125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_0257 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009441  Fjoh_0999  AAA ATPase  48.53 
 
 		 759 aa  703    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.428029  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0257  AAA ATPase  100 
 
 		 747 aa  1531    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.166241  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2047  helicase, putative  43.01 
 
 		 761 aa  601  1e-170  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000160392 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0207  AAA ATPase  40.88 
 
 		 764 aa  551  1e-155  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.195447 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4935  5'-3' DNA helicase  38.08 
 
 		 734 aa  449  1e-125  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3653  helicase-related protein  35.96 
 
 		 738 aa  439  9.999999999999999e-123  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1376  HRDC domain protein  42.12 
 
 		 829 aa  415  1e-114  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0435  AAA ATPase  40.22 
 
 		 639 aa  395  1e-108  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0062  TPR domain-containing protein  42.12 
 
 		 680 aa  354  4e-96  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3066  AAA ATPase  38.84 
 
 		 438 aa  298  2e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0527  AAA ATPase  38.39 
 
 		 517 aa  295  1e-78  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.55626  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2564  hypothetical protein  38.07 
 
 		 431 aa  291  3e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.507022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1164  hypothetical protein  37.16 
 
 		 445 aa  265  3e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5152  AAA ATPase  34.38 
 
 		 779 aa  252  2e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.430692 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2072  TPR domain-containing protein  36.84 
 
 		 493 aa  246  9.999999999999999e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.402208  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0861  ATPas  34.83 
 
 		 782 aa  238  2e-61  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0878  AAA ATPase  34.83 
 
 		 782 aa  238  2e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0867  AAA ATPase  34.61 
 
 		 782 aa  236  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1180  AAA ATPase  32.81 
 
 		 782 aa  232  2e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.247835  normal  1 
 
 
-
 
NC_006685  CNC02830  DNA repair and recombination protein pif1, mitochondrial precursor, putative  31.09 
 
 		 669 aa  194  5e-48  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.577209  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0815  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit - helicase superfamily I member-like protein  31.52 
 
 		 614 aa  192  2e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1901  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) subunit alpha  31.53 
 
 		 472 aa  182  1e-44  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1856  glycosysltransferase  31.42 
 
 		 438 aa  175  2.9999999999999996e-42  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1080  hypothetical protein  30.62 
 
 		 485 aa  175  2.9999999999999996e-42  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1843  ATPase  31 
 
 		 646 aa  174  5e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.581865 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1560  AAA ATPase  30.53 
 
 		 659 aa  174  5.999999999999999e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000170714  unclonable  0.00000000068929 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1075  hypothetical protein  30.79 
 
 		 439 aa  174  6.999999999999999e-42  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000929546  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0573  TPR domain-containing protein  31.31 
 
 		 435 aa  173  1e-41  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.526626  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0941  TPR domain-containing protein  28.01 
 
 		 445 aa  169  2e-40  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.994783  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1416  hypothetical protein  30.77 
 
 		 442 aa  166  1.0000000000000001e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1779  ATPase  30.41 
 
 		 422 aa  159  2e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH02480  mitochondrial DNA repair and recombination protein PIF1 precursor, putative  26.69 
 
 		 691 aa  158  3e-37  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.255709  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1023  hypothetical protein  29.54 
 
 		 447 aa  158  4e-37  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.218006  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0969  hypothetical protein  29.54 
 
 		 447 aa  158  4e-37  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0522  conserved hypothetical protein, possible helicase  27.58 
 
 		 420 aa  141  4.999999999999999e-32  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_15917  predicted protein  25.99 
 
 		 628 aa  132  3e-29  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06895  helicase (Eurofung)  29.89 
 
 		 661 aa  129  3e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.264873 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1611  DNA helicase: AAA ATPase  31.16 
 
 		 653 aa  126  2e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.77045 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0744  hypothetical protein  38.53 
 
 		 130 aa  84  0.00000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.762104  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05278  conserved hypothetical protein  23.35 
 
 		 1579 aa  73.9  0.00000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  22.49 
 
 		 879 aa  64.7  0.000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2808  ATP-dependent DNA helicase RecQ  28.57 
 
 		 705 aa  62  0.00000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  23.31 
 
 		 881 aa  61.2  0.00000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  24.88 
 
 		 726 aa  60.1  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  24.08 
 
 		 738 aa  60.1  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  26.39 
 
 		 731 aa  59.7  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  23.85 
 
 		 728 aa  58.9  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12091  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  25.18 
 
 		 567 aa  58.2  0.0000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1462  helicase RecD/TraA  24.21 
 
 		 739 aa  58.2  0.0000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2665  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  30.58 
 
 		 474 aa  57.8  0.0000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0213  helicase, RecD/TraA family  22.68 
 
 		 740 aa  57.4  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.629499  normal  0.0445082 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1757  helicase, RecD/TraA family  22.85 
 
 		 746 aa  56.2  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  22.86 
 
 		 1000 aa  55.5  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  22.86 
 
 		 1000 aa  55.5  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1724  helicase, putative  23.75 
 
 		 806 aa  55.5  0.000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  23.63 
 
 		 740 aa  55.1  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4515  exonuclease V subunit alpha  28.3 
 
 		 469 aa  54.7  0.000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  22.89 
 
 		 1245 aa  54.3  0.000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0696  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  25 
 
 		 795 aa  54.3  0.000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2446  ATP-dependent DNA helicase RecQ  24.62 
 
 		 739 aa  53.9  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.772322  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1113  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.47 
 
 		 566 aa  53.9  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.327644  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1903  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  24.55 
 
 		 833 aa  53.1  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1065  ATP-dependent DNA helicase RecQ  36.46 
 
 		 709 aa  53.1  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0927 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1036  ATP-dependent DNA helicase RecQ  36.46 
 
 		 709 aa  53.1  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5748  helicase, RecD/TraA family  21.94 
 
 		 768 aa  52.8  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2403  helicase, RecD/TraA family  22.87 
 
 		 747 aa  52.4  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934653 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0521  ATP-dependent exodeoxyribonuclease  26.87 
 
 		 473 aa  51.6  0.00005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0243  helicase RecD/TraA  25.41 
 
 		 749 aa  51.6  0.00005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0357399  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  22.66 
 
 		 998 aa  51.6  0.00005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  23.94 
 
 		 711 aa  51.6  0.00005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2849  AAA ATPase  25.85 
 
 		 678 aa  51.6  0.00006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0353435  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3380  RecD/TraA family helicase  22.68 
 
 		 742 aa  51.2  0.00006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.586227 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0232  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  31.52 
 
 		 475 aa  51.2  0.00006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.14834  normal  0.233843 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  21.6 
 
 		 744 aa  51.2  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4487  Exodeoxyribonuclease V  21.8 
 
 		 738 aa  51.2  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00100877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  24.28 
 
 		 728 aa  51.2  0.00007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1650  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  22.48 
 
 		 526 aa  51.2  0.00008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2772  Exodeoxyribonuclease V  19.9 
 
 		 653 aa  50.8  0.00009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00547941  hitchhiker  0.000384136 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2696  ATP-dependent DNA helicase RecQ  31.58 
 
 		 718 aa  50.8  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.820222 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3264  ATP-dependent DNA helicase RecQ  33.71 
 
 		 731 aa  50.1  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10593  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V), alpha subunit - helicase superfamily I member  30.07 
 
 		 476 aa  50.4  0.0001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1425  helicase, RecD/TraA family  23.95 
 
 		 737 aa  50.1  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3839  helicase, RecD/TraA family  21.85 
 
 		 750 aa  49.7  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0839164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  22.92 
 
 		 1557 aa  48.9  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01900  ATP-dependent DNA helicase recQ  34.91 
 
 		 698 aa  49.3  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.490742  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0446  RecD/TraA family helicase  23.19 
 
 		 735 aa  48.9  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000295111  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2955  hypothetical protein  24.22 
 
 		 488 aa  48.9  0.0004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0703173  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11931  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  26.79 
 
 		 563 aa  48.5  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.271805  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0306  AAA ATPase  21.99 
 
 		 710 aa  48.9  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.933314  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1427  ATP-dependent DNA helicase RecQ  34.69 
 
 		 709 aa  48.1  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  21.57 
 
 		 968 aa  48.1  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  31.15 
 
 		 952 aa  47.8  0.0007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  22.93 
 
 		 728 aa  47.8  0.0009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0230  RecD/TraA family helicase  23.54 
 
 		 741 aa  46.6  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0608  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  23.34 
 
 		 825 aa  47.4  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  21.78 
 
 		 735 aa  47.4  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14781  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  22.12 
 
 		 573 aa  46.2  0.002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.922098  normal  0.231202 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  31.09 
 
 		 952 aa  46.6  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3229  Exodeoxyribonuclease V  21.95 
 
 		 637 aa  46.2  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115754  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  23.3 
 
 		 762 aa  46.2  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>