290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_0255 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_5462  putative deoxyribonuclease  92.88 
 
 
368 aa  690    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0255  putative deoxyribonuclease  100 
 
 
367 aa  741    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.0109793 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0648  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  78.69 
 
 
372 aa  610  1e-173  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.58481 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0685  putative deoxyribonuclease  78.69 
 
 
373 aa  606  9.999999999999999e-173  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4672  putative deoxyribonuclease  77.75 
 
 
372 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0674  putative deoxyribonuclease  78.69 
 
 
373 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.663725 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3505  putative deoxyribonuclease  66.76 
 
 
363 aa  494  1e-139  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.618009  normal  0.621388 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2140  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  65.11 
 
 
363 aa  474  1e-132  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1859  hypothetical protein  61.56 
 
 
369 aa  455  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2796  exodeoxyribonuclease V  58.93 
 
 
376 aa  435  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.517009  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1387  hypothetical protein  58.67 
 
 
373 aa  433  1e-120  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.102316  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1281  deoxyribonuclease  58.6 
 
 
369 aa  431  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1808  exodeoxyribonuclease V  58.67 
 
 
373 aa  432  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1343  hypothetical protein  58.4 
 
 
373 aa  432  1e-120  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000254854  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2514  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  56.95 
 
 
375 aa  429  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.237198  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0594  exodeoxyribonuclease V  58.06 
 
 
369 aa  429  1e-119  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1466  exodeoxyribonuclease V  58.6 
 
 
369 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0955  exodeoxyribonuclease V  57.53 
 
 
369 aa  428  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.219189 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0686  exodeoxyribonuclease V  57.8 
 
 
369 aa  430  1e-119  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2770  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  57.22 
 
 
375 aa  429  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.527428  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3837  putative deoxyribonuclease  57.8 
 
 
397 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.738872  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1994  exodeoxyribonuclease V  56.68 
 
 
375 aa  425  1e-118  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1491  exonuclease V subunit alpha  57.6 
 
 
375 aa  425  1e-118  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3841  putative deoxyribonuclease  58.86 
 
 
365 aa  421  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5077  putative deoxyribonuclease  59.4 
 
 
365 aa  421  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2487  putative deoxyribonuclease  59.13 
 
 
365 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.280682  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4249  putative deoxyribonuclease  58.31 
 
 
365 aa  414  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0919  hypothetical protein  54.86 
 
 
369 aa  402  1e-111  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.551853  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2622  putative deoxyribonuclease  55.61 
 
 
373 aa  372  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4089  putative deoxyribonuclease  54.96 
 
 
372 aa  369  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2849  AAA ATPase  29.38 
 
 
678 aa  113  5e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0353435  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3656  AAA ATPase  32.7 
 
 
641 aa  106  6e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.29435  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1303  helicase, putative  29.17 
 
 
471 aa  105  2e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10593  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V), alpha subunit - helicase superfamily I member  25.5 
 
 
476 aa  100  4e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4515  exonuclease V subunit alpha  24.62 
 
 
469 aa  99.4  9e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2772  Exodeoxyribonuclease V  30.49 
 
 
653 aa  99.4  9e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00547941  hitchhiker  0.000384136 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0521  ATP-dependent exodeoxyribonuclease  25.65 
 
 
473 aa  95.9  9e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0455  RecD/TraA family helicase  24.57 
 
 
731 aa  94.4  3e-18  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.232252  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4487  Exodeoxyribonuclease V  28.64 
 
 
738 aa  94  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00100877  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2665  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  27.06 
 
 
474 aa  93.6  5e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1619  hypothetical protein  27.71 
 
 
761 aa  90.9  3e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00216862  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0959  ATPase  29.05 
 
 
566 aa  90.9  3e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.975549  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  27.91 
 
 
740 aa  90.9  3e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2850  putative ATPase  28.12 
 
 
511 aa  90.5  4e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.935903  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0608  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  29.41 
 
 
825 aa  90.5  4e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3584  Exodeoxyribonuclease V  29.61 
 
 
720 aa  90.1  5e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.68504 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2619  AAA ATPase  29.05 
 
 
566 aa  90.1  5e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0232  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  26.71 
 
 
475 aa  89.7  6e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.14834  normal  0.233843 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  28.36 
 
 
750 aa  90.1  6e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1186  exonuclease V subunit alpha  27.75 
 
 
792 aa  89.7  7e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000641615  normal  0.675634 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  28.64 
 
 
736 aa  88.2  2e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  26.52 
 
 
742 aa  87.4  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  29.27 
 
 
736 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  28.12 
 
 
728 aa  87  4e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1469  exonuclease V subunit alpha  26.35 
 
 
480 aa  86.7  5e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.232256 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3010  AAA ATPase  28.44 
 
 
563 aa  87  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.71626 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  27.63 
 
 
742 aa  87  5e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.130609 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  28.03 
 
 
728 aa  86.7  6e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1461  exonuclease V subunit alpha  25.21 
 
 
496 aa  86.3  7e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00677876  normal  0.63958 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  25.92 
 
 
738 aa  85.9  0.000000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1552  helicase RecD/TraA  28.35 
 
 
739 aa  85.5  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.338597  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  28.67 
 
 
744 aa  85.5  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2495  helicase, RecD/TraA family  28.09 
 
 
784 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0696  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  26.82 
 
 
795 aa  84.7  0.000000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3229  Exodeoxyribonuclease V  30.67 
 
 
637 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115754  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0847  ATPase  28.44 
 
 
515 aa  83.6  0.000000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.102768 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  27.07 
 
 
731 aa  83.6  0.000000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0956  helicase, RecD/TraA family  29.01 
 
 
786 aa  83.2  0.000000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3625  AAA ATPase  30.27 
 
 
511 aa  83.2  0.000000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.107724  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2311  helicase, RecD/TraA family  26.92 
 
 
726 aa  82.8  0.000000000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1757  helicase, RecD/TraA family  27.49 
 
 
746 aa  82.8  0.000000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  29.16 
 
 
754 aa  82.8  0.000000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1710  RecD/TraA family helicase  27.27 
 
 
825 aa  82.8  0.000000000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1676  RecD/TraA family helicase  27.27 
 
 
825 aa  82.8  0.000000000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  28.22 
 
 
744 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6207  helicase, RecD/TraA family  28.36 
 
 
725 aa  82.4  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1852  ATPase  23.04 
 
 
745 aa  80.9  0.00000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1903  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  27.68 
 
 
833 aa  80.9  0.00000000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2403  helicase, RecD/TraA family  25.78 
 
 
747 aa  80.9  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934653 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0230  RecD/TraA family helicase  27.14 
 
 
741 aa  80.5  0.00000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  30.13 
 
 
726 aa  80.5  0.00000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  25.3 
 
 
727 aa  80.1  0.00000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  27.74 
 
 
735 aa  80.1  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3101  ATPase  27.18 
 
 
517 aa  80.1  0.00000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.422259  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  28.83 
 
 
738 aa  80.1  0.00000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5748  helicase, RecD/TraA family  28.61 
 
 
768 aa  79.3  0.00000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1393  RecD/TraA family helicase  27.33 
 
 
719 aa  79  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0244  helicase, RecD/TraA family  27.45 
 
 
728 aa  79  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0186  RecD/TraA family helicase  29.41 
 
 
728 aa  79  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  27.98 
 
 
733 aa  78.2  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2723  helicase, RecD/TraA family  28.85 
 
 
724 aa  78.6  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2725  helicase RecD/TraA  30.77 
 
 
731 aa  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.115291  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4895  exodeoxyribonuclease V  29.37 
 
 
776 aa  77.4  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.382382  normal  0.0563011 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2143  RecD/TraA family helicase  27.14 
 
 
744 aa  77.8  0.0000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0818  RecD/TraA family helicase  26.88 
 
 
688 aa  77.8  0.0000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.662153  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2089  RecD/TraA family helicase  27.32 
 
 
742 aa  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.144952  normal  0.0798211 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  28.13 
 
 
711 aa  77  0.0000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0213  helicase, RecD/TraA family  25.62 
 
 
740 aa  76.6  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.629499  normal  0.0445082 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2289  helicase, RecD/TraA family  27.64 
 
 
749 aa  76.3  0.0000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00901153  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2433  RecD/TraA family helicase  26.86 
 
 
744 aa  76.6  0.0000000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>