227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1469 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1469  exonuclease V subunit alpha  100 
 
 		 480 aa  997    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.232256 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2665  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  49.26 
 
 		 474 aa  464  1e-129  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0232  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  50.74 
 
 		 475 aa  460  9.999999999999999e-129  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.14834  normal  0.233843 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1461  exonuclease V subunit alpha  48.88 
 
 		 496 aa  454  1.0000000000000001e-126  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00677876  normal  0.63958 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0521  ATP-dependent exodeoxyribonuclease  48.49 
 
 		 473 aa  443  1e-123  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4515  exonuclease V subunit alpha  45.42 
 
 		 469 aa  436  1e-121  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10593  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V), alpha subunit - helicase superfamily I member  43.1 
 
 		 476 aa  403  1e-111  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1303  helicase, putative  40.73 
 
 		 471 aa  356  5.999999999999999e-97  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2955  hypothetical protein  33 
 
 		 488 aa  207  2e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0703173  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1226  exonuclease V subunit alpha  31.61 
 
 		 924 aa  206  5e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688264 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3509  exonuclease V subunit alpha  31.61 
 
 		 924 aa  206  5e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.996983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0683  ribonuclease H  29.39 
 
 		 754 aa  201  1.9999999999999998e-50  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2849  AAA ATPase  34.96 
 
 		 678 aa  189  7e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0353435  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1859  hypothetical protein  27.88 
 
 		 369 aa  106  9e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1281  deoxyribonuclease  26.62 
 
 		 369 aa  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0955  exodeoxyribonuclease V  27.25 
 
 		 369 aa  103  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.219189 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3837  putative deoxyribonuclease  26.85 
 
 		 397 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.738872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1466  exodeoxyribonuclease V  26.27 
 
 		 369 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2770  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  26.34 
 
 		 375 aa  97.1  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.527428  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1491  exonuclease V subunit alpha  25.41 
 
 		 375 aa  97.1  7e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0594  exodeoxyribonuclease V  26.96 
 
 		 369 aa  95.9  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  26.52 
 
 		 738 aa  96.3  1e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3505  putative deoxyribonuclease  25.65 
 
 		 363 aa  95.5  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.618009  normal  0.621388 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2514  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  26.12 
 
 		 375 aa  95.5  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.237198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0686  exodeoxyribonuclease V  26.27 
 
 		 369 aa  93.6  8e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1343  hypothetical protein  24.07 
 
 		 373 aa  92.4  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000254854  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1994  exodeoxyribonuclease V  24.68 
 
 		 375 aa  92  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0919  hypothetical protein  25.76 
 
 		 369 aa  91.3  4e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.551853  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1387  hypothetical protein  23.87 
 
 		 373 aa  90.5  5e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.102316  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3841  putative deoxyribonuclease  28.67 
 
 		 365 aa  87.4  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4672  putative deoxyribonuclease  27 
 
 		 372 aa  87.4  5e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1757  helicase, RecD/TraA family  25.59 
 
 		 746 aa  87  6e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0255  putative deoxyribonuclease  26.35 
 
 		 367 aa  86.7  8e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.0109793 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  26.32 
 
 		 735 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2487  putative deoxyribonuclease  27.98 
 
 		 365 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.280682  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1808  exodeoxyribonuclease V  24.32 
 
 		 373 aa  84.7  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  26.72 
 
 		 744 aa  85.1  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2796  exodeoxyribonuclease V  24.41 
 
 		 376 aa  84.3  0.000000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.517009  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5077  putative deoxyribonuclease  27.59 
 
 		 365 aa  84  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0230  RecD/TraA family helicase  25.05 
 
 		 741 aa  83.6  0.000000000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0758  helicase, RecD/TraA family  25.17 
 
 		 719 aa  83.2  0.000000000000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4249  putative deoxyribonuclease  27.36 
 
 		 365 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1462  helicase RecD/TraA  33.65 
 
 		 739 aa  82.8  0.00000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1106  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  26.15 
 
 		 766 aa  82.8  0.00000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.710549  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  25.49 
 
 		 740 aa  82.8  0.00000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0674  putative deoxyribonuclease  25.22 
 
 		 373 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.663725 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  24.08 
 
 		 738 aa  82  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  25.05 
 
 		 742 aa  82.4  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.130609 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5462  putative deoxyribonuclease  26.17 
 
 		 368 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0648  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  25.17 
 
 		 372 aa  81.3  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.58481 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0685  putative deoxyribonuclease  25 
 
 		 373 aa  80.9  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  25.47 
 
 		 711 aa  81.3  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4487  Exodeoxyribonuclease V  24.4 
 
 		 738 aa  80.9  0.00000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00100877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2289  helicase, RecD/TraA family  26.73 
 
 		 749 aa  80.9  0.00000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00901153  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5834  DNA helicase, putative  24.08 
 
 		 462 aa  80.5  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  24.01 
 
 		 728 aa  79.3  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  27.45 
 
 		 736 aa  79  0.0000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1393  RecD/TraA family helicase  26.51 
 
 		 719 aa  79  0.0000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0446  RecD/TraA family helicase  24.89 
 
 		 735 aa  78.2  0.0000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000295111  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0089  exonuclease V subunit alpha  25.38 
 
 		 813 aa  78.2  0.0000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.930068  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  25.27 
 
 		 754 aa  77.8  0.0000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  26.54 
 
 		 736 aa  77.8  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0509  helicase, RecD/TraA family  25.51 
 
 		 728 aa  77.4  0.0000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.156779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1552  helicase RecD/TraA  24.89 
 
 		 739 aa  77  0.0000000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.338597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0764  helicase, RecD/TraA family  33.88 
 
 		 728 aa  75.9  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0607896  normal  0.527893 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2725  helicase RecD/TraA  26.4 
 
 		 731 aa  75.9  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.115291  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2140  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  28.04 
 
 		 363 aa  76.3  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11171  exodeoxyribonuclease V  32.09 
 
 		 486 aa  75.9  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0885219  normal  0.565866 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1425  helicase, RecD/TraA family  24.12 
 
 		 737 aa  75.9  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0246  RecD/TraA family helicase  26.64 
 
 		 742 aa  75.1  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2249  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  24.78 
 
 		 746 aa  74.7  0.000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000721338  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  34.36 
 
 		 726 aa  74.3  0.000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  24.72 
 
 		 731 aa  73.9  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2658  Exodeoxyribonuclease V  24.58 
 
 		 659 aa  74.3  0.000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0285632  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5748  helicase, RecD/TraA family  24.78 
 
 		 768 aa  72.8  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2089  RecD/TraA family helicase  25.68 
 
 		 742 aa  72.8  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.144952  normal  0.0798211 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0197  helicase, RecD/TraA family  25.64 
 
 		 724 aa  72  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.959927  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3054  helicase, RecD/TraA family  24.66 
 
 		 726 aa  72  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  31.02 
 
 		 727 aa  72.4  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1405  Exodeoxyribonuclease V  29.47 
 
 		 1214 aa  72  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  32.11 
 
 		 742 aa  72  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  30.58 
 
 		 728 aa  72.4  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3380  RecD/TraA family helicase  33.52 
 
 		 742 aa  72  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.586227 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  33.18 
 
 		 728 aa  71.2  0.00000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3541  RecD/TraA family helicase  27.73 
 
 		 731 aa  71.6  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0818  RecD/TraA family helicase  34.08 
 
 		 688 aa  71.2  0.00000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.662153  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2433  RecD/TraA family helicase  34.34 
 
 		 744 aa  71.2  0.00000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2143  RecD/TraA family helicase  34.34 
 
 		 744 aa  70.9  0.00000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1221  helicase, RecD/TraA family  23.65 
 
 		 731 aa  71.2  0.00000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2726  helicase, RecD/TraA family  25.48 
 
 		 741 aa  70.9  0.00000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000501325  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0696  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  27.09 
 
 		 795 aa  70.9  0.00000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1909  RecD/TraA family helicase  25.93 
 
 		 732 aa  69.3  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.564024  unclonable  0.000014529 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3613  RecD/TraA family helicase  24.95 
 
 		 719 aa  69.7  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  26.94 
 
 		 733 aa  68.9  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6207  helicase, RecD/TraA family  33.9 
 
 		 725 aa  68.2  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3839  helicase, RecD/TraA family  31.5 
 
 		 750 aa  68.2  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0839164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  33.51 
 
 		 727 aa  68.2  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3273  RecD/TraA family helicase  31.63 
 
 		 731 aa  68.2  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  26.94 
 
 		 733 aa  67.8  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3106  RecD/TraA family helicase  24.07 
 
 		 772 aa  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>