276 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1281 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0594  exodeoxyribonuclease V  86.18 
 
 		 369 aa  665    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1466  exodeoxyribonuclease V  95.93 
 
 		 369 aa  733    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1281  deoxyribonuclease  100 
 
 		 369 aa  758    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0955  exodeoxyribonuclease V  88.89 
 
 		 369 aa  689    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.219189 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3837  putative deoxyribonuclease  96.75 
 
 		 397 aa  737    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.738872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0686  exodeoxyribonuclease V  86.72 
 
 		 369 aa  671    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1859  hypothetical protein  85.37 
 
 		 369 aa  662    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3505  putative deoxyribonuclease  60.38 
 
 		 363 aa  454  1.0000000000000001e-126  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.618009  normal  0.621388 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4672  putative deoxyribonuclease  61.25 
 
 		 372 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0685  putative deoxyribonuclease  60.38 
 
 		 373 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0674  putative deoxyribonuclease  60.38 
 
 		 373 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.663725 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2140  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  59.4 
 
 		 363 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0648  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  60.11 
 
 		 372 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.58481 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5462  putative deoxyribonuclease  59.89 
 
 		 368 aa  435  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0255  putative deoxyribonuclease  58.6 
 
 		 367 aa  431  1e-120  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.0109793 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1491  exonuclease V subunit alpha  58.36 
 
 		 375 aa  428  1e-119  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3841  putative deoxyribonuclease  59.73 
 
 		 365 aa  418  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1808  exodeoxyribonuclease V  56.65 
 
 		 373 aa  417  9.999999999999999e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1387  hypothetical protein  57.03 
 
 		 373 aa  416  9.999999999999999e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.102316  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5077  putative deoxyribonuclease  58.81 
 
 		 365 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2487  putative deoxyribonuclease  59.19 
 
 		 365 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.280682  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1343  hypothetical protein  56.5 
 
 		 373 aa  412  1e-114  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000254854  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4249  putative deoxyribonuclease  57.99 
 
 		 365 aa  414  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2770  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  55.17 
 
 		 375 aa  409  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.527428  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1994  exodeoxyribonuclease V  55.03 
 
 		 375 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2514  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  55.17 
 
 		 375 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.237198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0919  hypothetical protein  57.1 
 
 		 369 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.551853  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2796  exodeoxyribonuclease V  55.03 
 
 		 376 aa  401  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.517009  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2622  putative deoxyribonuclease  53.19 
 
 		 373 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4089  putative deoxyribonuclease  51.46 
 
 		 372 aa  351  1e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2849  AAA ATPase  28.96 
 
 		 678 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0353435  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2772  Exodeoxyribonuclease V  29.58 
 
 		 653 aa  104  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00547941  hitchhiker  0.000384136 
 
 
-
 
NC_002950  PG1303  helicase, putative  26.8 
 
 		 471 aa  103  3e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1469  exonuclease V subunit alpha  26.62 
 
 		 480 aa  103  4e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.232256 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10593  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V), alpha subunit - helicase superfamily I member  26.74 
 
 		 476 aa  103  5e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3656  AAA ATPase  31.86 
 
 		 641 aa  99  1e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.29435  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4515  exonuclease V subunit alpha  25 
 
 		 469 aa  94.7  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  28.91 
 
 		 728 aa  93.6  6e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0521  ATP-dependent exodeoxyribonuclease  25.85 
 
 		 473 aa  92.8  7e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  28.99 
 
 		 742 aa  90.9  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1852  ATPase  26.11 
 
 		 745 aa  90.9  3e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  30.46 
 
 		 726 aa  90.9  3e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3584  Exodeoxyribonuclease V  29.74 
 
 		 720 aa  90.9  4e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.68504 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  28.16 
 
 		 736 aa  89.7  7e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0455  RecD/TraA family helicase  25.23 
 
 		 731 aa  88.2  2e-16  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.232252  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0509  helicase, RecD/TraA family  27.81 
 
 		 728 aa  88.6  2e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.156779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2311  helicase, RecD/TraA family  28.57 
 
 		 726 aa  87.4  4e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  26.1 
 
 		 727 aa  85.5  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  29.72 
 
 		 744 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  27.71 
 
 		 750 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0608  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  29.01 
 
 		 825 aa  85.1  0.000000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2673  RecD/TraA family helicase  28.95 
 
 		 736 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  27.75 
 
 		 740 aa  85.5  0.000000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  27.58 
 
 		 762 aa  85.5  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3625  AAA ATPase  27.4 
 
 		 511 aa  85.1  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.107724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2348  RecD/TraA family helicase  28.41 
 
 		 722 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2850  putative ATPase  25.78 
 
 		 511 aa  83.6  0.000000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.935903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2289  helicase, RecD/TraA family  28.24 
 
 		 749 aa  83.2  0.000000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00901153  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  26.28 
 
 		 731 aa  83.6  0.000000000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1186  exonuclease V subunit alpha  26.12 
 
 		 792 aa  83.2  0.000000000000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000641615  normal  0.675634 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  26.99 
 
 		 736 aa  82.4  0.00000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0197  helicase, RecD/TraA family  27.45 
 
 		 724 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.959927  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  25.72 
 
 		 738 aa  82  0.00000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8706  helicase, RecD/TraA family  29.95 
 
 		 740 aa  82.4  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.671857  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0683  ribonuclease H  25.12 
 
 		 754 aa  82  0.00000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3380  RecD/TraA family helicase  27.46 
 
 		 742 aa  82.4  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.586227 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  26.57 
 
 		 728 aa  82.4  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3541  RecD/TraA family helicase  28.8 
 
 		 731 aa  82.4  0.00000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0230  RecD/TraA family helicase  26.94 
 
 		 741 aa  82  0.00000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0244  helicase, RecD/TraA family  27.86 
 
 		 728 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2658  Exodeoxyribonuclease V  29.14 
 
 		 659 aa  81.3  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0285632  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  27.84 
 
 		 735 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  26.29 
 
 		 728 aa  81.6  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4487  Exodeoxyribonuclease V  27.7 
 
 		 738 aa  82  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00100877  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1757  helicase, RecD/TraA family  30.41 
 
 		 746 aa  81.6  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  27.32 
 
 		 742 aa  80.9  0.00000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.130609 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0306  AAA ATPase  26.61 
 
 		 710 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.933314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  28.07 
 
 		 907 aa  80.9  0.00000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2403  helicase, RecD/TraA family  27.13 
 
 		 747 aa  80.5  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934653 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5748  helicase, RecD/TraA family  26.49 
 
 		 768 aa  80.1  0.00000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  27.58 
 
 		 744 aa  80.1  0.00000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2619  AAA ATPase  27.09 
 
 		 566 aa  80.1  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0959  ATPase  27.29 
 
 		 566 aa  80.1  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.975549  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  27.3 
 
 		 738 aa  79.7  0.00000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3273  RecD/TraA family helicase  29.59 
 
 		 731 aa  79.7  0.00000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6207  helicase, RecD/TraA family  27.75 
 
 		 725 aa  79  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1552  helicase RecD/TraA  28.93 
 
 		 739 aa  79.3  0.0000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.338597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1393  RecD/TraA family helicase  26.78 
 
 		 719 aa  78.2  0.0000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3229  Exodeoxyribonuclease V  30.38 
 
 		 637 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2089  RecD/TraA family helicase  27.72 
 
 		 742 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.144952  normal  0.0798211 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0503  helicase, RecD/TraA family  29.05 
 
 		 715 aa  77.8  0.0000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1676  RecD/TraA family helicase  26.55 
 
 		 825 aa  77.4  0.0000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1710  RecD/TraA family helicase  26.55 
 
 		 825 aa  77.4  0.0000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1106  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  27.09 
 
 		 766 aa  76.6  0.0000000000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.710549  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0186  RecD/TraA family helicase  26.97 
 
 		 728 aa  76.6  0.0000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  26.94 
 
 		 727 aa  76.3  0.0000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0847  ATPase  26.55 
 
 		 515 aa  76.3  0.0000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.102768 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0232  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  25.29 
 
 		 475 aa  76.3  0.0000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.14834  normal  0.233843 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1619  hypothetical protein  27.09 
 
 		 761 aa  75.9  0.000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00216862  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3054  helicase, RecD/TraA family  27.73 
 
 		 726 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>