More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0253 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_0253  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  100 
 
 
584 aa  1141    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0903  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  53.28 
 
 
580 aa  456  1e-127  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0479062 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1208  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  54.8 
 
 
551 aa  456  1e-127  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0897  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  53.1 
 
 
580 aa  453  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0914  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  53.1 
 
 
580 aa  453  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  54.93 
 
 
555 aa  434  1e-120  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10640  exonuclease V alpha subunit recD  53.36 
 
 
575 aa  421  1e-116  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.47997e-19  normal  0.376997 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3906  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  49.45 
 
 
632 aa  411  1e-113  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.436608  normal  0.0788816 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2294  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  47 
 
 
598 aa  382  1e-105  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3374  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  44.74 
 
 
616 aa  356  5e-97  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.860557 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2430  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  46.09 
 
 
647 aa  348  1e-94  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.869931  hitchhiker  0.00100057 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2745  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.89 
 
 
641 aa  334  3e-90  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0994  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  45.38 
 
 
634 aa  309  9e-83  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0120944  normal  0.100989 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2150  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.86 
 
 
604 aa  304  3.0000000000000004e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00157683  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1892  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.8 
 
 
594 aa  299  1e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087164  hitchhiker  0.00000000000433292 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0578  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.44 
 
 
601 aa  296  1e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1432  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.49 
 
 
576 aa  286  1.0000000000000001e-75  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00407883  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1056  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.67 
 
 
609 aa  275  2.0000000000000002e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.923429  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1400  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.25 
 
 
581 aa  275  2.0000000000000002e-72  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1358  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.61 
 
 
588 aa  274  4.0000000000000004e-72  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0323  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.36 
 
 
599 aa  272  1e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0343  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.16 
 
 
599 aa  271  2e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0770  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.89 
 
 
579 aa  264  3e-69  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0335755  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.8 
 
 
595 aa  259  1e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.559097  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1987  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.93 
 
 
676 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000228018  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1170  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.26 
 
 
655 aa  243  7e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.768019  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2548  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.54 
 
 
650 aa  243  9e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.975526 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2933  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.54 
 
 
646 aa  242  1e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.238613  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3231  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.53 
 
 
639 aa  242  1e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00025834  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0998  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.25 
 
 
586 aa  235  1.0000000000000001e-60  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.502416 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2421  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.91 
 
 
664 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3262  exonuclease V subunit alpha  34.63 
 
 
607 aa  236  1.0000000000000001e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.69 
 
 
739 aa  231  3e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000685942 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3205  exonuclease V subunit alpha  34.57 
 
 
611 aa  228  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3219  exonuclease V subunit alpha  34.57 
 
 
611 aa  228  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1902  exodeoxyribonuclease V  34.02 
 
 
631 aa  228  2e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3319  exonuclease V subunit alpha  34.57 
 
 
611 aa  228  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.940485 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3156  exonuclease V subunit alpha  34.57 
 
 
611 aa  227  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3139  exonuclease V subunit alpha  34.57 
 
 
611 aa  227  5.0000000000000005e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1847  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.2 
 
 
683 aa  226  7e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.401727  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.42 
 
 
662 aa  226  1e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2147  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.2 
 
 
712 aa  225  2e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2247  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.06 
 
 
701 aa  224  3e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.271795 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0682  exodeoxyribonuclease V alpha chain  37.01 
 
 
674 aa  223  6e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.163912  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0371  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.5 
 
 
588 aa  222  9.999999999999999e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.219276  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1851  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.25 
 
 
710 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4567  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.77 
 
 
708 aa  222  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3813  exonuclease V subunit alpha  34.82 
 
 
621 aa  222  1.9999999999999999e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.752384  hitchhiker  0.00686322 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002686  exodeoxyribonuclease V alpha chain  35.99 
 
 
715 aa  220  5e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1773  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.21 
 
 
706 aa  218  2e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1747  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.73 
 
 
672 aa  218  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397917  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3230  exonuclease V subunit alpha  33.17 
 
 
652 aa  218  2.9999999999999998e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.91996 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0992  exonuclease V subunit alpha  32.91 
 
 
657 aa  217  5e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1935  exodeoxyribonuclease V  33.92 
 
 
683 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.280429  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03300  hypothetical protein  35.93 
 
 
725 aa  216  8e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1623  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.29 
 
 
679 aa  216  8e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.127673  normal  0.170261 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0692  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.7 
 
 
603 aa  216  9e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1044  exonuclease V subunit alpha  32.81 
 
 
657 aa  216  9.999999999999999e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4084  exonuclease V subunit alpha  36.18 
 
 
608 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2965  exonuclease V subunit alpha  36.4 
 
 
608 aa  215  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02667  exonuclease V (RecBCD complex), alpha chain  36.18 
 
 
608 aa  214  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.690529  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2112  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.13 
 
 
686 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02628  hypothetical protein  36.18 
 
 
608 aa  214  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.627808  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2292  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.37 
 
 
740 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.615762  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0872  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.18 
 
 
608 aa  214  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.938405  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0896  exonuclease V subunit alpha  36.18 
 
 
608 aa  214  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.367719  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3043  exonuclease V subunit alpha  36.18 
 
 
608 aa  214  4.9999999999999996e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.225396  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0915  exonuclease V subunit alpha  36.02 
 
 
619 aa  214  4.9999999999999996e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.718919  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3139  exonuclease V subunit alpha  36.18 
 
 
608 aa  214  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2966  exonuclease V subunit alpha  36.18 
 
 
608 aa  214  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2643  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34 
 
 
682 aa  213  5.999999999999999e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.108895  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2093  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  28.51 
 
 
740 aa  213  1e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4536  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.16 
 
 
691 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.636293  normal  0.640936 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4672  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.44 
 
 
691 aa  211  4e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.156704 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2046  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.21 
 
 
739 aa  210  7e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.591294  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4566  hypothetical protein  32.99 
 
 
739 aa  207  6e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2280  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.99 
 
 
739 aa  207  6e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3388  exonuclease V subunit alpha  35.24 
 
 
618 aa  207  6e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0010  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.95 
 
 
750 aa  204  3e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1980  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.3 
 
 
714 aa  204  5e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1126  exonuclease V, alpha subunit  33.05 
 
 
734 aa  203  6e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00308131  normal  0.011484 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1211  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.69 
 
 
787 aa  202  9.999999999999999e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.53406  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5137  Exodeoxyribonuclease V  35.97 
 
 
749 aa  201  3.9999999999999996e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.34484  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2353  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.34 
 
 
767 aa  199  9e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.48 
 
 
687 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1903  exodeoxyribonuclease V, 67 kDa subunit  35.68 
 
 
706 aa  197  3e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1812  exodeoxyribonuclease V  37.81 
 
 
639 aa  197  4.0000000000000005e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1744  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.81 
 
 
639 aa  197  5.000000000000001e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2169  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.04 
 
 
601 aa  196  9e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.613998  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1460  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.26 
 
 
698 aa  195  2e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1292  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.43 
 
 
731 aa  193  7e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.255394  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3006  exonuclease V subunit alpha  34.51 
 
 
616 aa  188  3e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2026  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.38 
 
 
681 aa  183  6e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4013  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.73 
 
 
626 aa  179  1e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.123788 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2837  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.9 
 
 
704 aa  179  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189529  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1758  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.22 
 
 
737 aa  179  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03905  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.55 
 
 
750 aa  173  5.999999999999999e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.824272  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1425  helicase, RecD/TraA family  31.44 
 
 
737 aa  173  9e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1269  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.54 
 
 
680 aa  172  2e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  30.79 
 
 
738 aa  170  7e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>