170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3509 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1226  exonuclease V subunit alpha  100 
 
 		 924 aa  1898    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688264 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3509  exonuclease V subunit alpha  100 
 
 		 924 aa  1898    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.996983  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2955  hypothetical protein  38.3 
 
 		 488 aa  341  4e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0703173  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2849  AAA ATPase  32.08 
 
 		 678 aa  284  5.000000000000001e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0353435  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0683  ribonuclease H  30.17 
 
 		 754 aa  264  6e-69  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2665  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  35.58 
 
 		 474 aa  253  1e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10593  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V), alpha subunit - helicase superfamily I member  33.47 
 
 		 476 aa  239  1e-61  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0232  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  35.38 
 
 		 475 aa  237  8e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.14834  normal  0.233843 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4515  exonuclease V subunit alpha  34.22 
 
 		 469 aa  236  2.0000000000000002e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1303  helicase, putative  34.54 
 
 		 471 aa  231  7e-59  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1461  exonuclease V subunit alpha  35.57 
 
 		 496 aa  227  6e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00677876  normal  0.63958 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0521  ATP-dependent exodeoxyribonuclease  34.65 
 
 		 473 aa  227  7e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1469  exonuclease V subunit alpha  31.61 
 
 		 480 aa  206  1e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.232256 
 
 
-
 
NC_004310  BR1387  hypothetical protein  25.2 
 
 		 373 aa  108  6e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.102316  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1343  hypothetical protein  25.31 
 
 		 373 aa  107  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000254854  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0919  hypothetical protein  25.66 
 
 		 369 aa  104  7e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.551853  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1808  exodeoxyribonuclease V  25.05 
 
 		 373 aa  102  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1491  exonuclease V subunit alpha  25.65 
 
 		 375 aa  102  4e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3505  putative deoxyribonuclease  26.95 
 
 		 363 aa  94.4  9e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.618009  normal  0.621388 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2487  putative deoxyribonuclease  27.18 
 
 		 365 aa  94  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.280682  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5077  putative deoxyribonuclease  26.68 
 
 		 365 aa  90.1  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4249  putative deoxyribonuclease  26.63 
 
 		 365 aa  89.7  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3841  putative deoxyribonuclease  26.75 
 
 		 365 aa  88.2  6e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2796  exodeoxyribonuclease V  26.32 
 
 		 376 aa  87.8  8e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.517009  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2770  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  27.35 
 
 		 375 aa  87.4  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.527428  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2514  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  26.52 
 
 		 375 aa  85.9  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.237198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2140  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  29.06 
 
 		 363 aa  82.8  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1994  exodeoxyribonuclease V  24.8 
 
 		 375 aa  80.9  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1993  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  31.6 
 
 		 1082 aa  78.6  0.0000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000937848  normal  0.215415 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1859  hypothetical protein  28.69 
 
 		 369 aa  77.4  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1466  exodeoxyribonuclease V  28.35 
 
 		 369 aa  76.3  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0648  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  30.58 
 
 		 372 aa  77  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.58481 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0255  putative deoxyribonuclease  28.08 
 
 		 367 aa  75.9  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.0109793 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4672  putative deoxyribonuclease  31.74 
 
 		 372 aa  74.3  0.000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2622  putative deoxyribonuclease  25.51 
 
 		 373 aa  73.9  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0685  putative deoxyribonuclease  31.3 
 
 		 373 aa  73.6  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0674  putative deoxyribonuclease  31.3 
 
 		 373 aa  73.2  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.663725 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5462  putative deoxyribonuclease  29.66 
 
 		 368 aa  72.8  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13950  hypothetical protein  21.14 
 
 		 957 aa  72.8  0.00000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0594  exodeoxyribonuclease V  25.82 
 
 		 369 aa  72  0.00000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3837  putative deoxyribonuclease  26.39 
 
 		 397 aa  72  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.738872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2026  type III restriction enzyme, res subunit  29.93 
 
 		 1138 aa  72  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000476841 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1281  deoxyribonuclease  28.3 
 
 		 369 aa  71.6  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11171  exodeoxyribonuclease V  28.32 
 
 		 486 aa  70.9  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0885219  normal  0.565866 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0741  exodeoxyribonuclease V  29.41 
 
 		 481 aa  70.1  0.0000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.384305  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0955  exodeoxyribonuclease V  25.82 
 
 		 369 aa  70.5  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.219189 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2772  Exodeoxyribonuclease V  25.74 
 
 		 653 aa  70.1  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00547941  hitchhiker  0.000384136 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0843  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.64 
 
 		 1068 aa  68.9  0.0000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.76009e-28 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0686  exodeoxyribonuclease V  26.23 
 
 		 369 aa  68.9  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2311  helicase, RecD/TraA family  26.48 
 
 		 726 aa  68.9  0.0000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4089  putative deoxyribonuclease  27.91 
 
 		 372 aa  68.6  0.0000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0679  hypothetical protein  26.76 
 
 		 486 aa  67  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0243  helicase RecD/TraA  29.84 
 
 		 749 aa  66.2  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0357399  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0840  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.57 
 
 		 1068 aa  65.9  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.473643  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  28.27 
 
 		 754 aa  65.9  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0213  helicase, RecD/TraA family  31.46 
 
 		 740 aa  65.9  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.629499  normal  0.0445082 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1405  Exodeoxyribonuclease V  33.33 
 
 		 1214 aa  65.5  0.000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09351  exodeoxyribonuclease V  25.88 
 
 		 491 aa  65.1  0.000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.199442 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  32.58 
 
 		 738 aa  64.7  0.000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1924  exodeoxyribonuclease V  29.35 
 
 		 483 aa  63.9  0.00000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0233572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  25.69 
 
 		 728 aa  63.2  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1462  helicase RecD/TraA  29.23 
 
 		 739 aa  63.5  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2403  helicase, RecD/TraA family  28.64 
 
 		 747 aa  63.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934653 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  27.72 
 
 		 736 aa  62.4  0.00000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4487  Exodeoxyribonuclease V  27.56 
 
 		 738 aa  62.8  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00100877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0758  helicase, RecD/TraA family  33.52 
 
 		 719 aa  62.8  0.00000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  26.67 
 
 		 744 aa  62.4  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1757  helicase, RecD/TraA family  26.67 
 
 		 746 aa  61.2  0.00000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4267  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  31.62 
 
 		 1188 aa  59.7  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2658  Exodeoxyribonuclease V  26.77 
 
 		 659 aa  59.7  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0285632  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0230  RecD/TraA family helicase  31.34 
 
 		 741 aa  60.1  0.0000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4808  type III restriction enzyme, res subunit  27.81 
 
 		 1137 aa  59.7  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.564367  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  29.31 
 
 		 728 aa  59.7  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0764  helicase, RecD/TraA family  29.53 
 
 		 728 aa  59.7  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0607896  normal  0.527893 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  25.95 
 
 		 762 aa  59.3  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4712  type III restriction enzyme, res subunit  27.81 
 
 		 1137 aa  58.9  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15131  exodeoxyribonuclease V  26.6 
 
 		 448 aa  58.9  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8706  helicase, RecD/TraA family  30.63 
 
 		 740 aa  58.9  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.671857  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  30.85 
 
 		 742 aa  58.9  0.0000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.130609 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  30.45 
 
 		 733 aa  58.9  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  32.46 
 
 		 733 aa  58.5  0.0000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  31.47 
 
 		 740 aa  58.5  0.0000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  30.73 
 
 		 733 aa  58.5  0.0000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1393  RecD/TraA family helicase  26.99 
 
 		 719 aa  58.5  0.0000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2877  type III restriction protein res subunit  25.13 
 
 		 1137 aa  57.8  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  25.33 
 
 		 738 aa  57.4  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3839  helicase, RecD/TraA family  25.41 
 
 		 750 aa  57.4  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0839164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  29.95 
 
 		 727 aa  57.4  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  27.18 
 
 		 711 aa  56.6  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  29.02 
 
 		 731 aa  57  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  33.14 
 
 		 728 aa  57  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  24.43 
 
 		 961 aa  57  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6207  helicase, RecD/TraA family  31.31 
 
 		 725 aa  56.2  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02066  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  30.77 
 
 		 1157 aa  57  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3584  Exodeoxyribonuclease V  25.51 
 
 		 720 aa  56.2  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.68504 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2089  RecD/TraA family helicase  29.55 
 
 		 742 aa  55.8  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.144952  normal  0.0798211 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4895  exodeoxyribonuclease V  27.7 
 
 		 776 aa  56.2  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.382382  normal  0.0563011 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  29.22 
 
 		 750 aa  55.8  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2723  helicase, RecD/TraA family  32.74 
 
 		 724 aa  55.8  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1425  helicase, RecD/TraA family  27.6 
 
 		 737 aa  55.5  0.000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>