More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PMT9312_1113 on replicon NC_007577
Organism: Prochlorococcus marinus str. MIT 9312



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008816  A9601_12081  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  91.01 
 
 
567 aa  972    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0649311  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1113  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  100 
 
 
566 aa  1120    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.327644  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12091  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  91.71 
 
 
567 aa  1005    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11931  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  68.25 
 
 
563 aa  739    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.271805  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10841  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  33.94 
 
 
574 aa  291  2e-77  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0105439  normal  0.293224 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0646  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.83 
 
 
573 aa  281  2e-74  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.547153  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14781  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  33.58 
 
 
573 aa  277  3e-73  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.922098  normal  0.231202 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09631  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  27.73 
 
 
576 aa  265  2e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1409  exodeoxyribonuclease V  27.74 
 
 
530 aa  253  4.0000000000000004e-66  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0787348  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1650  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.98 
 
 
526 aa  241  2e-62  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0323  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.98 
 
 
599 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2548  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.49 
 
 
650 aa  127  6e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.975526 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2933  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.49 
 
 
646 aa  127  7e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.238613  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0343  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.02 
 
 
599 aa  124  4e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0872  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.17 
 
 
608 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.938405  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4084  exonuclease V subunit alpha  26.28 
 
 
608 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3139  exonuclease V subunit alpha  26.17 
 
 
608 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3043  exonuclease V subunit alpha  26.17 
 
 
608 aa  122  9.999999999999999e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.225396  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3813  exonuclease V subunit alpha  24.72 
 
 
621 aa  123  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.752384  hitchhiker  0.00686322 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1432  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.07 
 
 
576 aa  123  9.999999999999999e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00407883  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0896  exonuclease V subunit alpha  26.17 
 
 
608 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.367719  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02667  exonuclease V (RecBCD complex), alpha chain  26.17 
 
 
608 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.690529  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02628  hypothetical protein  26.17 
 
 
608 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.627808  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2966  exonuclease V subunit alpha  26.5 
 
 
608 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2965  exonuclease V subunit alpha  25.95 
 
 
608 aa  121  3e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2767  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.24 
 
 
769 aa  121  3.9999999999999996e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1126  exonuclease V, alpha subunit  26.71 
 
 
734 aa  120  4.9999999999999996e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00308131  normal  0.011484 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4567  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  24.42 
 
 
708 aa  120  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0915  exonuclease V subunit alpha  24.76 
 
 
619 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.718919  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1292  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.83 
 
 
731 aa  119  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.255394  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1623  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  22.36 
 
 
679 aa  116  7.999999999999999e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.127673  normal  0.170261 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3374  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.37 
 
 
616 aa  116  8.999999999999998e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.860557 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1892  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  23.98 
 
 
594 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087164  hitchhiker  0.00000000000433292 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3205  exonuclease V subunit alpha  26.39 
 
 
611 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3139  exonuclease V subunit alpha  26.39 
 
 
611 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3319  exonuclease V subunit alpha  26.39 
 
 
611 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.940485 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1170  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.33 
 
 
655 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.768019  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3219  exonuclease V subunit alpha  26.39 
 
 
611 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3156  exonuclease V subunit alpha  26.39 
 
 
611 aa  115  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1460  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.25 
 
 
698 aa  115  3e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4672  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.22 
 
 
691 aa  114  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.156704 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4536  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.22 
 
 
691 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.636293  normal  0.640936 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3388  exonuclease V subunit alpha  24.71 
 
 
618 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0762  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.51 
 
 
691 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.089759 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1987  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.03 
 
 
676 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000228018  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1758  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.92 
 
 
737 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0992  exonuclease V subunit alpha  26.33 
 
 
657 aa  112  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3262  exonuclease V subunit alpha  24.34 
 
 
607 aa  111  3e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1847  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  24.01 
 
 
683 aa  111  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.401727  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  24.22 
 
 
739 aa  111  3e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000685942 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1747  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  22.2 
 
 
672 aa  111  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397917  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4670  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25 
 
 
691 aa  110  6e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0281806 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1211  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.63 
 
 
787 aa  110  8.000000000000001e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.53406  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1044  exonuclease V subunit alpha  26.11 
 
 
657 aa  110  8.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3230  exonuclease V subunit alpha  26.22 
 
 
652 aa  110  8.000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.91996 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0253  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  24.01 
 
 
584 aa  109  1e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55660  exodeoxyribonuclease V alpha chain  24.32 
 
 
721 aa  109  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866156  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4850  exodeoxyribonuclease V alpha chain  24.32 
 
 
720 aa  108  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.61173  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2353  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.38 
 
 
767 aa  108  3e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3006  exonuclease V subunit alpha  24.65 
 
 
616 aa  107  7e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  28.57 
 
 
738 aa  106  1e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0682  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  24.56 
 
 
697 aa  106  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1056  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.71 
 
 
609 aa  106  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.923429  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51700  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  24.84 
 
 
703 aa  106  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2169  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.28 
 
 
601 aa  105  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.613998  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0652  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.13 
 
 
610 aa  105  2e-21  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.955738  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2430  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  22.74 
 
 
647 aa  105  2e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.869931  hitchhiker  0.00100057 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3380  RecD/TraA family helicase  25.65 
 
 
742 aa  105  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.586227 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002686  exodeoxyribonuclease V alpha chain  26.83 
 
 
715 aa  105  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.28 
 
 
697 aa  104  6e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.11 
 
 
687 aa  103  7e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03300  hypothetical protein  26.28 
 
 
725 aa  103  9e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0578  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  23.05 
 
 
601 aa  103  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  24.03 
 
 
555 aa  103  1e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2745  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  21.39 
 
 
641 aa  102  1e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1269  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  22.01 
 
 
680 aa  103  1e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0690  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  24.32 
 
 
702 aa  102  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0770  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25 
 
 
579 aa  102  2e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0335755  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1903  exodeoxyribonuclease V, 67 kDa subunit  26.07 
 
 
706 aa  102  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2150  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  24.38 
 
 
604 aa  102  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00157683  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2421  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.06 
 
 
664 aa  102  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  27.21 
 
 
728 aa  101  3e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  24.17 
 
 
662 aa  101  4e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2643  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.38 
 
 
682 aa  101  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.108895  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0805  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  22.25 
 
 
703 aa  101  4e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.983579  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1208  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  23.72 
 
 
551 aa  100  5e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5748  helicase, RecD/TraA family  25.82 
 
 
768 aa  100  6e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1462  helicase RecD/TraA  27.7 
 
 
739 aa  100  8e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2046  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.89 
 
 
739 aa  100  9e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.591294  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1358  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  24.29 
 
 
588 aa  100  9e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0682  exodeoxyribonuclease V alpha chain  23.91 
 
 
674 aa  100  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.163912  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  24.94 
 
 
727 aa  97.8  4e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0522  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  21.58 
 
 
735 aa  98.2  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.496827  hitchhiker  0.000245551 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1400  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.53 
 
 
581 aa  98.2  4e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3231  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25 
 
 
639 aa  97.4  5e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00025834  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  26.51 
 
 
727 aa  97.4  6e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2280  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.83 
 
 
739 aa  96.7  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4566  hypothetical protein  25.83 
 
 
739 aa  96.7  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01029  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  24.75 
 
 
731 aa  96.3  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.539328  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2093  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.15 
 
 
740 aa  95.9  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>