More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PMN2A_0646 on replicon NC_007335
Organism: Prochlorococcus marinus str. NATL2A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007335  PMN2A_0646  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  100 
 
 
573 aa  1171    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.547153  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14781  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  93.19 
 
 
573 aa  1099    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.922098  normal  0.231202 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09631  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  41.8 
 
 
576 aa  492  9.999999999999999e-139  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10841  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  38.32 
 
 
574 aa  423  1e-117  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0105439  normal  0.293224 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1409  exodeoxyribonuclease V  34.46 
 
 
530 aa  378  1e-103  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0787348  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1650  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.12 
 
 
526 aa  362  8e-99  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11931  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  34.98 
 
 
563 aa  296  8e-79  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.271805  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12081  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  33.7 
 
 
567 aa  269  1e-70  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0649311  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1113  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.83 
 
 
566 aa  266  8.999999999999999e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.327644  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12091  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  33.09 
 
 
567 aa  265  2e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0323  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  28.25 
 
 
599 aa  179  1e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2933  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.54 
 
 
646 aa  177  5e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.238613  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2548  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.54 
 
 
650 aa  177  6e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.975526 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1292  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.22 
 
 
731 aa  168  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.255394  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2767  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.13 
 
 
769 aa  164  3e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0343  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.55 
 
 
599 aa  164  6e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1432  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  28.3 
 
 
576 aa  161  3e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00407883  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0578  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.6 
 
 
601 aa  160  7e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1126  exonuclease V, alpha subunit  29.02 
 
 
734 aa  159  1e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00308131  normal  0.011484 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1211  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  28.06 
 
 
787 aa  159  1e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.53406  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0010  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  28.72 
 
 
750 aa  157  5.0000000000000005e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1758  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.16 
 
 
737 aa  154  4e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002686  exodeoxyribonuclease V alpha chain  29.16 
 
 
715 aa  154  5e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03300  hypothetical protein  28.7 
 
 
725 aa  149  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1847  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.86 
 
 
683 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.401727  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1892  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.9 
 
 
594 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087164  hitchhiker  0.00000000000433292 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1056  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  24.14 
 
 
609 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.923429  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2150  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.53 
 
 
604 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00157683  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.5 
 
 
555 aa  145  1e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1460  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.91 
 
 
698 aa  146  1e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3231  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  28.52 
 
 
639 aa  145  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00025834  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1208  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.79 
 
 
551 aa  143  8e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1170  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.21 
 
 
655 aa  143  8e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.768019  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.19 
 
 
697 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1747  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.06 
 
 
672 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397917  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  28.76 
 
 
662 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2294  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.75 
 
 
598 aa  140  6e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51700  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.32 
 
 
703 aa  140  7e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3262  exonuclease V subunit alpha  25.46 
 
 
607 aa  139  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1462  helicase RecD/TraA  26.99 
 
 
739 aa  138  2e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0682  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.88 
 
 
697 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55660  exodeoxyribonuclease V alpha chain  26.81 
 
 
721 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866156  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0903  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.44 
 
 
580 aa  137  5e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0479062 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0897  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.44 
 
 
580 aa  137  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0914  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.44 
 
 
580 aa  137  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4567  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.57 
 
 
708 aa  137  7.000000000000001e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2112  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.62 
 
 
686 aa  136  8e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02667  exonuclease V (RecBCD complex), alpha chain  26.51 
 
 
608 aa  136  9e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.690529  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02628  hypothetical protein  26.51 
 
 
608 aa  136  9e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.627808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0872  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.51 
 
 
608 aa  136  9.999999999999999e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.938405  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4084  exonuclease V subunit alpha  26.51 
 
 
608 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0896  exonuclease V subunit alpha  26.51 
 
 
608 aa  136  9.999999999999999e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.367719  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3139  exonuclease V subunit alpha  26.51 
 
 
608 aa  136  9.999999999999999e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  28.73 
 
 
687 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3043  exonuclease V subunit alpha  26.51 
 
 
608 aa  136  9.999999999999999e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.225396  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.01 
 
 
595 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.559097  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1987  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.66 
 
 
676 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000228018  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2965  exonuclease V subunit alpha  26.27 
 
 
608 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4850  exodeoxyribonuclease V alpha chain  26.8 
 
 
720 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.61173  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3813  exonuclease V subunit alpha  27.47 
 
 
621 aa  135  3e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.752384  hitchhiker  0.00686322 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1903  exodeoxyribonuclease V, 67 kDa subunit  28.64 
 
 
706 aa  134  3e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2966  exonuclease V subunit alpha  26.2 
 
 
608 aa  135  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2643  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.72 
 
 
682 aa  134  3e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.108895  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3156  exonuclease V subunit alpha  26.63 
 
 
611 aa  134  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.04 
 
 
739 aa  134  3.9999999999999996e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000685942 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3219  exonuclease V subunit alpha  26.63 
 
 
611 aa  134  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3139  exonuclease V subunit alpha  26.63 
 
 
611 aa  134  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3205  exonuclease V subunit alpha  26.63 
 
 
611 aa  134  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3319  exonuclease V subunit alpha  26.63 
 
 
611 aa  134  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.940485 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2421  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.27 
 
 
664 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3388  exonuclease V subunit alpha  26.37 
 
 
618 aa  131  3e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1400  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  28.74 
 
 
581 aa  131  3e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1358  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  28.26 
 
 
588 aa  131  4.0000000000000003e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2745  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.21 
 
 
641 aa  131  4.0000000000000003e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10640  exonuclease V alpha subunit recD  26.57 
 
 
575 aa  131  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.47997e-19  normal  0.376997 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4566  hypothetical protein  26.02 
 
 
739 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2280  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.02 
 
 
739 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0915  exonuclease V subunit alpha  26.8 
 
 
619 aa  130  6e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.718919  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1044  exonuclease V subunit alpha  26.12 
 
 
657 aa  130  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0992  exonuclease V subunit alpha  26.59 
 
 
657 aa  130  7.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3230  exonuclease V subunit alpha  26.64 
 
 
652 aa  129  1.0000000000000001e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.91996 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2046  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.89 
 
 
739 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.591294  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4670  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.67 
 
 
691 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0281806 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3374  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.29 
 
 
616 aa  129  2.0000000000000002e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.860557 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2147  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.65 
 
 
712 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2292  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.74 
 
 
740 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.615762  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1935  exodeoxyribonuclease V  26.48 
 
 
683 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.280429  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0770  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  28.4 
 
 
579 aa  128  3e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0335755  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0682  exodeoxyribonuclease V alpha chain  27.52 
 
 
674 aa  127  5e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.163912  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0253  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.27 
 
 
584 aa  127  5e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5137  Exodeoxyribonuclease V  25.32 
 
 
749 aa  127  5e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.34484  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1773  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.49 
 
 
706 aa  127  6e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2247  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.85 
 
 
701 aa  127  6e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.271795 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1851  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  28.02 
 
 
710 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2169  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25 
 
 
601 aa  126  8.000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.613998  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  29.69 
 
 
733 aa  126  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2093  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26 
 
 
740 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3839  helicase, RecD/TraA family  25.23 
 
 
750 aa  125  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0839164  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0371  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.84 
 
 
588 aa  125  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.219276  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2353  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.75 
 
 
767 aa  125  3e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>