33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2665 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2665  DNA-binding protein  100 
 
 		 120 aa  238  2.9999999999999997e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.292881  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0625  XRE family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 108 aa  109  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000512612 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0110  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 115 aa  73.6  0.0000000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3780  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 122 aa  71.6  0.000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2265  helix-turn-helix domain-containing protein  42.71 
 
 		 115 aa  71.2  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0339  transcriptional regulator, XRE family  39 
 
 		 115 aa  70.1  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.852602 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2636  XRE family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 121 aa  69.3  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000270139  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0093  hypothetical protein  36.67 
 
 		 122 aa  62.8  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1468  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 125 aa  57.8  0.00000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000041852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1316  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 113 aa  57  0.00000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2159  hypothetical protein  33.66 
 
 		 198 aa  55.8  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0102  XRE family transcriptional regulator  32 
 
 		 115 aa  56.2  0.0000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0467204  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2228  transcriptional regulator, XRE family  37.21 
 
 		 109 aa  54.3  0.0000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1136  DNA-binding protein  35.58 
 
 		 101 aa  51.6  0.000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.632905  normal  0.0362151 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0613  putative transcriptional regulator, XRE family  31.07 
 
 		 123 aa  50.8  0.000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3777  XRE family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 125 aa  47.4  0.00007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3589  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 103 aa  47  0.00009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.165501  normal  0.395198 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3896  Cro/CI family transcriptional regulator  40 
 
 		 215 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00353592 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2925  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.76 
 
 		 114 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000036816  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1240  helix-turn-helix domain protein  40 
 
 		 141 aa  44.7  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.261297  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5342  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 113 aa  44.3  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.987751 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  39.24 
 
 		 342 aa  43.9  0.0008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2941  helix-turn-helix domain protein  33.75 
 
 		 145 aa  43.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0752  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 102 aa  42.4  0.002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.596173  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2668  transcriptional regulator, XRE family  38.03 
 
 		 164 aa  42.7  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2427  XRE family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 107 aa  41.6  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.716989 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1338  helix-turn-helix domain protein  30.95 
 
 		 145 aa  41.2  0.005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  30.11 
 
 		 347 aa  41.2  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4606  transcriptional regulator  45.65 
 
 		 237 aa  41.2  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0067  hypothetical protein  39.68 
 
 		 240 aa  41.2  0.005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2161  helix-turn-helix domain-containing protein  46.34 
 
 		 126 aa  40.8  0.006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0622  transcriptional regulator, putative  36 
 
 		 303 aa  40.4  0.008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.436499  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3752  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 114 aa  40.4  0.009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>