255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_2665 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_2665  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  100 
 
 		 474 aa  983    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0232  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  53.04 
 
 		 475 aa  503  1e-141  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.14834  normal  0.233843 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1461  exonuclease V subunit alpha  50.31 
 
 		 496 aa  483  1e-135  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00677876  normal  0.63958 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1469  exonuclease V subunit alpha  49.26 
 
 		 480 aa  464  1e-129  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.232256 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0521  ATP-dependent exodeoxyribonuclease  46.68 
 
 		 473 aa  406  1.0000000000000001e-112  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4515  exonuclease V subunit alpha  45.41 
 
 		 469 aa  392  1e-108  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10593  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V), alpha subunit - helicase superfamily I member  45.02 
 
 		 476 aa  375  1e-103  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1303  helicase, putative  40.78 
 
 		 471 aa  327  3e-88  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3509  exonuclease V subunit alpha  35.58 
 
 		 924 aa  253  6e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.996983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1226  exonuclease V subunit alpha  35.58 
 
 		 924 aa  253  6e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688264 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0683  ribonuclease H  34.73 
 
 		 754 aa  239  8e-62  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2955  hypothetical protein  34.44 
 
 		 488 aa  226  6e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0703173  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2849  AAA ATPase  29.19 
 
 		 678 aa  183  6e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0353435  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4249  putative deoxyribonuclease  26.46 
 
 		 365 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3841  putative deoxyribonuclease  26.79 
 
 		 365 aa  97.8  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5077  putative deoxyribonuclease  26.23 
 
 		 365 aa  96.7  7e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2487  putative deoxyribonuclease  26.46 
 
 		 365 aa  96.3  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.280682  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4672  putative deoxyribonuclease  28.73 
 
 		 372 aa  93.6  8e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0255  putative deoxyribonuclease  27.06 
 
 		 367 aa  93.6  8e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.0109793 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1491  exonuclease V subunit alpha  26.29 
 
 		 375 aa  92.4  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2796  exodeoxyribonuclease V  28.47 
 
 		 376 aa  92.4  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.517009  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5462  putative deoxyribonuclease  27.06 
 
 		 368 aa  91.7  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1994  exodeoxyribonuclease V  25.69 
 
 		 375 aa  90.1  7e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0685  putative deoxyribonuclease  27.37 
 
 		 373 aa  89.7  9e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0674  putative deoxyribonuclease  27.37 
 
 		 373 aa  89.7  9e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.663725 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3505  putative deoxyribonuclease  26.89 
 
 		 363 aa  88.6  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.618009  normal  0.621388 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  25.11 
 
 		 738 aa  88.6  2e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2770  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  27.59 
 
 		 375 aa  88.2  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.527428  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0919  hypothetical protein  25.87 
 
 		 369 aa  87.8  4e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.551853  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0648  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  27.84 
 
 		 372 aa  87.8  4e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.58481 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2140  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  25.66 
 
 		 363 aa  87.4  5e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2514  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  27.36 
 
 		 375 aa  87.4  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.237198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1343  hypothetical protein  24.42 
 
 		 373 aa  85.9  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000254854  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1387  hypothetical protein  24.42 
 
 		 373 aa  85.9  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.102316  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  27.1 
 
 		 744 aa  85.9  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5834  DNA helicase, putative  26.4 
 
 		 462 aa  84.7  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1808  exodeoxyribonuclease V  23.73 
 
 		 373 aa  84.7  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6207  helicase, RecD/TraA family  30.68 
 
 		 725 aa  84  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4089  putative deoxyribonuclease  26.49 
 
 		 372 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2622  putative deoxyribonuclease  26.47 
 
 		 373 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  26.48 
 
 		 754 aa  82.4  0.00000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1462  helicase RecD/TraA  33.81 
 
 		 739 aa  82.4  0.00000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  34 
 
 		 762 aa  81.6  0.00000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  26.16 
 
 		 738 aa  81.6  0.00000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  28.82 
 
 		 742 aa  81.3  0.00000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0594  exodeoxyribonuclease V  24.89 
 
 		 369 aa  79  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  25.69 
 
 		 736 aa  78.2  0.0000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  33.33 
 
 		 740 aa  78.2  0.0000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  30.05 
 
 		 727 aa  77.4  0.0000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1859  hypothetical protein  24.72 
 
 		 369 aa  77  0.0000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3380  RecD/TraA family helicase  31.88 
 
 		 742 aa  76.6  0.0000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.586227 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5748  helicase, RecD/TraA family  23.61 
 
 		 768 aa  76.6  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1619  hypothetical protein  33.82 
 
 		 761 aa  75.9  0.000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00216862  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0764  helicase, RecD/TraA family  31.28 
 
 		 728 aa  76.3  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0607896  normal  0.527893 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0089  exonuclease V subunit alpha  24.65 
 
 		 813 aa  75.9  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.930068  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  30.29 
 
 		 728 aa  75.1  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1757  helicase, RecD/TraA family  29.22 
 
 		 746 aa  74.3  0.000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1281  deoxyribonuclease  29.39 
 
 		 369 aa  74.3  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1466  exodeoxyribonuclease V  29.62 
 
 		 369 aa  74.3  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  25.34 
 
 		 744 aa  73.6  0.000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1425  helicase, RecD/TraA family  29.52 
 
 		 737 aa  73.6  0.000000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  31.47 
 
 		 728 aa  73.6  0.000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2772  Exodeoxyribonuclease V  27.65 
 
 		 653 aa  73.2  0.000000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00547941  hitchhiker  0.000384136 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3656  AAA ATPase  23.11 
 
 		 641 aa  72.4  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.29435  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4487  Exodeoxyribonuclease V  26.6 
 
 		 738 aa  72  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00100877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  30.52 
 
 		 742 aa  72.4  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.130609 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0758  helicase, RecD/TraA family  25.67 
 
 		 719 aa  72  0.00000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0230  RecD/TraA family helicase  29.44 
 
 		 741 aa  72.4  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2658  Exodeoxyribonuclease V  25.95 
 
 		 659 aa  71.6  0.00000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0285632  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2249  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  25.17 
 
 		 746 aa  71.6  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000721338  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2143  RecD/TraA family helicase  25.06 
 
 		 744 aa  70.9  0.00000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0213  helicase, RecD/TraA family  37.04 
 
 		 740 aa  70.9  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.629499  normal  0.0445082 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2726  helicase, RecD/TraA family  26.84 
 
 		 741 aa  70.9  0.00000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000501325  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  30.62 
 
 		 728 aa  70.1  0.00000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3837  putative deoxyribonuclease  29.21 
 
 		 397 aa  70.1  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.738872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  25.23 
 
 		 735 aa  70.1  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1405  Exodeoxyribonuclease V  34.78 
 
 		 1214 aa  70.1  0.00000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2433  RecD/TraA family helicase  24.72 
 
 		 744 aa  69.7  0.00000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  32.16 
 
 		 733 aa  69.7  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3584  Exodeoxyribonuclease V  26.45 
 
 		 720 aa  69.3  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.68504 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11171  exodeoxyribonuclease V  24.08 
 
 		 486 aa  69.7  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0885219  normal  0.565866 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1552  helicase RecD/TraA  26.3 
 
 		 739 aa  69.7  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.338597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  30.54 
 
 		 733 aa  69.7  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3839  helicase, RecD/TraA family  30.56 
 
 		 750 aa  69.3  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0839164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  26.1 
 
 		 736 aa  69.7  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3229  Exodeoxyribonuclease V  26.81 
 
 		 637 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0955  exodeoxyribonuclease V  28.92 
 
 		 369 aa  68.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.219189 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  32.16 
 
 		 733 aa  69.3  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2311  helicase, RecD/TraA family  33.16 
 
 		 726 aa  68.2  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2085  exodeoxyribonuclease V  33.53 
 
 		 732 aa  68.2  0.0000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0446  RecD/TraA family helicase  24.89 
 
 		 735 aa  67.8  0.0000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000295111  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  30.13 
 
 		 727 aa  68.2  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  26.91 
 
 		 726 aa  67.4  0.0000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  34.86 
 
 		 711 aa  67.4  0.0000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0956  helicase, RecD/TraA family  24.58 
 
 		 786 aa  67.4  0.0000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0686  exodeoxyribonuclease V  27.18 
 
 		 369 aa  66.6  0.0000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1922  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  23.92 
 
 		 698 aa  66.2  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0245308  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3789  hypothetical protein  30.56 
 
 		 698 aa  66.2  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0516841  normal  0.691917 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2495  helicase, RecD/TraA family  24.29 
 
 		 784 aa  66.2  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3054  helicase, RecD/TraA family  31.74 
 
 		 726 aa  66.2  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>