272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3837 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0594  exodeoxyribonuclease V  86.45 
 
 		 369 aa  671    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1281  deoxyribonuclease  96.75 
 
 		 369 aa  737    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0955  exodeoxyribonuclease V  89.16 
 
 		 369 aa  690    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.219189 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3837  putative deoxyribonuclease  100 
 
 		 397 aa  818    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.738872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0686  exodeoxyribonuclease V  87.53 
 
 		 369 aa  678    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1859  hypothetical protein  85.91 
 
 		 369 aa  666    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1466  exodeoxyribonuclease V  95.39 
 
 		 369 aa  729    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3505  putative deoxyribonuclease  59.56 
 
 		 363 aa  449  1e-125  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.618009  normal  0.621388 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0674  putative deoxyribonuclease  59.84 
 
 		 373 aa  444  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.663725 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4672  putative deoxyribonuclease  60.43 
 
 		 372 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0685  putative deoxyribonuclease  59.84 
 
 		 373 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0648  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  59.57 
 
 		 372 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.58481 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2140  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  58.31 
 
 		 363 aa  436  1e-121  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5462  putative deoxyribonuclease  58.81 
 
 		 368 aa  429  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0255  putative deoxyribonuclease  57.8 
 
 		 367 aa  427  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.0109793 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1491  exonuclease V subunit alpha  57.82 
 
 		 375 aa  426  1e-118  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1808  exodeoxyribonuclease V  57.18 
 
 		 373 aa  423  1e-117  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1387  hypothetical protein  57.56 
 
 		 373 aa  420  1e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.102316  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1343  hypothetical protein  57.03 
 
 		 373 aa  417  9.999999999999999e-116  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000254854  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3841  putative deoxyribonuclease  59.19 
 
 		 365 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5077  putative deoxyribonuclease  57.99 
 
 		 365 aa  413  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2487  putative deoxyribonuclease  58.38 
 
 		 365 aa  414  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.280682  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4249  putative deoxyribonuclease  57.18 
 
 		 365 aa  411  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2770  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  55.44 
 
 		 375 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.527428  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0919  hypothetical protein  56.68 
 
 		 369 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.551853  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1994  exodeoxyribonuclease V  55.03 
 
 		 375 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2514  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  55.44 
 
 		 375 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.237198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2796  exodeoxyribonuclease V  54.76 
 
 		 376 aa  400  9.999999999999999e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.517009  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2622  putative deoxyribonuclease  52.39 
 
 		 373 aa  355  8.999999999999999e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4089  putative deoxyribonuclease  51.46 
 
 		 372 aa  348  7e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2849  AAA ATPase  29.17 
 
 		 678 aa  113  5e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0353435  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10593  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V), alpha subunit - helicase superfamily I member  26.83 
 
 		 476 aa  105  2e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2772  Exodeoxyribonuclease V  29.32 
 
 		 653 aa  104  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00547941  hitchhiker  0.000384136 
 
 
-
 
NC_002950  PG1303  helicase, putative  26.26 
 
 		 471 aa  102  9e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1469  exonuclease V subunit alpha  26.85 
 
 		 480 aa  102  1e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.232256 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3656  AAA ATPase  31.77 
 
 		 641 aa  97.4  4e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.29435  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0521  ATP-dependent exodeoxyribonuclease  26.48 
 
 		 473 aa  96.7  6e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1852  ATPase  26.34 
 
 		 745 aa  93.6  5e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4515  exonuclease V subunit alpha  25.5 
 
 		 469 aa  92.8  9e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  27.67 
 
 		 736 aa  90.5  5e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  28.2 
 
 		 728 aa  90.1  6e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  27.82 
 
 		 742 aa  89.7  8e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3625  AAA ATPase  27.57 
 
 		 511 aa  89  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.107724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3584  Exodeoxyribonuclease V  29.69 
 
 		 720 aa  88.6  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.68504 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0455  RecD/TraA family helicase  25.23 
 
 		 731 aa  87.8  3e-16  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.232252  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0230  RecD/TraA family helicase  27.85 
 
 		 741 aa  87.4  4e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0509  helicase, RecD/TraA family  27.53 
 
 		 728 aa  87.4  4e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.156779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2311  helicase, RecD/TraA family  27.53 
 
 		 726 aa  87  5e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  27.66 
 
 		 744 aa  86.3  9e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  27.55 
 
 		 762 aa  86.3  0.000000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  29.62 
 
 		 726 aa  85.5  0.000000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  26.8 
 
 		 728 aa  85.1  0.000000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2673  RecD/TraA family helicase  28.49 
 
 		 736 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0608  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  29.01 
 
 		 825 aa  85.1  0.000000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1186  exonuclease V subunit alpha  26.11 
 
 		 792 aa  85.1  0.000000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000641615  normal  0.675634 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  27.11 
 
 		 728 aa  85.1  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  26.73 
 
 		 736 aa  84.3  0.000000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3541  RecD/TraA family helicase  29.27 
 
 		 731 aa  84.3  0.000000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  26.14 
 
 		 731 aa  84  0.000000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0197  helicase, RecD/TraA family  27.56 
 
 		 724 aa  84  0.000000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.959927  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  25.96 
 
 		 727 aa  83.6  0.000000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2348  RecD/TraA family helicase  28.12 
 
 		 722 aa  83.6  0.000000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2658  Exodeoxyribonuclease V  29.14 
 
 		 659 aa  82.8  0.000000000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0285632  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  25.43 
 
 		 738 aa  82.8  0.000000000000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2289  helicase, RecD/TraA family  28.49 
 
 		 749 aa  82.8  0.000000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00901153  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  27.7 
 
 		 740 aa  82.4  0.00000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  26.97 
 
 		 735 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  27.56 
 
 		 742 aa  82  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.130609 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1552  helicase RecD/TraA  28.74 
 
 		 739 aa  82  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.338597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  26.77 
 
 		 750 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8706  helicase, RecD/TraA family  29.75 
 
 		 740 aa  81.6  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.671857  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2850  putative ATPase  26.34 
 
 		 511 aa  82  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.935903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3273  RecD/TraA family helicase  28.77 
 
 		 731 aa  81.3  0.00000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6207  helicase, RecD/TraA family  27.82 
 
 		 725 aa  81.3  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4487  Exodeoxyribonuclease V  27.51 
 
 		 738 aa  81.3  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00100877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2619  AAA ATPase  26.81 
 
 		 566 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0306  AAA ATPase  26.61 
 
 		 710 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.933314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0959  ATPase  27.02 
 
 		 566 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.975549  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  28.94 
 
 		 744 aa  80.5  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0244  helicase, RecD/TraA family  27.58 
 
 		 728 aa  80.1  0.00000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1757  helicase, RecD/TraA family  29.46 
 
 		 746 aa  80.1  0.00000000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  27.49 
 
 		 738 aa  79.7  0.00000000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0683  ribonuclease H  25.12 
 
 		 754 aa  79.3  0.0000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1106  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  27.67 
 
 		 766 aa  79.3  0.0000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.710549  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2403  helicase, RecD/TraA family  25.58 
 
 		 747 aa  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934653 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  25.98 
 
 		 727 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  28 
 
 		 907 aa  77.8  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0764  helicase, RecD/TraA family  27.34 
 
 		 728 aa  77.8  0.0000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0607896  normal  0.527893 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0213  helicase, RecD/TraA family  27.25 
 
 		 740 aa  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.629499  normal  0.0445082 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0847  ATPase  26.65 
 
 		 515 aa  77.8  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.102768 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1393  RecD/TraA family helicase  26.03 
 
 		 719 aa  77.8  0.0000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1676  RecD/TraA family helicase  26.84 
 
 		 825 aa  78.2  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1710  RecD/TraA family helicase  26.84 
 
 		 825 aa  78.2  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3229  Exodeoxyribonuclease V  29.84 
 
 		 637 aa  77.4  0.0000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115754  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1191  Helix-hairpin-helix DNA-binding class 1  27.25 
 
 		 577 aa  77  0.0000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.21153 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  25.85 
 
 		 733 aa  77  0.0000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5748  helicase, RecD/TraA family  25.52 
 
 		 768 aa  77  0.0000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3380  RecD/TraA family helicase  26.94 
 
 		 742 aa  77  0.0000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.586227 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1619  hypothetical protein  34.55 
 
 		 761 aa  76.6  0.0000000000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00216862  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0503  helicase, RecD/TraA family  28.49 
 
 		 715 aa  76.6  0.0000000000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>