79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3625 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_0847  ATPase  70.75 
 
 		 515 aa  710    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.102768 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2619  AAA ATPase  71.65 
 
 		 566 aa  719    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3101  ATPase  72.02 
 
 		 517 aa  695    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.422259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2850  putative ATPase  73.19 
 
 		 511 aa  736    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.935903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3010  AAA ATPase  70.83 
 
 		 563 aa  705    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.71626 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3625  AAA ATPase  100 
 
 		 511 aa  1011    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.107724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0959  ATPase  71.65 
 
 		 566 aa  717    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.975549  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2796  exodeoxyribonuclease V  28.63 
 
 		 376 aa  103  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.517009  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2514  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  28.42 
 
 		 375 aa  95.1  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.237198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1491  exonuclease V subunit alpha  27.89 
 
 		 375 aa  92.8  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2770  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  28.82 
 
 		 375 aa  91.7  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.527428  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1343  hypothetical protein  29.42 
 
 		 373 aa  89.4  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000254854  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1387  hypothetical protein  29.42 
 
 		 373 aa  89.4  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.102316  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1808  exodeoxyribonuclease V  29.67 
 
 		 373 aa  88.6  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3837  putative deoxyribonuclease  27.57 
 
 		 397 aa  89  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.738872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1994  exodeoxyribonuclease V  29.45 
 
 		 375 aa  86.3  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0919  hypothetical protein  27.41 
 
 		 369 aa  85.9  0.000000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.551853  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1281  deoxyribonuclease  27.4 
 
 		 369 aa  85.1  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2140  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  28.1 
 
 		 363 aa  84.3  0.000000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1466  exodeoxyribonuclease V  26.79 
 
 		 369 aa  84.7  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4672  putative deoxyribonuclease  30.54 
 
 		 372 aa  84  0.000000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0255  putative deoxyribonuclease  30.27 
 
 		 367 aa  83.2  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.0109793 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2622  putative deoxyribonuclease  32.3 
 
 		 373 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5462  putative deoxyribonuclease  26.99 
 
 		 368 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0955  exodeoxyribonuclease V  27.47 
 
 		 369 aa  80.9  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.219189 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0674  putative deoxyribonuclease  27.75 
 
 		 373 aa  80.5  0.00000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.663725 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0685  putative deoxyribonuclease  26.87 
 
 		 373 aa  79.7  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3841  putative deoxyribonuclease  26.3 
 
 		 365 aa  79  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0648  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  26.43 
 
 		 372 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.58481 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4089  putative deoxyribonuclease  30.93 
 
 		 372 aa  79  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5077  putative deoxyribonuclease  26.36 
 
 		 365 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4249  putative deoxyribonuclease  26.39 
 
 		 365 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2487  putative deoxyribonuclease  26.6 
 
 		 365 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.280682  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0686  exodeoxyribonuclease V  26.04 
 
 		 369 aa  76.6  0.0000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1859  hypothetical protein  28.9 
 
 		 369 aa  72.4  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3505  putative deoxyribonuclease  27.61 
 
 		 363 aa  70.1  0.00000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.618009  normal  0.621388 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0594  exodeoxyribonuclease V  28.23 
 
 		 369 aa  69.3  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0455  RecD/TraA family helicase  22.88 
 
 		 731 aa  66.6  0.000000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.232252  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2658  Exodeoxyribonuclease V  28.66 
 
 		 659 aa  61.6  0.00000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0285632  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2849  AAA ATPase  27.39 
 
 		 678 aa  60.8  0.00000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0353435  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5834  DNA helicase, putative  23.4 
 
 		 462 aa  59.7  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1186  exonuclease V subunit alpha  25.24 
 
 		 792 aa  58.5  0.0000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000641615  normal  0.675634 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0608  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  24.17 
 
 		 825 aa  57.8  0.0000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  28.06 
 
 		 744 aa  55.1  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2772  Exodeoxyribonuclease V  26.92 
 
 		 653 aa  52.4  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00547941  hitchhiker  0.000384136 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3509  exonuclease V subunit alpha  26.12 
 
 		 924 aa  51.2  0.00005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.996983  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15131  exodeoxyribonuclease V  31.61 
 
 		 448 aa  51.2  0.00005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1226  exonuclease V subunit alpha  26.12 
 
 		 924 aa  51.2  0.00005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688264 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0679  hypothetical protein  26.22 
 
 		 486 aa  50.4  0.00008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1191  Helix-hairpin-helix DNA-binding class 1  27.67 
 
 		 577 aa  49.7  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.21153 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2646  exodeoxyribonuclease V  27.99 
 
 		 816 aa  50.1  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.215439  normal  0.0562763 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1924  exodeoxyribonuclease V  25.68 
 
 		 483 aa  48.9  0.0002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0233572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4895  exodeoxyribonuclease V  27.67 
 
 		 776 aa  48.9  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.382382  normal  0.0563011 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1183  RecD/TraA family helicase  24.92 
 
 		 810 aa  48.9  0.0002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0188  putative helicase  25.47 
 
 		 788 aa  48.9  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0609464  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  24.92 
 
 		 754 aa  48.1  0.0004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1710  RecD/TraA family helicase  26.14 
 
 		 825 aa  47.4  0.0006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1676  RecD/TraA family helicase  26.14 
 
 		 825 aa  47.4  0.0006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  25 
 
 		 1123 aa  47  0.0009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl322  exodeoxyribonuclease V  21.16 
 
 		 743 aa  47  0.0009  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000862926  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11171  exodeoxyribonuclease V  28.9 
 
 		 486 aa  46.2  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0885219  normal  0.565866 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09351  exodeoxyribonuclease V  25.34 
 
 		 491 aa  46.6  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.199442 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0741  exodeoxyribonuclease V  31.43 
 
 		 481 aa  45.4  0.002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.384305  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0961  ATP-dependent DNA helicase replicase  27.27 
 
 		 776 aa  45.4  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10841  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  29.55 
 
 		 574 aa  45.8  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0105439  normal  0.293224 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1393  RecD/TraA family helicase  26.11 
 
 		 719 aa  45.4  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0951  ATP-dependent DNA helicase replicase  27.55 
 
 		 777 aa  44.7  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1461  exonuclease V subunit alpha  25.34 
 
 		 496 aa  44.7  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00677876  normal  0.63958 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2311  helicase, RecD/TraA family  23.93 
 
 		 726 aa  44.7  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4227  helicase, UvrD/Rep family  26.74 
 
 		 778 aa  44.7  0.004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00019989  hitchhiker  0.000557099 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1552  helicase RecD/TraA  26.11 
 
 		 739 aa  44.3  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.338597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  25.69 
 
 		 736 aa  44.3  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  24.41 
 
 		 726 aa  44.3  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2919  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.08 
 
 		 721 aa  44.3  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1075  helicase, UvrD/Rep family  27.27 
 
 		 777 aa  44.3  0.005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1206  helicase, UvrD/Rep family  27.27 
 
 		 777 aa  44.7  0.005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1118  helicase, UvrD/Rep family  27.27 
 
 		 776 aa  44.3  0.006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0603205 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  25.31 
 
 		 1102 aa  44.3  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  23.89 
 
 		 1100 aa  43.5  0.009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>