80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0959 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3625  AAA ATPase  71.65 
 
 		 511 aa  717    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.107724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2850  putative ATPase  75.64 
 
 		 511 aa  759    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.935903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0959  ATPase  100 
 
 		 566 aa  1132    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.975549  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2619  AAA ATPase  99.29 
 
 		 566 aa  1122    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3101  ATPase  76.34 
 
 		 517 aa  740    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.422259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3010  AAA ATPase  92.53 
 
 		 563 aa  1031    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.71626 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0847  ATPase  69.92 
 
 		 515 aa  709    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.102768 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2796  exodeoxyribonuclease V  28.83 
 
 		 376 aa  97.1  9e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.517009  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2514  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  29.21 
 
 		 375 aa  93.6  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.237198  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1387  hypothetical protein  27.38 
 
 		 373 aa  93.2  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.102316  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5462  putative deoxyribonuclease  28.73 
 
 		 368 aa  93.6  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1343  hypothetical protein  27.38 
 
 		 373 aa  93.2  1e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000254854  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5077  putative deoxyribonuclease  29.01 
 
 		 365 aa  92.4  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4672  putative deoxyribonuclease  28.51 
 
 		 372 aa  91.7  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2770  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  29.24 
 
 		 375 aa  91.7  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.527428  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0255  putative deoxyribonuclease  29.05 
 
 		 367 aa  91.3  5e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.0109793 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1808  exodeoxyribonuclease V  27.93 
 
 		 373 aa  90.1  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3505  putative deoxyribonuclease  27.68 
 
 		 363 aa  89.7  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.618009  normal  0.621388 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0685  putative deoxyribonuclease  29.91 
 
 		 373 aa  89  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3841  putative deoxyribonuclease  27.31 
 
 		 365 aa  87.8  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2487  putative deoxyribonuclease  28.24 
 
 		 365 aa  87.8  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.280682  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0648  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  29.24 
 
 		 372 aa  87.4  6e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.58481 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0674  putative deoxyribonuclease  29.69 
 
 		 373 aa  87.4  6e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.663725 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0919  hypothetical protein  26.91 
 
 		 369 aa  86.7  0.000000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.551853  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1491  exonuclease V subunit alpha  27.9 
 
 		 375 aa  86.7  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1994  exodeoxyribonuclease V  29.21 
 
 		 375 aa  85.9  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4249  putative deoxyribonuclease  27.99 
 
 		 365 aa  85.1  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2140  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  31.27 
 
 		 363 aa  84  0.000000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1466  exodeoxyribonuclease V  26.7 
 
 		 369 aa  82.4  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3837  putative deoxyribonuclease  27.23 
 
 		 397 aa  81.3  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.738872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1281  deoxyribonuclease  27.29 
 
 		 369 aa  79.7  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2622  putative deoxyribonuclease  31.36 
 
 		 373 aa  79.7  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0955  exodeoxyribonuclease V  26.11 
 
 		 369 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.219189 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0686  exodeoxyribonuclease V  26.45 
 
 		 369 aa  78.6  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4089  putative deoxyribonuclease  29.97 
 
 		 372 aa  77.8  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1859  hypothetical protein  26.46 
 
 		 369 aa  75.5  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0594  exodeoxyribonuclease V  28.96 
 
 		 369 aa  72  0.00000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0455  RecD/TraA family helicase  24.14 
 
 		 731 aa  65.9  0.000000002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.232252  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2658  Exodeoxyribonuclease V  28.45 
 
 		 659 aa  63.2  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0285632  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2772  Exodeoxyribonuclease V  24.41 
 
 		 653 aa  58.5  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00547941  hitchhiker  0.000384136 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2849  AAA ATPase  25.88 
 
 		 678 aa  57.8  0.0000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0353435  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  27.16 
 
 		 1123 aa  57  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1303  helicase, putative  25.5 
 
 		 471 aa  56.6  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0608  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  35.34 
 
 		 825 aa  54.3  0.000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1924  exodeoxyribonuclease V  26.87 
 
 		 483 aa  53.9  0.000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0233572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1186  exonuclease V subunit alpha  25.67 
 
 		 792 aa  53.1  0.00001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000641615  normal  0.675634 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  26.52 
 
 		 1100 aa  53.5  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1757  helicase, RecD/TraA family  28.26 
 
 		 746 aa  52.8  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  26.69 
 
 		 976 aa  51.6  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  26.69 
 
 		 976 aa  51.6  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11171  exodeoxyribonuclease V  24.64 
 
 		 486 aa  51.2  0.00005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0885219  normal  0.565866 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4895  exodeoxyribonuclease V  30.5 
 
 		 776 aa  50.8  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.382382  normal  0.0563011 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0679  hypothetical protein  26.69 
 
 		 486 aa  50.4  0.00009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  25.33 
 
 		 1098 aa  49.7  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0741  exodeoxyribonuclease V  28.7 
 
 		 481 aa  49.7  0.0001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.384305  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15131  exodeoxyribonuclease V  27.33 
 
 		 448 aa  50.1  0.0001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  26.77 
 
 		 754 aa  48.9  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  27.17 
 
 		 744 aa  48.9  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1461  exonuclease V subunit alpha  28.09 
 
 		 496 aa  48.9  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00677876  normal  0.63958 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  26.48 
 
 		 736 aa  47.8  0.0005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1393  RecD/TraA family helicase  38.24 
 
 		 719 aa  47  0.0009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  22.73 
 
 		 1107 aa  47  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2646  exodeoxyribonuclease V  44.78 
 
 		 816 aa  46.6  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.215439  normal  0.0562763 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1552  helicase RecD/TraA  26.46 
 
 		 739 aa  47  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.338597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1852  ATPase  36.67 
 
 		 745 aa  46.6  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  25.96 
 
 		 982 aa  45.8  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09351  exodeoxyribonuclease V  27.33 
 
 		 491 aa  46.2  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.199442 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0683  ribonuclease H  23.38 
 
 		 754 aa  45.4  0.003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3584  Exodeoxyribonuclease V  26.99 
 
 		 720 aa  44.7  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.68504 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  23.81 
 
 		 1100 aa  45.1  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  24.67 
 
 		 1356 aa  44.7  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  25.47 
 
 		 1102 aa  44.3  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  24.67 
 
 		 1098 aa  44.3  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1226  exonuclease V subunit alpha  24.57 
 
 		 924 aa  44.3  0.006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688264 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3509  exonuclease V subunit alpha  24.57 
 
 		 924 aa  44.3  0.006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.996983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2348  RecD/TraA family helicase  25.84 
 
 		 722 aa  43.9  0.007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1619  hypothetical protein  26.32 
 
 		 761 aa  44.3  0.007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00216862  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  26.2 
 
 		 1107 aa  43.9  0.008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3380  RecD/TraA family helicase  23.57 
 
 		 742 aa  43.9  0.008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.586227 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  24.84 
 
 		 1102 aa  43.9  0.008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>