More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0014 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_0022  diguanylate cyclase  85.86 
 
 		 403 aa  691    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.585928  hitchhiker  0.0000000315771 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0018  diguanylate cyclase  87.57 
 
 		 387 aa  661    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0128135 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0014  diguanylate cyclase  87.57 
 
 		 387 aa  661    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0018  diguanylate cyclase  87.57 
 
 		 387 aa  661    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000219286 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0014  diguanylate cyclase  100 
 
 		 397 aa  815    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000317011 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0014  diguanylate cyclase  98.74 
 
 		 397 aa  806    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0629316 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2173  hypothetical protein, GGDEF domain  42.21 
 
 		 377 aa  260  3e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2188  diguanylate cyclase  30.23 
 
 		 362 aa  186  5e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4051  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 360 aa  119  9.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255257  normal  0.825864 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 443 aa  113  5e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3791  diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 572 aa  113  6e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  30.55 
 
 		 355 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  30.57 
 
 		 410 aa  110  3e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  35.84 
 
 		 378 aa  110  3e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 464 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 332 aa  110  6e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 355 aa  110  6e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  38.8 
 
 		 1073 aa  110  6e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1690  diguanylate cyclase  34.17 
 
 		 331 aa  109  8.000000000000001e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  31.97 
 
 		 425 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1779  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 215 aa  108  2e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000143574  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.53 
 
 		 772 aa  108  2e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1067  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 490 aa  107  4e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  32.62 
 
 		 422 aa  107  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 552 aa  107  5e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 555 aa  107  5e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1156  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.36 
 
 		 626 aa  107  5e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.207218  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1630  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.96 
 
 		 739 aa  106  6e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.654587 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1694  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 431 aa  106  7e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.35 
 
 		 1466 aa  106  8e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  37.58 
 
 		 1346 aa  106  9e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 369 aa  105  1e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.32 
 
 		 353 aa  105  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  31.51 
 
 		 352 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  31.72 
 
 		 1637 aa  105  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  36.36 
 
 		 1636 aa  105  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  39.61 
 
 		 472 aa  105  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.1 
 
 		 686 aa  105  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1034  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 283 aa  105  2e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  34.67 
 
 		 431 aa  105  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.12 
 
 		 568 aa  105  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  36.02 
 
 		 563 aa  105  2e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1365  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 276 aa  105  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.134313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1425  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 424 aa  104  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 432 aa  104  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  34.69 
 
 		 630 aa  104  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2249  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  34.94 
 
 		 908 aa  104  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2805  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 236 aa  104  3e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.726204  normal  0.387546 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 471 aa  103  4e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1814  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 267 aa  103  4e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  30 
 
 		 821 aa  103  4e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  35 
 
 		 502 aa  103  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  33.86 
 
 		 344 aa  103  5e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 354 aa  103  5e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  31.39 
 
 		 355 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.58 
 
 		 675 aa  103  6e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3414  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 444 aa  103  6e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.357666  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  35.15 
 
 		 320 aa  103  7e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  33 
 
 		 1726 aa  103  7e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 516 aa  102  8e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 243 aa  102  8e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.38 
 
 		 314 aa  102  8e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  32.23 
 
 		 512 aa  102  9e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.16 
 
 		 469 aa  102  9e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0697  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 264 aa  102  9e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.184616  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  34.62 
 
 		 342 aa  102  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  31.39 
 
 		 488 aa  102  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03147  hypothetical protein  29.23 
 
 		 450 aa  102  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.601264  normal  0.330645 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0542  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 285 aa  102  1e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  29.63 
 
 		 418 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 513 aa  102  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  35.84 
 
 		 542 aa  102  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.48 
 
 		 557 aa  102  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4550  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 496 aa  102  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 357 aa  102  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  34.29 
 
 		 443 aa  102  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 314 aa  102  1e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.38 
 
 		 769 aa  102  1e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 491 aa  102  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.15 
 
 		 743 aa  101  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116694  normal  0.658047 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0440  hypothetical protein  34.94 
 
 		 356 aa  101  2e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0416  hypothetical protein  34.94 
 
 		 356 aa  101  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1927  diguanylate cyclase  36.25 
 
 		 253 aa  101  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.949533 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 343 aa  102  2e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1264  diguanylate cyclase  32.74 
 
 		 512 aa  101  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417106 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 432 aa  101  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  32.65 
 
 		 346 aa  101  3e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4393  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.5 
 
 		 415 aa  100  3e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3406  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 388 aa  100  3e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  32.58 
 
 		 517 aa  101  3e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 554 aa  101  3e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 718 aa  101  3e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  34.73 
 
 		 319 aa  101  3e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.61 
 
 		 901 aa  100  3e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 341 aa  101  3e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 322 aa  100  4e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1382  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.3 
 
 		 889 aa  100  4e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.231857  normal  0.133175 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4291  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.9 
 
 		 446 aa  100  4e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>