99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3896 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3896  Cro/CI family transcriptional regulator  100 
 
 		 215 aa  441  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00353592 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0472  Cro/CI family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 224 aa  129  4.0000000000000003e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.404493 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1911  putative phage repressor  37.68 
 
 		 331 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0192387  normal  0.0833716 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3217  putative phage repressor  33.85 
 
 		 236 aa  108  7.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0111001  normal  0.682159 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4606  transcriptional regulator  67.95 
 
 		 237 aa  106  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52530  transcriptional regulator  66.67 
 
 		 237 aa  104  9e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000132202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1308  XRE family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 229 aa  100  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3983  putative phage repressor  33.33 
 
 		 240 aa  96.3  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000900431  normal  0.128218 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2380  peptidase S24, S26A and S26B  31.82 
 
 		 421 aa  92.4  5e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000103067  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3556  repressor protein CI  31.93 
 
 		 235 aa  89  5e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.860167  hitchhiker  9.00539e-18 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3964  putative phage repressor  56.76 
 
 		 259 aa  87  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.072898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1686  putative phage repressor  29.55 
 
 		 220 aa  82  0.000000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.26222 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0863  putative phage repressor  32.83 
 
 		 210 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.767338  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0435  putative phage repressor  31.38 
 
 		 214 aa  78.6  0.00000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0757  putative phage repressor  31.79 
 
 		 208 aa  78.6  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.418938  normal  0.361734 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2812  peptidase  32.47 
 
 		 216 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.354301 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0466  peptidase S24  31.75 
 
 		 210 aa  75.9  0.0000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1469  putative phage repressor  32.66 
 
 		 225 aa  75.5  0.0000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.416764  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1500  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  29.82 
 
 		 220 aa  75.1  0.0000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043506  normal  0.0115826 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1406  repressor protein  25.12 
 
 		 211 aa  73.9  0.000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0402463  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0557  putative phage repressor  29.74 
 
 		 210 aa  71.2  0.00000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0018  putative phage repressor  32.64 
 
 		 214 aa  67.8  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0786  putative phage repressor  30.77 
 
 		 210 aa  66.2  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.775153 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0734  putative phage repressor  30 
 
 		 223 aa  65.5  0.0000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.179143  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4030  putative phage repressor  29.72 
 
 		 217 aa  64.7  0.0000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4624  putative phage repressor  29.74 
 
 		 210 aa  62.8  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1750  putative prophage repressor  29.15 
 
 		 230 aa  63.2  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.141014  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3324  Cro/CI family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0130  putative prophage repressor  28.65 
 
 		 216 aa  60.8  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1840  putative phage repressor  22.22 
 
 		 270 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.100687  hitchhiker  0.0000604594 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0133  putative phage repressor  26.54 
 
 		 219 aa  60.8  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.149707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0808  putative repressor protein  26.34 
 
 		 251 aa  59.7  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768996  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3550  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  25.65 
 
 		 235 aa  58.9  0.00000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000497465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0633  putative phage repressor  25 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.681909  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2927  XRE family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 204 aa  58.5  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.035933  normal  0.395861 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0549  putative phage repressor  29.38 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.296797  normal  0.036934 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4890  XRE family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 157 aa  57.4  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0583  bacteriophage repressor protein  28.1 
 
 		 224 aa  57.4  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0647  transcriptional regulator, XRE family  23.63 
 
 		 209 aa  57  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9067299999999995e-25 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2060  putative phage repressor  26.46 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2108  peptidase S24/S26 domain-containing protein  27.42 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261828  normal  0.0258179 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2471  putative prophage repressor  25.13 
 
 		 216 aa  55.1  0.0000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.894795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2384  putative phage repressor  27.27 
 
 		 210 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0998  transcriptional regulator, putative  27.43 
 
 		 243 aa  54.7  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.000689636  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2248  repressor protein C2  30.11 
 
 		 236 aa  53.1  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000124176  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0743  S24 family peptidase  28.37 
 
 		 218 aa  53.1  0.000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631909  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0792  S24 family peptidase  28.37 
 
 		 218 aa  53.1  0.000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.597552  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2091  peptidase S24 S26A and S26B  21.67 
 
 		 238 aa  52.8  0.000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000399055  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2054  putative phage repressor  21.67 
 
 		 238 aa  52.8  0.000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000034182  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1339  putative prophage repressor  26.28 
 
 		 219 aa  52.4  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00520189 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07960  transcriptional regulator PrtR  38.96 
 
 		 256 aa  52  0.000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101148  hitchhiker  0.000834984 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1607  putative prophage repressor  28.79 
 
 		 221 aa  51.6  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.385994  normal  0.460632 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0755  transcriptional regulator PrtR  42.62 
 
 		 256 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.011984  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1193  putative phage repressor  26.07 
 
 		 230 aa  50.8  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0826973  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3237  putative repressor protein  25.25 
 
 		 204 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.150382  hitchhiker  0.000476613 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0219  putative phage repressor  23.56 
 
 		 235 aa  49.3  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.449525  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3443  XRE family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 228 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00400113  unclonable  9.66468e-17 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0139  putative phage repressor  27.52 
 
 		 215 aa  48.5  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.378141 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4920  putative phage repressor  24.88 
 
 		 255 aa  48.5  0.00007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0540753 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4243  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 229 aa  48.1  0.00009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1210  XRE family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 209 aa  48.1  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2167  putative phage repressor  25.25 
 
 		 244 aa  47.8  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.117586  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3746  putative prophage repressor  24.73 
 
 		 216 aa  47.8  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1733  XRE family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 222 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000886349 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0817  putative phage repressor  24.89 
 
 		 205 aa  47  0.0002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2330  putative phage repressor  29.91 
 
 		 302 aa  47  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.965048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0234  LexA family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 210 aa  47  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2366  peptidase  28.11 
 
 		 222 aa  46.2  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000799679  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2665  DNA-binding protein  40 
 
 		 120 aa  45.8  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.292881  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4635  putative phage repressor  22.51 
 
 		 214 aa  45.1  0.0008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.671239 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1682  hypothetical protein  29.15 
 
 		 216 aa  45.1  0.0008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.704412 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0147  hypothetical protein  26.83 
 
 		 234 aa  45.1  0.0009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3262  putative phage repressor  37.7 
 
 		 241 aa  44.3  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1875  putative phage repressor  24.75 
 
 		 244 aa  44.3  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5792  putative phage repressor  24.12 
 
 		 230 aa  44.3  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.396613  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0797  transcriptional regulator, XRE family  21.31 
 
 		 206 aa  44.7  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.028007  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2461  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 79 aa  44.3  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000100603  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4071  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 123 aa  43.9  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2675  XRE family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 422 aa  43.9  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0980951  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1980  transcriptional regulator, putative  24.62 
 
 		 219 aa  43.5  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00751555  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0322  helix-turn-helix/peptidase S24-like domain-containing protein  22.68 
 
 		 213 aa  43.9  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.274392  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2481  putative phage repressor  24.38 
 
 		 230 aa  43.5  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0165  hypothetical protein  28.75 
 
 		 227 aa  43.9  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1255  transcriptional regulator, XRE family  26.39 
 
 		 242 aa  43.1  0.003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0691404  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3044  putative phage repressor  25.32 
 
 		 264 aa  43.5  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2664  transcriptional regulator, XRE family  40.38 
 
 		 83 aa  42.7  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.406995 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0189  putative phage repressor  25.59 
 
 		 225 aa  42.7  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1510  putative phage repressor  26.96 
 
 		 212 aa  42.7  0.004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.432994  normal  0.193235 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0617  hypothetical protein  31.15 
 
 		 71 aa  42.7  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.455371  hitchhiker  0.00000289495 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1957  XRE family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 410 aa  42.4  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.63284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7538  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 139 aa  42.4  0.006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.918072  normal  0.0410709 
 
 
-
 
NC_002936  DET0274  transcriptional repressor LexA, putative  28.38 
 
 		 217 aa  42  0.007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0251  transcriptional repressor LexA, putative  28.38 
 
 		 217 aa  42  0.007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00843575  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0884  transcriptional repressor LexA, putative  28.38 
 
 		 217 aa  42  0.007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0403534  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1019  XRE family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 245 aa  42  0.007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0426259 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2433  hypothetical protein  31.43 
 
 		 121 aa  42  0.007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  34.62 
 
 		 218 aa  42  0.007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0726  putative phage repressor  23.46 
 
 		 225 aa  42  0.008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.255707  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05270  predicted transcriptional regulator  38 
 
 		 68 aa  42  0.008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>