More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2188 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2188  diguanylate cyclase  100 
 
 		 362 aa  741    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0014  diguanylate cyclase  30.23 
 
 		 397 aa  186  4e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000317011 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0018  diguanylate cyclase  30.79 
 
 		 387 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0128135 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0014  diguanylate cyclase  30.79 
 
 		 387 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0018  diguanylate cyclase  30.79 
 
 		 387 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000219286 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0014  diguanylate cyclase  29.94 
 
 		 397 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0629316 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0022  diguanylate cyclase  30.48 
 
 		 403 aa  181  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.585928  hitchhiker  0.0000000315771 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2173  hypothetical protein, GGDEF domain  31.44 
 
 		 377 aa  164  2.0000000000000002e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2273  diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 563 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.43 
 
 		 360 aa  113  5e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3012  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.41 
 
 		 833 aa  113  5e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  32.97 
 
 		 301 aa  113  6e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.71 
 
 		 675 aa  112  8.000000000000001e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  35.06 
 
 		 320 aa  112  9e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  34.87 
 
 		 498 aa  112  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1225  GGDEF domain-containing protein  36.96 
 
 		 517 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.489016  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.5 
 
 		 1079 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  36.82 
 
 		 638 aa  110  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  38.15 
 
 		 1073 aa  110  3e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1042  two component signal transduction response regulator  37.58 
 
 		 465 aa  110  3e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.472622  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 718 aa  110  3e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 574 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 686 aa  110  4.0000000000000004e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0634  response regulator  35.15 
 
 		 470 aa  110  5e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00145352  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 335 aa  110  5e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 574 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1721  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.17 
 
 		 294 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  34.39 
 
 		 721 aa  109  9.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1301  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 331 aa  108  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.298458  normal  0.144882 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 426 aa  108  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  34.9 
 
 		 507 aa  107  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  38.36 
 
 		 609 aa  108  2e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  38.36 
 
 		 709 aa  108  2e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.34 
 
 		 663 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3190  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 852 aa  108  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.43423  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  36.88 
 
 		 316 aa  108  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 494 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.18 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  34.03 
 
 		 555 aa  108  2e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  41.06 
 
 		 494 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 753 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.88 
 
 		 352 aa  107  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1658  response regulator/GGDEF domain-containing protein  32.94 
 
 		 458 aa  107  4e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.939598  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1177  two component signal transduction response regulator  33.73 
 
 		 470 aa  107  4e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  26.49 
 
 		 456 aa  107  4e-22  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  35.47 
 
 		 308 aa  106  5e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 556 aa  107  5e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1616  GGDEF domain protein  37.11 
 
 		 358 aa  106  6e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.515769  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 507 aa  106  6e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40 
 
 		 979 aa  106  6e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 414 aa  106  7e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 314 aa  105  8e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  39.62 
 
 		 308 aa  106  8e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 312 aa  105  8e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 917 aa  105  9e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  36.6 
 
 		 498 aa  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1635  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.82 
 
 		 643 aa  105  1e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1569  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.82 
 
 		 643 aa  105  1e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3373  diguanylate cyclase  38.96 
 
 		 505 aa  105  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  33.6 
 
 		 563 aa  105  1e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  31.68 
 
 		 487 aa  105  1e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 487 aa  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.58 
 
 		 772 aa  105  1e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1067  diguanylate cyclase  40 
 
 		 490 aa  105  1e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.02 
 
 		 332 aa  105  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  40.35 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 715 aa  104  2e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0261  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 463 aa  104  2e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.3078  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  35.93 
 
 		 405 aa  104  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  33.52 
 
 		 403 aa  105  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  36.84 
 
 		 234 aa  104  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  38.56 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  38.12 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1138  GGDEF/EAL domain-containing protein  34.78 
 
 		 637 aa  104  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  38.46 
 
 		 528 aa  104  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.27 
 
 		 791 aa  103  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3791  diguanylate cyclase  28.06 
 
 		 572 aa  103  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  35.36 
 
 		 422 aa  103  3e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0892  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 553 aa  104  3e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  36.02 
 
 		 820 aa  103  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  36.2 
 
 		 474 aa  104  3e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3251  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 341 aa  103  4e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.61058  normal  0.330404 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  36.47 
 
 		 366 aa  103  4e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2604  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 341 aa  103  4e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.224021  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1404  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 390 aa  103  4e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.84 
 
 		 550 aa  103  4e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 498 aa  103  4e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0413  diguanylate cyclase  29.17 
 
 		 342 aa  103  4e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  34.36 
 
 		 325 aa  103  4e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 516 aa  103  5e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.92 
 
 		 322 aa  103  5e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  34.59 
 
 		 461 aa  103  5e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1528  diguanylate cyclase  32.73 
 
 		 1339 aa  103  5e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.646539  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2176  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 304 aa  103  5e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000143652  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 464 aa  103  5e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  35 
 
 		 671 aa  103  5e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3763  GGDEF  34.09 
 
 		 358 aa  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.199974 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  34.03 
 
 		 320 aa  103  6e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.26 
 
 		 564 aa  103  6e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1873  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 509 aa  103  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.41222  normal  0.823385 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>