More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_4604 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_4604  diguanylate cyclase  100 
 
 		 489 aa  983    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  84.07 
 
 		 480 aa  791    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0540  diguanylate cyclase  35.52 
 
 		 489 aa  288  2e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0757  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 489 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.371772  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  39.29 
 
 		 485 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  40.34 
 
 		 461 aa  138  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 532 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 454 aa  135  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 493 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 532 aa  134  5e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 523 aa  133  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 486 aa  133  9e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 372 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 486 aa  131  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 486 aa  131  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 486 aa  131  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 485 aa  131  3e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  37.71 
 
 		 493 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 485 aa  130  6e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 544 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 493 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 527 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 486 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 513 aa  129  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 363 aa  129  2.0000000000000002e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  40.83 
 
 		 476 aa  129  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 485 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 357 aa  129  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 485 aa  127  5e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 360 aa  127  6e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 564 aa  126  8.000000000000001e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  33.82 
 
 		 482 aa  126  8.000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0907  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 457 aa  126  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401363  normal  0.40647 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4161  diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 490 aa  125  1e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.704055  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 536 aa  125  1e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  38.82 
 
 		 489 aa  125  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  42.5 
 
 		 457 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.46 
 
 		 407 aa  126  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.2 
 
 		 638 aa  125  2e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  42.53 
 
 		 457 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  40.62 
 
 		 466 aa  125  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01448  predicted diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 347 aa  124  3e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2157  diguanylate cyclase  37 
 
 		 460 aa  124  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0941263  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  41.04 
 
 		 466 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  42.14 
 
 		 458 aa  124  3e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1864  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 457 aa  124  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.831894  normal  0.121309 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  41.04 
 
 		 466 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  41.04 
 
 		 466 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2103  diguanylate cyclase  37 
 
 		 460 aa  124  3e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01461  hypothetical protein  37.44 
 
 		 347 aa  124  3e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2626  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 591 aa  124  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.138484  normal  0.0100044 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 466 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 466 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2167  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 460 aa  124  3e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0116704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  41.95 
 
 		 457 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1575  diguanylate cyclase  37 
 
 		 460 aa  124  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  36.6 
 
 		 571 aa  124  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1679  diguanylate cyclase  37 
 
 		 460 aa  124  4e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  41.04 
 
 		 454 aa  124  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 464 aa  124  4e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3406  diguanylate cyclase  33.8 
 
 		 388 aa  124  4e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  41.04 
 
 		 454 aa  124  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1683  diguanylate cyclase  37 
 
 		 460 aa  124  4e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3474  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 393 aa  124  5e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 		 668 aa  124  5e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.66 
 
 		 668 aa  123  6e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  40 
 
 		 385 aa  123  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 409 aa  123  8e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 349 aa  123  8e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 386 aa  123  8e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.66 
 
 		 675 aa  123  9e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0770  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 356 aa  122  9.999999999999999e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000555933  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 403 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  41.04 
 
 		 628 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  38.1 
 
 		 443 aa  122  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 380 aa  122  9.999999999999999e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 382 aa  122  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0787  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 356 aa  122  9.999999999999999e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.0010071  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  40.48 
 
 		 428 aa  122  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 523 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0726  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 547 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  26.42 
 
 		 469 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0967  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 457 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0207283 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  39.62 
 
 		 459 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  41.88 
 
 		 458 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 526 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0931  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 457 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.436852  normal  0.104843 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  38.04 
 
 		 457 aa  121  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1783  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 253 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.203678  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6345  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 506 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6048  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 506 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.423069 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 526 aa  121  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1546  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 416 aa  121  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0539589  hitchhiker  0.00796281 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  34.69 
 
 		 381 aa  121  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 422 aa  121  3e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 314 aa  121  3e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  35.08 
 
 		 395 aa  121  3e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 381 aa  120  3.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 559 aa  121  3.9999999999999996e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 220 aa  121  3.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>