139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1080 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1080  hypothetical protein  100 
 
 		 485 aa  998    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1901  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) subunit alpha  72.15 
 
 		 472 aa  693    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1560  AAA ATPase  37.74 
 
 		 659 aa  283  4.0000000000000003e-75  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000170714  unclonable  0.00000000068929 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1611  DNA helicase: AAA ATPase  40.61 
 
 		 653 aa  231  2e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.77045 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1843  ATPase  40 
 
 		 646 aa  228  2e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.581865 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0527  AAA ATPase  33.65 
 
 		 517 aa  216  7e-55  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.55626  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0861  ATPas  33.95 
 
 		 782 aa  199  9e-50  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0878  AAA ATPase  33.95 
 
 		 782 aa  199  9e-50  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0867  AAA ATPase  33.72 
 
 		 782 aa  197  3e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5152  AAA ATPase  33.89 
 
 		 779 aa  192  8e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.430692 
 
 
-
 
NC_006685  CNC02830  DNA repair and recombination protein pif1, mitochondrial precursor, putative  30.09 
 
 		 669 aa  192  1e-47  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.577209  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4935  5'-3' DNA helicase  32.86 
 
 		 734 aa  191  2e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006693  CNH02480  mitochondrial DNA repair and recombination protein PIF1 precursor, putative  31.81 
 
 		 691 aa  191  2.9999999999999997e-47  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.255709  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2564  hypothetical protein  35.48 
 
 		 431 aa  189  9e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.507022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3653  helicase-related protein  33.64 
 
 		 738 aa  182  1e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0999  AAA ATPase  31.7 
 
 		 759 aa  177  5e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.428029  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0573  TPR domain-containing protein  32.24 
 
 		 435 aa  176  8e-43  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.526626  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2047  helicase, putative  31.52 
 
 		 761 aa  176  9e-43  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000160392 
 
 
-
 
NC_002950  PG0062  TPR domain-containing protein  30.75 
 
 		 680 aa  175  1.9999999999999998e-42  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0257  AAA ATPase  30.62 
 
 		 747 aa  175  1.9999999999999998e-42  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.166241  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1376  HRDC domain protein  31.43 
 
 		 829 aa  174  3.9999999999999995e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1180  AAA ATPase  33.33 
 
 		 782 aa  174  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.247835  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0207  AAA ATPase  31.02 
 
 		 764 aa  172  2e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.195447 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0435  AAA ATPase  29.84 
 
 		 639 aa  170  5e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1416  hypothetical protein  32.09 
 
 		 442 aa  167  4e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06895  helicase (Eurofung)  31.68 
 
 		 661 aa  165  2.0000000000000002e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.264873 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3066  AAA ATPase  32.93 
 
 		 438 aa  165  2.0000000000000002e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1856  glycosysltransferase  31.22 
 
 		 438 aa  159  8e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1779  ATPase  29.02 
 
 		 422 aa  159  1e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1075  hypothetical protein  29.08 
 
 		 439 aa  158  2e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000929546  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1164  hypothetical protein  32.13 
 
 		 445 aa  157  4e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2072  TPR domain-containing protein  28.47 
 
 		 493 aa  152  1e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.402208  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0941  TPR domain-containing protein  28.23 
 
 		 445 aa  151  2e-35  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.994783  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0815  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit - helicase superfamily I member-like protein  31.42 
 
 		 614 aa  150  7e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0522  conserved hypothetical protein, possible helicase  30.27 
 
 		 420 aa  149  1.0000000000000001e-34  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_15917  predicted protein  27.11 
 
 		 628 aa  146  1e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1023  hypothetical protein  26.22 
 
 		 447 aa  140  6e-32  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.218006  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0969  hypothetical protein  26.22 
 
 		 447 aa  140  6e-32  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05278  conserved hypothetical protein  24.34 
 
 		 1579 aa  80.5  0.00000000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3380  RecD/TraA family helicase  25.18 
 
 		 742 aa  75.1  0.000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.586227 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  26.42 
 
 		 750 aa  69.3  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  26.68 
 
 		 744 aa  68.2  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  26.5 
 
 		 735 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1462  helicase RecD/TraA  25.69 
 
 		 739 aa  59.7  0.0000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  26.07 
 
 		 736 aa  60.1  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  25.12 
 
 		 740 aa  57.4  0.0000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  25.66 
 
 		 968 aa  57  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1706  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V), alpha subunit  26.83 
 
 		 730 aa  56.6  0.0000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.129548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0906  ATP-dependent DNA helicase RecD/TraA  25.42 
 
 		 740 aa  56.2  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.618422  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  24.63 
 
 		 728 aa  55.5  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0744  hypothetical protein  40 
 
 		 130 aa  55.5  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.762104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  23.92 
 
 		 733 aa  55.1  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_718  predicted protein  23.94 
 
 		 772 aa  54.7  0.000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0625209  normal  0.543331 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  23.92 
 
 		 733 aa  55.1  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  23.7 
 
 		 731 aa  53.9  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  25.41 
 
 		 744 aa  53.9  0.000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  23.89 
 
 		 727 aa  53.9  0.000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  22.9 
 
 		 738 aa  53.5  0.000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  24.51 
 
 		 998 aa  53.1  0.000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  25.18 
 
 		 1093 aa  52.4  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0230  RecD/TraA family helicase  23.38 
 
 		 741 aa  52.4  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6207  helicase, RecD/TraA family  27.89 
 
 		 725 aa  52.8  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3054  helicase, RecD/TraA family  26.53 
 
 		 726 aa  52.4  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1221  helicase, RecD/TraA family  26.12 
 
 		 731 aa  51.6  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  22.84 
 
 		 727 aa  51.2  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3789  hypothetical protein  29.52 
 
 		 698 aa  51.2  0.00004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0516841  normal  0.691917 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  25.31 
 
 		 728 aa  51.2  0.00004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  24.01 
 
 		 742 aa  51.2  0.00004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.130609 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  21.82 
 
 		 881 aa  50.8  0.00005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12091  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  21.88 
 
 		 567 aa  50.4  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  24.04 
 
 		 1000 aa  50.1  0.00008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  24.04 
 
 		 1000 aa  50.1  0.00008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14781  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  27.71 
 
 		 573 aa  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.922098  normal  0.231202 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1724  helicase, putative  22.52 
 
 		 806 aa  49.7  0.0001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  24.28 
 
 		 1039 aa  49.3  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  31.54 
 
 		 711 aa  49.7  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2348  RecD/TraA family helicase  24.62 
 
 		 722 aa  49.7  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  21.43 
 
 		 879 aa  48.5  0.0002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0646  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.71 
 
 		 573 aa  48.9  0.0002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.547153  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1650  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  28.03 
 
 		 526 aa  48.9  0.0002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0455  RecD/TraA family helicase  22.99 
 
 		 731 aa  49.3  0.0002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.232252  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1186  exonuclease V subunit alpha  22.43 
 
 		 792 aa  48.9  0.0002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000641615  normal  0.675634 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3273  RecD/TraA family helicase  22.65 
 
 		 731 aa  48.5  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0323  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.53 
 
 		 599 aa  48.9  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0764  helicase, RecD/TraA family  24.88 
 
 		 728 aa  49.3  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0607896  normal  0.527893 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2403  helicase, RecD/TraA family  22.35 
 
 		 747 aa  49.3  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934653 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl322  exodeoxyribonuclease V  22.16 
 
 		 743 aa  48.1  0.0003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000862926  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  24.17 
 
 		 733 aa  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_37931  predicted protein  27.5 
 
 		 486 aa  48.5  0.0003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.310178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0213  helicase, RecD/TraA family  23.94 
 
 		 740 aa  47.8  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.629499  normal  0.0445082 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1922  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  28.92 
 
 		 698 aa  47.8  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0245308  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2919  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  22.52 
 
 		 721 aa  48.1  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11931  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  23.53 
 
 		 563 aa  47.8  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.271805  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2658  Exodeoxyribonuclease V  28.37 
 
 		 659 aa  47.8  0.0004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0285632  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  25.16 
 
 		 985 aa  48.1  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  24.82 
 
 		 738 aa  47.8  0.0005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  23.38 
 
 		 974 aa  47.8  0.0005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  24.29 
 
 		 982 aa  47.8  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  25.12 
 
 		 952 aa  47.8  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0593  AAA ATPase  24.14 
 
 		 717 aa  47.4  0.0006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>