218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_0521 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013162  Coch_0521  ATP-dependent exodeoxyribonuclease  100 
 
 
473 aa  980    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10593  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V), alpha subunit - helicase superfamily I member  55.49 
 
 
476 aa  526  1e-148  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4515  exonuclease V subunit alpha  55.6 
 
 
469 aa  526  1e-148  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1469  exonuclease V subunit alpha  48.49 
 
 
480 aa  443  1e-123  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.232256 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2665  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  46.68 
 
 
474 aa  406  1.0000000000000001e-112  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0232  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  46.06 
 
 
475 aa  399  9.999999999999999e-111  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.14834  normal  0.233843 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1461  exonuclease V subunit alpha  42.97 
 
 
496 aa  388  1e-107  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00677876  normal  0.63958 
 
 
-
 
NC_002950  PG1303  helicase, putative  41.54 
 
 
471 aa  350  2e-95  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0683  ribonuclease H  34.6 
 
 
754 aa  228  1e-58  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3509  exonuclease V subunit alpha  34.65 
 
 
924 aa  227  3e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.996983  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1226  exonuclease V subunit alpha  34.65 
 
 
924 aa  227  3e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.688264 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2955  hypothetical protein  32.19 
 
 
488 aa  196  9e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0703173  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2849  AAA ATPase  29.53 
 
 
678 aa  157  3e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0353435  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0648  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  27.85 
 
 
372 aa  102  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.58481 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4672  putative deoxyribonuclease  27.29 
 
 
372 aa  102  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1859  hypothetical protein  26.87 
 
 
369 aa  100  5e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0674  putative deoxyribonuclease  27.41 
 
 
373 aa  98.2  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.663725 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0955  exodeoxyribonuclease V  26.46 
 
 
369 aa  97.8  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.219189 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0685  putative deoxyribonuclease  27.19 
 
 
373 aa  96.7  7e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3837  putative deoxyribonuclease  26.48 
 
 
397 aa  96.7  8e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.738872  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0255  putative deoxyribonuclease  25.65 
 
 
367 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.0109793 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1994  exodeoxyribonuclease V  25.48 
 
 
375 aa  95.9  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1466  exodeoxyribonuclease V  26.08 
 
 
369 aa  94.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2487  putative deoxyribonuclease  27.05 
 
 
365 aa  94.4  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.280682  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3841  putative deoxyribonuclease  27.59 
 
 
365 aa  94.4  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5462  putative deoxyribonuclease  26.26 
 
 
368 aa  93.6  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1281  deoxyribonuclease  25.85 
 
 
369 aa  92.8  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1343  hypothetical protein  25.05 
 
 
373 aa  91.3  3e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000254854  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4089  putative deoxyribonuclease  28.2 
 
 
372 aa  90.9  5e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5077  putative deoxyribonuclease  26.93 
 
 
365 aa  90.5  5e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1387  hypothetical protein  24.52 
 
 
373 aa  89.4  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.102316  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2622  putative deoxyribonuclease  28.45 
 
 
373 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2796  exodeoxyribonuclease V  25.32 
 
 
376 aa  87.8  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.517009  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4249  putative deoxyribonuclease  26.61 
 
 
365 aa  87.8  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1491  exonuclease V subunit alpha  25.49 
 
 
375 aa  87.4  5e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2770  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  24.74 
 
 
375 aa  87  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.527428  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1462  helicase RecD/TraA  37.36 
 
 
739 aa  85.9  0.000000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  34.65 
 
 
727 aa  85.1  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2514  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  24.3 
 
 
375 aa  85.1  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.237198  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0919  hypothetical protein  25.76 
 
 
369 aa  85.1  0.000000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.551853  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1808  exodeoxyribonuclease V  23.93 
 
 
373 aa  85.9  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3505  putative deoxyribonuclease  24.78 
 
 
363 aa  85.1  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.618009  normal  0.621388 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  33.83 
 
 
735 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2249  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  26.86 
 
 
746 aa  82.4  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000721338  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0446  RecD/TraA family helicase  28.62 
 
 
735 aa  81.3  0.00000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000295111  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11171  exodeoxyribonuclease V  26.11 
 
 
486 aa  80.5  0.00000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0885219  normal  0.565866 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0594  exodeoxyribonuclease V  28.04 
 
 
369 aa  80.5  0.00000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  35.36 
 
 
736 aa  80.1  0.00000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  31.78 
 
 
754 aa  79.3  0.0000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0818  RecD/TraA family helicase  33.17 
 
 
688 aa  79.7  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.662153  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0089  exonuclease V subunit alpha  25.44 
 
 
813 aa  79  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.930068  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  33.33 
 
 
726 aa  77.8  0.0000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0686  exodeoxyribonuclease V  28.57 
 
 
369 aa  77.4  0.0000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  32.61 
 
 
728 aa  77.4  0.0000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  33.33 
 
 
728 aa  77.4  0.0000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1425  helicase, RecD/TraA family  29.03 
 
 
737 aa  77  0.0000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3380  RecD/TraA family helicase  32.26 
 
 
742 aa  76.6  0.0000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.586227 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1757  helicase, RecD/TraA family  33.52 
 
 
746 aa  76.6  0.0000000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0302  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  28 
 
 
744 aa  76.3  0.000000000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3839  helicase, RecD/TraA family  36.11 
 
 
750 aa  76.3  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0839164  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4487  Exodeoxyribonuclease V  31.18 
 
 
738 aa  75.5  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00100877  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  32.96 
 
 
742 aa  75.1  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.130609 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  33.33 
 
 
742 aa  75.1  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  36.02 
 
 
738 aa  74.7  0.000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  30.37 
 
 
744 aa  74.7  0.000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  33.69 
 
 
733 aa  74.7  0.000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2433  RecD/TraA family helicase  32.4 
 
 
744 aa  75.1  0.000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2143  RecD/TraA family helicase  32.4 
 
 
744 aa  75.1  0.000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0230  RecD/TraA family helicase  33.33 
 
 
741 aa  74.7  0.000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  32.18 
 
 
738 aa  74.3  0.000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  32.35 
 
 
728 aa  74.7  0.000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5748  helicase, RecD/TraA family  29.9 
 
 
768 aa  74.3  0.000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6207  helicase, RecD/TraA family  33.52 
 
 
725 aa  73.9  0.000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  31.5 
 
 
740 aa  73.9  0.000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  32.17 
 
 
744 aa  73.9  0.000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1393  RecD/TraA family helicase  34.16 
 
 
719 aa  73.6  0.000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0764  helicase, RecD/TraA family  32.37 
 
 
728 aa  73.2  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0607896  normal  0.527893 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0246  RecD/TraA family helicase  24.83 
 
 
742 aa  72.8  0.00000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1552  helicase RecD/TraA  33.51 
 
 
739 aa  73.2  0.00000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.338597  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  30.99 
 
 
731 aa  72.8  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0243  helicase RecD/TraA  30.88 
 
 
749 aa  72  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0357399  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  33.89 
 
 
750 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2311  helicase, RecD/TraA family  32.24 
 
 
726 aa  72.4  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  33.52 
 
 
736 aa  71.6  0.00000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2140  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  26.9 
 
 
363 aa  71.2  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1619  hypothetical protein  33.15 
 
 
761 aa  71.2  0.00000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00216862  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0213  helicase, RecD/TraA family  29.38 
 
 
740 aa  70.9  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.629499  normal  0.0445082 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2403  helicase, RecD/TraA family  31.5 
 
 
747 aa  70.1  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934653 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0244  helicase, RecD/TraA family  34.55 
 
 
728 aa  70.1  0.00000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5834  DNA helicase, putative  24.09 
 
 
462 aa  70.1  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  32.02 
 
 
762 aa  69.7  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1106  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  30.89 
 
 
766 aa  69.3  0.0000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.710549  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3541  RecD/TraA family helicase  30.39 
 
 
731 aa  69.7  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  24.6 
 
 
727 aa  68.9  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0186  RecD/TraA family helicase  33.94 
 
 
728 aa  68.6  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  25.86 
 
 
733 aa  68.2  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1903  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  24.94 
 
 
833 aa  67.4  0.0000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0758  helicase, RecD/TraA family  25.46 
 
 
719 aa  67.4  0.0000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3273  RecD/TraA family helicase  29.9 
 
 
731 aa  67.8  0.0000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  28.57 
 
 
711 aa  67  0.0000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>