268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_4089 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_2622  putative deoxyribonuclease  95.17 
 
 		 373 aa  694    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4089  putative deoxyribonuclease  100 
 
 		 372 aa  754    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2487  putative deoxyribonuclease  61.46 
 
 		 365 aa  427  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.280682  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5077  putative deoxyribonuclease  61.19 
 
 		 365 aa  427  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3841  putative deoxyribonuclease  60.92 
 
 		 365 aa  427  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4249  putative deoxyribonuclease  61.99 
 
 		 365 aa  426  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2140  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  58.87 
 
 		 363 aa  426  1e-118  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3505  putative deoxyribonuclease  55.85 
 
 		 363 aa  400  9.999999999999999e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.618009  normal  0.621388 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0255  putative deoxyribonuclease  54.96 
 
 		 367 aa  382  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.0109793 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0674  putative deoxyribonuclease  53.62 
 
 		 373 aa  380  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.663725 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5462  putative deoxyribonuclease  55.14 
 
 		 368 aa  379  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4672  putative deoxyribonuclease  54.16 
 
 		 372 aa  379  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1994  exodeoxyribonuclease V  52.94 
 
 		 375 aa  379  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0685  putative deoxyribonuclease  53.35 
 
 		 373 aa  380  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0648  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  53.62 
 
 		 372 aa  379  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.58481 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2514  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  52.14 
 
 		 375 aa  378  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.237198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2796  exodeoxyribonuclease V  52.27 
 
 		 376 aa  377  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.517009  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2770  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  51.6 
 
 		 375 aa  376  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.527428  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1808  exodeoxyribonuclease V  52.15 
 
 		 373 aa  375  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1387  hypothetical protein  51.61 
 
 		 373 aa  372  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.102316  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1343  hypothetical protein  51.61 
 
 		 373 aa  372  1e-102  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000254854  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1491  exonuclease V subunit alpha  52 
 
 		 375 aa  372  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1859  hypothetical protein  53.72 
 
 		 369 aa  370  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1466  exodeoxyribonuclease V  51.72 
 
 		 369 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0955  exodeoxyribonuclease V  51.46 
 
 		 369 aa  363  2e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.219189 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1281  deoxyribonuclease  51.46 
 
 		 369 aa  362  8e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0919  hypothetical protein  51.77 
 
 		 369 aa  360  2e-98  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.551853  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3837  putative deoxyribonuclease  51.46 
 
 		 397 aa  359  4e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.738872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0686  exodeoxyribonuclease V  49.47 
 
 		 369 aa  359  5e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0594  exodeoxyribonuclease V  50 
 
 		 369 aa  353  2.9999999999999997e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2849  AAA ATPase  28.81 
 
 		 678 aa  113  6e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0353435  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3584  Exodeoxyribonuclease V  29.64 
 
 		 720 aa  97.4  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.68504 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0521  ATP-dependent exodeoxyribonuclease  28.2 
 
 		 473 aa  95.9  1e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10593  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V), alpha subunit - helicase superfamily I member  24.68 
 
 		 476 aa  94  4e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3656  AAA ATPase  31.72 
 
 		 641 aa  92.4  1e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.29435  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0608  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  28.1 
 
 		 825 aa  91.3  3e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1303  helicase, putative  29.85 
 
 		 471 aa  89.7  7e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3625  AAA ATPase  28.35 
 
 		 511 aa  89.7  7e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.107724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2665  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  27.17 
 
 		 474 aa  89.4  9e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2850  putative ATPase  28.06 
 
 		 511 aa  88.2  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.935903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  31.31 
 
 		 726 aa  86.3  8e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2955  hypothetical protein  23.49 
 
 		 488 aa  85.9  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0703173  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  28.09 
 
 		 740 aa  85.9  0.000000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0683  ribonuclease H  24.71 
 
 		 754 aa  85.9  0.000000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2772  Exodeoxyribonuclease V  28.72 
 
 		 653 aa  84  0.000000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00547941  hitchhiker  0.000384136 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2619  AAA ATPase  29.29 
 
 		 566 aa  82  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4515  exonuclease V subunit alpha  23.95 
 
 		 469 aa  82  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0959  ATPase  29.29 
 
 		 566 aa  82  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.975549  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0244  helicase, RecD/TraA family  27.27 
 
 		 728 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0246  RecD/TraA family helicase  26.58 
 
 		 742 aa  80.9  0.00000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  28.33 
 
 		 738 aa  80.5  0.00000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0232  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  25 
 
 		 475 aa  80.5  0.00000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.14834  normal  0.233843 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  26.37 
 
 		 727 aa  80.5  0.00000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  28.83 
 
 		 728 aa  80.1  0.00000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3010  AAA ATPase  29.52 
 
 		 563 aa  80.1  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.71626 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0186  RecD/TraA family helicase  27.32 
 
 		 728 aa  79.7  0.00000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  26.79 
 
 		 728 aa  79.7  0.00000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  28.39 
 
 		 738 aa  79  0.0000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  28.83 
 
 		 744 aa  79  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0867  AAA ATPase  26.3 
 
 		 782 aa  78.2  0.0000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0861  ATPas  26.54 
 
 		 782 aa  78.6  0.0000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0878  AAA ATPase  26.54 
 
 		 782 aa  78.6  0.0000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0764  helicase, RecD/TraA family  26.79 
 
 		 728 aa  77  0.0000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0607896  normal  0.527893 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1425  helicase, RecD/TraA family  27.69 
 
 		 737 aa  77  0.0000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3541  RecD/TraA family helicase  27.94 
 
 		 731 aa  76.6  0.0000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  27.62 
 
 		 731 aa  76.6  0.0000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1619  hypothetical protein  30.05 
 
 		 761 aa  75.5  0.000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00216862  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0847  ATPase  28.5 
 
 		 515 aa  75.5  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.102768 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1903  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  25.98 
 
 		 833 aa  75.5  0.000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4895  exodeoxyribonuclease V  30.91 
 
 		 776 aa  75.1  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.382382  normal  0.0563011 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1462  helicase RecD/TraA  27.55 
 
 		 739 aa  75.1  0.000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1469  exonuclease V subunit alpha  26.34 
 
 		 480 aa  75.1  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.232256 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  28.02 
 
 		 750 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3273  RecD/TraA family helicase  28.26 
 
 		 731 aa  75.1  0.000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5748  helicase, RecD/TraA family  28.46 
 
 		 768 aa  74.7  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1909  RecD/TraA family helicase  29.21 
 
 		 732 aa  75.5  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.564024  unclonable  0.000014529 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  28.37 
 
 		 762 aa  73.9  0.000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  29.41 
 
 		 733 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  27.59 
 
 		 742 aa  73.6  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  27.97 
 
 		 736 aa  73.6  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0956  helicase, RecD/TraA family  27.78 
 
 		 786 aa  73.9  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3509  exonuclease V subunit alpha  27.91 
 
 		 924 aa  73.9  0.000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.996983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1226  exonuclease V subunit alpha  27.91 
 
 		 924 aa  73.9  0.000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688264 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2305  AAA ATPase  26.53 
 
 		 747 aa  73.6  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476827  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5152  AAA ATPase  26.21 
 
 		 779 aa  73.6  0.000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.430692 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  26.33 
 
 		 728 aa  73.6  0.000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  28.61 
 
 		 736 aa  73.2  0.000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1461  exonuclease V subunit alpha  25.21 
 
 		 496 aa  73.2  0.000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00677876  normal  0.63958 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1742  exonuclease V subunit alpha  24.15 
 
 		 834 aa  73.2  0.000000000007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2143  RecD/TraA family helicase  27.15 
 
 		 744 aa  72.8  0.000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4241  RecD/TraA family helicase  26.33 
 
 		 778 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4487  Exodeoxyribonuclease V  27.27 
 
 		 738 aa  72.4  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00100877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6207  helicase, RecD/TraA family  26.67 
 
 		 725 aa  72.8  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4477  helicase, putative  26.89 
 
 		 778 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.718062  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4289  helicase  26.89 
 
 		 778 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4126  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.89 
 
 		 778 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.396274  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3101  ATPase  27 
 
 		 517 aa  71.6  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.422259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2433  RecD/TraA family helicase  26.89 
 
 		 744 aa  71.6  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3106  RecD/TraA family helicase  26.33 
 
 		 772 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4474  putative helicase  26.89 
 
 		 778 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000066137 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>