More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Syncc9605_1650 on replicon NC_007516
Organism: Synechococcus sp. CC9605



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007513  Syncc9902_1409  exodeoxyribonuclease V  64.96 
 
 
530 aa  651    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0787348  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1650  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  100 
 
 
526 aa  1023    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09631  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  49.47 
 
 
576 aa  491  1e-137  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10841  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  39.31 
 
 
574 aa  403  1e-111  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0105439  normal  0.293224 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14781  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  36.59 
 
 
573 aa  372  1e-102  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.922098  normal  0.231202 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0646  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.12 
 
 
573 aa  370  1e-101  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.547153  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11931  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  28.01 
 
 
563 aa  258  1e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.271805  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12091  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  28.4 
 
 
567 aa  248  2e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12081  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  28.07 
 
 
567 aa  243  5e-63  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0649311  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1113  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  28.48 
 
 
566 aa  238  2e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.327644  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1056  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.73 
 
 
609 aa  180  7e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.923429  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0323  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.77 
 
 
599 aa  175  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0343  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.1 
 
 
599 aa  167  4e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0578  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.88 
 
 
601 aa  163  7e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2548  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.36 
 
 
650 aa  150  4e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.975526 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2933  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.36 
 
 
646 aa  150  4e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.238613  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4895  exodeoxyribonuclease V  35.19 
 
 
776 aa  150  6e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.382382  normal  0.0563011 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1432  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.37 
 
 
576 aa  149  9e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00407883  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1126  exonuclease V, alpha subunit  26.98 
 
 
734 aa  148  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00308131  normal  0.011484 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  29.9 
 
 
727 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0818  RecD/TraA family helicase  30.68 
 
 
688 aa  147  5e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.662153  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002686  exodeoxyribonuclease V alpha chain  31.25 
 
 
715 aa  147  7.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.48 
 
 
595 aa  145  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.559097  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0371  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.35 
 
 
588 aa  146  1e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.219276  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1170  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.18 
 
 
655 aa  143  9e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.768019  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1460  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.07 
 
 
698 aa  143  9e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  28.52 
 
 
662 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2658  Exodeoxyribonuclease V  33.04 
 
 
659 aa  141  3e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0285632  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  30.55 
 
 
728 aa  141  3e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1208  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.89 
 
 
551 aa  140  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3262  exonuclease V subunit alpha  32.5 
 
 
607 aa  140  4.999999999999999e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03300  hypothetical protein  29.33 
 
 
725 aa  140  6e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1758  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.02 
 
 
737 aa  140  6e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  33.26 
 
 
733 aa  140  7e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1987  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.12 
 
 
676 aa  139  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000228018  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1892  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.2 
 
 
594 aa  139  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087164  hitchhiker  0.00000000000433292 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3789  hypothetical protein  31.08 
 
 
698 aa  139  1e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0516841  normal  0.691917 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0230  RecD/TraA family helicase  34.29 
 
 
741 aa  138  2e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  33.57 
 
 
733 aa  137  4e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1462  helicase RecD/TraA  29.81 
 
 
739 aa  137  4e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0302  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.92 
 
 
744 aa  137  5e-31  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3273  RecD/TraA family helicase  33.33 
 
 
731 aa  137  5e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31 
 
 
739 aa  137  6.0000000000000005e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000685942 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3388  exonuclease V subunit alpha  31.37 
 
 
618 aa  137  7.000000000000001e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02667  exonuclease V (RecBCD complex), alpha chain  31.31 
 
 
608 aa  136  8e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.690529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0872  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.31 
 
 
608 aa  136  8e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.938405  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1922  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  30.41 
 
 
698 aa  136  8e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0245308  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3043  exonuclease V subunit alpha  31.31 
 
 
608 aa  136  8e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.225396  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02628  hypothetical protein  31.31 
 
 
608 aa  136  8e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.627808  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0896  exonuclease V subunit alpha  31.31 
 
 
608 aa  136  8e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.367719  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3139  exonuclease V subunit alpha  31.31 
 
 
608 aa  136  8e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2966  exonuclease V subunit alpha  31.31 
 
 
608 aa  136  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3813  exonuclease V subunit alpha  31.86 
 
 
621 aa  135  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.752384  hitchhiker  0.00686322 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1358  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.2 
 
 
588 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2965  exonuclease V subunit alpha  31.12 
 
 
608 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  33.49 
 
 
742 aa  134  3e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.130609 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1425  helicase, RecD/TraA family  31.07 
 
 
737 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4084  exonuclease V subunit alpha  31.12 
 
 
608 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0915  exonuclease V subunit alpha  31.64 
 
 
619 aa  134  5e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.718919  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4567  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.06 
 
 
708 aa  133  6.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  30.77 
 
 
727 aa  133  6.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3541  RecD/TraA family helicase  32.87 
 
 
731 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1211  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.27 
 
 
787 aa  132  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.53406  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3374  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.26 
 
 
616 aa  132  1.0000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.860557 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3584  Exodeoxyribonuclease V  32.07 
 
 
720 aa  132  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.68504 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  31.13 
 
 
733 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.03 
 
 
687 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0692  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.65 
 
 
603 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1847  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.04 
 
 
683 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.401727  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4536  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.88 
 
 
691 aa  131  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.636293  normal  0.640936 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2643  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  28.35 
 
 
682 aa  131  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.108895  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0253  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.25 
 
 
584 aa  131  3e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4672  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.15 
 
 
691 aa  130  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.156704 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6207  helicase, RecD/TraA family  33.89 
 
 
725 aa  129  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0652  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25 
 
 
610 aa  129  1.0000000000000001e-28  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.955738  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  33.17 
 
 
762 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  31.69 
 
 
736 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0770  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.19 
 
 
579 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0335755  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  32.55 
 
 
728 aa  128  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  31.37 
 
 
735 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1400  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.65 
 
 
581 aa  129  2.0000000000000002e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2112  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.8 
 
 
686 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1292  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.65 
 
 
731 aa  127  4.0000000000000003e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.255394  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3839  helicase, RecD/TraA family  31.82 
 
 
750 aa  127  6e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0839164  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0682  exodeoxyribonuclease V alpha chain  27.36 
 
 
674 aa  127  7e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.163912  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1902  exodeoxyribonuclease V  29.78 
 
 
631 aa  127  7e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3156  exonuclease V subunit alpha  30.78 
 
 
611 aa  126  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  28.77 
 
 
738 aa  126  8.000000000000001e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3205  exonuclease V subunit alpha  30.78 
 
 
611 aa  126  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  31.85 
 
 
742 aa  126  9e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3219  exonuclease V subunit alpha  30.78 
 
 
611 aa  126  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  33.02 
 
 
754 aa  126  1e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.16 
 
 
555 aa  126  1e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3139  exonuclease V subunit alpha  30.78 
 
 
611 aa  126  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2772  Exodeoxyribonuclease V  31.49 
 
 
653 aa  126  1e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00547941  hitchhiker  0.000384136 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5137  Exodeoxyribonuclease V  32.26 
 
 
749 aa  125  1e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.34484  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  30.73 
 
 
728 aa  126  1e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5748  helicase, RecD/TraA family  31.88 
 
 
768 aa  126  1e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1935  exodeoxyribonuclease V  27.75 
 
 
683 aa  125  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.280429  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  29.63 
 
 
740 aa  125  2e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>