270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2140 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2140  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  100 
 
 		 363 aa  740    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3505  putative deoxyribonuclease  72.73 
 
 		 363 aa  563  1.0000000000000001e-159  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.618009  normal  0.621388 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0648  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  64.66 
 
 		 372 aa  483  1e-135  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.58481 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0685  putative deoxyribonuclease  64.29 
 
 		 373 aa  481  1e-134  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0674  putative deoxyribonuclease  64.29 
 
 		 373 aa  481  1e-134  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.663725 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0255  putative deoxyribonuclease  65.11 
 
 		 367 aa  476  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.0109793 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4672  putative deoxyribonuclease  63.29 
 
 		 372 aa  473  1e-132  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5462  putative deoxyribonuclease  64.01 
 
 		 368 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1859  hypothetical protein  61.31 
 
 		 369 aa  464  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1994  exodeoxyribonuclease V  59.63 
 
 		 375 aa  456  1e-127  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3841  putative deoxyribonuclease  61.88 
 
 		 365 aa  455  1e-127  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1491  exonuclease V subunit alpha  61.5 
 
 		 375 aa  457  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1808  exodeoxyribonuclease V  60.05 
 
 		 373 aa  456  1e-127  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1387  hypothetical protein  59.52 
 
 		 373 aa  452  1.0000000000000001e-126  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.102316  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2796  exodeoxyribonuclease V  60 
 
 		 376 aa  452  1.0000000000000001e-126  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.517009  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4249  putative deoxyribonuclease  62.15 
 
 		 365 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2487  putative deoxyribonuclease  62.43 
 
 		 365 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.280682  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0594  exodeoxyribonuclease V  58.86 
 
 		 369 aa  449  1e-125  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5077  putative deoxyribonuclease  61.33 
 
 		 365 aa  450  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2770  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  58.02 
 
 		 375 aa  448  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.527428  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1343  hypothetical protein  59.25 
 
 		 373 aa  449  1e-125  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000254854  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2514  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  58.29 
 
 		 375 aa  449  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.237198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1466  exodeoxyribonuclease V  59.13 
 
 		 369 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1281  deoxyribonuclease  59.4 
 
 		 369 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3837  putative deoxyribonuclease  58.31 
 
 		 397 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.738872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0686  exodeoxyribonuclease V  58.04 
 
 		 369 aa  447  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0955  exodeoxyribonuclease V  58.86 
 
 		 369 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.219189 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0919  hypothetical protein  58.15 
 
 		 369 aa  424  1e-117  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.551853  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4089  putative deoxyribonuclease  58.87 
 
 		 372 aa  412  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2622  putative deoxyribonuclease  58.71 
 
 		 373 aa  408  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2849  AAA ATPase  30.08 
 
 		 678 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0353435  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0232  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  28.1 
 
 		 475 aa  107  3e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.14834  normal  0.233843 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10593  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V), alpha subunit - helicase superfamily I member  25.17 
 
 		 476 aa  102  8e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1303  helicase, putative  27.37 
 
 		 471 aa  100  4e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2850  putative ATPase  28.44 
 
 		 511 aa  98.6  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.935903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1469  exonuclease V subunit alpha  26.64 
 
 		 480 aa  95.9  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.232256 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2772  Exodeoxyribonuclease V  29.67 
 
 		 653 aa  93.6  5e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00547941  hitchhiker  0.000384136 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3656  AAA ATPase  30.39 
 
 		 641 aa  92.8  8e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.29435  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4515  exonuclease V subunit alpha  25.76 
 
 		 469 aa  92  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1461  exonuclease V subunit alpha  26.61 
 
 		 496 aa  92  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00677876  normal  0.63958 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1619  hypothetical protein  26.97 
 
 		 761 aa  90.5  4e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00216862  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3625  AAA ATPase  28.92 
 
 		 511 aa  89.4  9e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.107724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0959  ATPase  31.62 
 
 		 566 aa  88.2  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.975549  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  28.19 
 
 		 740 aa  87.8  2e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  30.19 
 
 		 726 aa  87.8  2e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2619  AAA ATPase  31.62 
 
 		 566 aa  87.8  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2665  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  25.84 
 
 		 474 aa  87.4  3e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1186  exonuclease V subunit alpha  27.76 
 
 		 792 aa  87.4  4e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000641615  normal  0.675634 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3010  AAA ATPase  30.93 
 
 		 563 aa  87  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.71626 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1852  ATPase  25.99 
 
 		 745 aa  85.5  0.000000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  28.26 
 
 		 731 aa  85.5  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0455  RecD/TraA family helicase  24.57 
 
 		 731 aa  85.1  0.000000000000002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.232252  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0608  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  28.86 
 
 		 825 aa  85.1  0.000000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0246  RecD/TraA family helicase  28.23 
 
 		 742 aa  84  0.000000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  27.49 
 
 		 728 aa  84  0.000000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  27.52 
 
 		 738 aa  83.6  0.000000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3101  ATPase  26.67 
 
 		 517 aa  83.2  0.000000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.422259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  27.51 
 
 		 750 aa  83.2  0.000000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3509  exonuclease V subunit alpha  29.06 
 
 		 924 aa  83.2  0.000000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.996983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1226  exonuclease V subunit alpha  29.06 
 
 		 924 aa  83.2  0.000000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688264 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1710  RecD/TraA family helicase  26.56 
 
 		 825 aa  81.3  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2433  RecD/TraA family helicase  26.13 
 
 		 744 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2143  RecD/TraA family helicase  26.09 
 
 		 744 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8706  helicase, RecD/TraA family  31.15 
 
 		 740 aa  82  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.671857  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1676  RecD/TraA family helicase  26.56 
 
 		 825 aa  81.3  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  26.91 
 
 		 736 aa  81.3  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5748  helicase, RecD/TraA family  27.79 
 
 		 768 aa  80.9  0.00000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  27.86 
 
 		 742 aa  80.1  0.00000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  27.01 
 
 		 735 aa  79.3  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2289  helicase, RecD/TraA family  25.97 
 
 		 749 aa  79  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00901153  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4487  Exodeoxyribonuclease V  27.53 
 
 		 738 aa  79  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00100877  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1183  RecD/TraA family helicase  25.8 
 
 		 810 aa  77.8  0.0000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3584  Exodeoxyribonuclease V  28.76 
 
 		 720 aa  78.6  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.68504 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2658  Exodeoxyribonuclease V  29.87 
 
 		 659 aa  77.8  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0285632  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  27.3 
 
 		 733 aa  77.4  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2305  AAA ATPase  28.28 
 
 		 747 aa  77.4  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476827  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  26.96 
 
 		 728 aa  76.6  0.0000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0847  ATPase  28.24 
 
 		 515 aa  75.5  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.102768 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0683  ribonuclease H  23.56 
 
 		 754 aa  75.9  0.000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1106  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  28.65 
 
 		 766 aa  75.5  0.000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.710549  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1742  exonuclease V subunit alpha  25.56 
 
 		 834 aa  75.9  0.000000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6207  helicase, RecD/TraA family  26.49 
 
 		 725 aa  74.3  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl322  exodeoxyribonuclease V  26.93 
 
 		 743 aa  74.3  0.000000000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000862926  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1922  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  28.16 
 
 		 698 aa  74.3  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0245308  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2403  helicase, RecD/TraA family  26.75 
 
 		 747 aa  74.3  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934653 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  24.88 
 
 		 742 aa  74.3  0.000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.130609 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  27.3 
 
 		 762 aa  74.3  0.000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0818  RecD/TraA family helicase  25.5 
 
 		 688 aa  73.9  0.000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.662153  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  28.61 
 
 		 733 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3273  RecD/TraA family helicase  27.65 
 
 		 731 aa  73.9  0.000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4895  exodeoxyribonuclease V  29.22 
 
 		 776 aa  73.9  0.000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.382382  normal  0.0563011 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf852  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.91 
 
 		 732 aa  73.6  0.000000000005  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  25.93 
 
 		 736 aa  73.6  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1706  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V), alpha subunit  27.12 
 
 		 730 aa  73.6  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.129548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  26.34 
 
 		 711 aa  73.6  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0306  AAA ATPase  26.54 
 
 		 710 aa  73.2  0.000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.933314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3541  RecD/TraA family helicase  27.39 
 
 		 731 aa  72.8  0.000000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2495  helicase, RecD/TraA family  25.84 
 
 		 784 aa  72  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2348  RecD/TraA family helicase  27.68 
 
 		 722 aa  72.4  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4241  RecD/TraA family helicase  25.86 
 
 		 778 aa  72.8  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>