/TraA family  34.25 
 
 		 740 aa  70.1  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.629499  normal  0.0445082 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2311  helicase, RecD/TraA family  34.07 
 
 		 726 aa  70.1  0.00000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  34.44 
 
 		 728 aa  70.1  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5748  helicase, RecD/TraA family  33.91 
 
 		 768 aa  69.7  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0648  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  25.57 
 
 		 372 aa  68.9  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.58481 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1405  Exodeoxyribonuclease V  33.33 
 
 		 1214 aa  68.9  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3839  helicase, RecD/TraA family  35.84 
 
 		 750 aa  68.2  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0839164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0679  hypothetical protein  25.4 
 
 		 486 aa  68.6  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0446  RecD/TraA family helicase  34.09 
 
 		 735 aa  66.6  0.0000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000295111  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3054  helicase, RecD/TraA family  34.15 
 
 		 726 aa  66.6  0.0000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  32.18 
 
 		 727 aa  65.9  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8706  helicase, RecD/TraA family  35.08 
 
 		 740 aa  66.2  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.671857  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4089  putative deoxyribonuclease  25 
 
 		 372 aa  66.2  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0244  helicase, RecD/TraA family  36.88 
 
 		 728 aa  65.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15131  exodeoxyribonuclease V  24.8 
 
 		 448 aa  66.2  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1221  helicase, RecD/TraA family  33.54 
 
 		 731 aa  65.5  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1757  helicase, RecD/TraA family  34.5 
 
 		 746 aa  65.5  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0243  helicase RecD/TraA  32.6 
 
 		 749 aa  65.1  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0357399  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1650  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.54 
 
 		 526 aa  65.1  0.000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4895  exodeoxyribonuclease V  31.82 
 
 		 776 aa  65.1  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.382382  normal  0.0563011 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3613  RecD/TraA family helicase  33.94 
 
 		 719 aa  64.7  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3380  RecD/TraA family helicase  33.33 
 
 		 742 aa  64.7  0.000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.586227 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4672  putative deoxyribonuclease  35.59 
 
 		 372 aa  63.9  0.000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2249  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  34.97 
 
 		 746 aa  63.9  0.000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000721338  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3541  RecD/TraA family helicase  33.91 
 
 		 731 aa  63.9  0.000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2726  helicase, RecD/TraA family  32.1 
 
 		 741 aa  63.2  0.000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000501325  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5408  helicase, RecD/TraA family  31.19 
 
 		 741 aa  63.2  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.68949  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>