222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG1303 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PG1303  helicase, putative  100 
 
 		 471 aa  967    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10593  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V), alpha subunit - helicase superfamily I member  42.14 
 
 		 476 aa  372  1e-102  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0232  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  42.19 
 
 		 475 aa  364  2e-99  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.14834  normal  0.233843 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1469  exonuclease V subunit alpha  40.73 
 
 		 480 aa  356  5.999999999999999e-97  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.232256 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1461  exonuclease V subunit alpha  40.12 
 
 		 496 aa  354  1e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00677876  normal  0.63958 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4515  exonuclease V subunit alpha  39.35 
 
 		 469 aa  353  5e-96  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0521  ATP-dependent exodeoxyribonuclease  41.54 
 
 		 473 aa  350  2e-95  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2665  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  40.78 
 
 		 474 aa  327  3e-88  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0683  ribonuclease H  31.8 
 
 		 754 aa  234  2.0000000000000002e-60  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3509  exonuclease V subunit alpha  34.54 
 
 		 924 aa  231  3e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.996983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1226  exonuclease V subunit alpha  34.54 
 
 		 924 aa  231  3e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688264 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2955  hypothetical protein  31.61 
 
 		 488 aa  221  1.9999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0703173  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2849  AAA ATPase  31.82 
 
 		 678 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0353435  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0955  exodeoxyribonuclease V  27.51 
 
 		 369 aa  114  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.219189 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0594  exodeoxyribonuclease V  27.03 
 
 		 369 aa  111  3e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0686  exodeoxyribonuclease V  26.81 
 
 		 369 aa  108  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1343  hypothetical protein  26.39 
 
 		 373 aa  106  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000254854  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0255  putative deoxyribonuclease  29.17 
 
 		 367 aa  105  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.0109793 
 
 
-
 
NC_004310  BR1387  hypothetical protein  26.39 
 
 		 373 aa  105  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.102316  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2514  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  27.21 
 
 		 375 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.237198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1808  exodeoxyribonuclease V  26.82 
 
 		 373 aa  104  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1859  hypothetical protein  27.79 
 
 		 369 aa  104  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1281  deoxyribonuclease  26.8 
 
 		 369 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1994  exodeoxyribonuclease V  27.1 
 
 		 375 aa  103  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2796  exodeoxyribonuclease V  26.67 
 
 		 376 aa  103  6e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.517009  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3505  putative deoxyribonuclease  28.01 
 
 		 363 aa  103  9e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.618009  normal  0.621388 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3837  putative deoxyribonuclease  26.26 
 
 		 397 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.738872  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2770  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  26.78 
 
 		 375 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.527428  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0919  hypothetical protein  27.51 
 
 		 369 aa  100  8e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.551853  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5462  putative deoxyribonuclease  28.35 
 
 		 368 aa  99.4  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1466  exodeoxyribonuclease V  25.49 
 
 		 369 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2140  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  27.37 
 
 		 363 aa  99  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4672  putative deoxyribonuclease  28.02 
 
 		 372 aa  97.1  6e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0648  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  28.1 
 
 		 372 aa  94.4  4e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.58481 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1491  exonuclease V subunit alpha  26.61 
 
 		 375 aa  93.6  6e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  26.99 
 
 		 738 aa  94  6e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3841  putative deoxyribonuclease  26.37 
 
 		 365 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0674  putative deoxyribonuclease  27.71 
 
 		 373 aa  92  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.663725 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0685  putative deoxyribonuclease  27.71 
 
 		 373 aa  90.9  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4249  putative deoxyribonuclease  26.15 
 
 		 365 aa  88.2  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2658  Exodeoxyribonuclease V  34.45 
 
 		 659 aa  87.8  4e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0285632  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1425  helicase, RecD/TraA family  25.1 
 
 		 737 aa  87.4  6e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2487  putative deoxyribonuclease  26.37 
 
 		 365 aa  86.3  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.280682  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5077  putative deoxyribonuclease  25.55 
 
 		 365 aa  84.7  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2622  putative deoxyribonuclease  29.12 
 
 		 373 aa  84  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4089  putative deoxyribonuclease  29.85 
 
 		 372 aa  84  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2348  RecD/TraA family helicase  27.48 
 
 		 722 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5834  DNA helicase, putative  25.15 
 
 		 462 aa  81.3  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3380  RecD/TraA family helicase  26.65 
 
 		 742 aa  79.7  0.00000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.586227 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1462  helicase RecD/TraA  25.22 
 
 		 739 aa  77.8  0.0000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  34.46 
 
 		 728 aa  75.9  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0764  helicase, RecD/TraA family  31.96 
 
 		 728 aa  73.9  0.000000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0607896  normal  0.527893 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0818  RecD/TraA family helicase  26.24 
 
 		 688 aa  73.2  0.00000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.662153  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  28.21 
 
 		 744 aa  72.4  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2673  RecD/TraA family helicase  25.2 
 
 		 736 aa  71.6  0.00000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11171  exodeoxyribonuclease V  24.7 
 
 		 486 aa  70.9  0.00000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0885219  normal  0.565866 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1619  hypothetical protein  24.9 
 
 		 761 aa  70.5  0.00000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00216862  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  32.2 
 
 		 731 aa  69.3  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0446  RecD/TraA family helicase  33.33 
 
 		 735 aa  69.3  0.0000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000295111  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1405  Exodeoxyribonuclease V  33.17 
 
 		 1214 aa  68.2  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1909  RecD/TraA family helicase  26.16 
 
 		 732 aa  68.2  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.564024  unclonable  0.000014529 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  34.3 
 
 		 750 aa  68.2  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1393  RecD/TraA family helicase  34.12 
 
 		 719 aa  67.8  0.0000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  32.34 
 
 		 738 aa  67.8  0.0000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4895  exodeoxyribonuclease V  29.03 
 
 		 776 aa  67.8  0.0000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.382382  normal  0.0563011 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2772  Exodeoxyribonuclease V  31.75 
 
 		 653 aa  67.8  0.0000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00547941  hitchhiker  0.000384136 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  31.89 
 
 		 728 aa  65.9  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0741  exodeoxyribonuclease V  22.65 
 
 		 481 aa  66.2  0.000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.384305  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6207  helicase, RecD/TraA family  31.89 
 
 		 725 aa  66.2  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  27.68 
 
 		 744 aa  66.2  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2249  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  31.18 
 
 		 746 aa  65.9  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000721338  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  26.19 
 
 		 727 aa  65.9  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  32.77 
 
 		 762 aa  64.7  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  22.68 
 
 		 907 aa  64.3  0.000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2433  RecD/TraA family helicase  30.59 
 
 		 744 aa  64.7  0.000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2143  RecD/TraA family helicase  30.59 
 
 		 744 aa  64.7  0.000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  30.29 
 
 		 711 aa  64.7  0.000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  30.17 
 
 		 728 aa  63.9  0.000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2305  AAA ATPase  24.57 
 
 		 747 aa  63.9  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476827  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1552  helicase RecD/TraA  32.97 
 
 		 739 aa  63.9  0.000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.338597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  30.29 
 
 		 733 aa  63.9  0.000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2495  helicase, RecD/TraA family  26.37 
 
 		 784 aa  63.9  0.000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09351  exodeoxyribonuclease V  25.45 
 
 		 491 aa  63.9  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.199442 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  30.56 
 
 		 733 aa  63.2  0.000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0679  hypothetical protein  22.47 
 
 		 486 aa  63.2  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  30.56 
 
 		 733 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0243  helicase RecD/TraA  31.15 
 
 		 749 aa  62.4  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0357399  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  30.86 
 
 		 727 aa  62  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2311  helicase, RecD/TraA family  32.09 
 
 		 726 aa  62  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5748  helicase, RecD/TraA family  31.46 
 
 		 768 aa  62  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3054  helicase, RecD/TraA family  31.61 
 
 		 726 aa  62.4  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0646  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  23.79 
 
 		 573 aa  61.6  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.547153  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1922  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  25 
 
 		 698 aa  61.6  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0245308  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  33.89 
 
 		 754 aa  61.6  0.00000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0244  helicase, RecD/TraA family  31.29 
 
 		 728 aa  61.6  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0230  RecD/TraA family helicase  30.27 
 
 		 741 aa  61.6  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  31.11 
 
 		 742 aa  61.2  0.00000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.130609 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3584  Exodeoxyribonuclease V  31.02 
 
 		 720 aa  60.8  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.68504 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  32.61 
 
 		 726 aa  60.8  0.00000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  26.04 
 
 		 735 aa  60.8  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>