91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3780 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_3780  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 122 aa  243  9e-64  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1316  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 113 aa  92.8  1e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0102  XRE family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 115 aa  91.7  3e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0467204  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2665  DNA-binding protein  43.75 
 
 		 120 aa  71.6  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.292881  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0093  hypothetical protein  37.63 
 
 		 122 aa  64.3  0.0000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0110  transcriptional regulator, XRE family  36.89 
 
 		 115 aa  62.4  0.000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0625  XRE family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 108 aa  62.4  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000512612 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2265  helix-turn-helix domain-containing protein  35.92 
 
 		 115 aa  62  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0613  putative transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 123 aa  61.6  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0339  transcriptional regulator, XRE family  34.95 
 
 		 115 aa  60.8  0.000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.852602 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0752  transcriptional regulator, XRE family  36.25 
 
 		 102 aa  57.8  0.00000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.596173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2430  putative transcriptional regulator  35.4 
 
 		 129 aa  55.1  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.57477 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2544  putative transcriptional regulator  35.4 
 
 		 144 aa  54.7  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.581927  normal  0.0799833 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2341  putative transcriptional regulator  35.4 
 
 		 144 aa  54.7  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.913321  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2434  putative transcriptional regulator  35.4 
 
 		 144 aa  54.7  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.15787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2386  putative transcriptional regulator  43.59 
 
 		 144 aa  54.3  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.52583 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1136  DNA-binding protein  38 
 
 		 101 aa  49.7  0.00001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.632905  normal  0.0362151 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2159  hypothetical protein  34.09 
 
 		 198 aa  50.1  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3316  transcriptional regulator, XRE family  52.94 
 
 		 60 aa  48.9  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000216063  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2228  transcriptional regulator, XRE family  28.89 
 
 		 109 aa  47.4  0.00006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1240  helix-turn-helix domain protein  31.68 
 
 		 141 aa  47  0.00009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.261297  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2898  XRE family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 181 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2387  XRE family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 181 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2806  XRE family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 181 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.675672 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1338  helix-turn-helix domain protein  30.77 
 
 		 145 aa  46.2  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2884  XRE family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 181 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0819457  normal  0.480487 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 213 aa  45.8  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2668  transcriptional regulator, XRE family  32.73 
 
 		 164 aa  45.4  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04053  Transcriptional Regulator, XRE family protein  45.31 
 
 		 106 aa  44.7  0.0004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 203 aa  44.7  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3843  DNA-binding protein  38.46 
 
 		 209 aa  44.7  0.0004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  37.66 
 
 		 192 aa  44.7  0.0005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 210 aa  44.3  0.0006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2941  helix-turn-helix domain protein  30.77 
 
 		 145 aa  44.3  0.0006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2410  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 141 aa  43.9  0.0008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000774173  normal  0.481646 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 181 aa  43.5  0.0009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2600  XRE family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 115 aa  43.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 182 aa  43.5  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  43.4 
 
 		 175 aa  43.1  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 181 aa  43.5  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1468  transcriptional regulator, XRE family  28 
 
 		 125 aa  42.7  0.002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000041852  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7007  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 110 aa  42.4  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  51.11 
 
 		 182 aa  42.7  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1144  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 266 aa  42.4  0.002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1801  DNA-binding transcriptional regulator HipB  43.64 
 
 		 83 aa  42.4  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3589  helix-turn-helix domain-containing protein  34.18 
 
 		 103 aa  42.7  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.165501  normal  0.395198 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0549  transcriptional regulator, XRE family  37.33 
 
 		 103 aa  42  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1080  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 83 aa  42  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.492824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  51.43 
 
 		 188 aa  42  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3096  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 192 aa  42  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00124629  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4838  transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 193 aa  42  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0168811  hitchhiker  0.0000750229 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 179 aa  41.6  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 182 aa  42  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 181 aa  41.6  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0950  transcriptional regulator, XRE family  38.36 
 
 		 95 aa  41.2  0.004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  43.75 
 
 		 215 aa  41.2  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 203 aa  41.2  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  44.9 
 
 		 124 aa  41.2  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3261  XRE family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 190 aa  41.2  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.179215 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4462  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 125 aa  41.6  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 176 aa  41.2  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  32.35 
 
 		 215 aa  41.2  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0908  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 121 aa  41.2  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0188  hypothetical protein  29.41 
 
 		 383 aa  40.8  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138963  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  41.51 
 
 		 188 aa  40.8  0.006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0677  XRE family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 276 aa  40.8  0.006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.244102  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0398  XRE family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 244 aa  40.8  0.006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1577  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 119 aa  40.4  0.007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.752058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4552  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 76 aa  40.4  0.007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2925  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.55 
 
 		 114 aa  40.8  0.007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000036816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  41.51 
 
 		 178 aa  40.8  0.007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1419  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 178 aa  40.4  0.008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4270  helix-turn-helix domain protein  39.66 
 
 		 290 aa  40.4  0.008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04250  transcriptional regulator  43.24 
 
 		 186 aa  40.4  0.008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4037  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 199 aa  40.4  0.008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1297  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 182 aa  40.4  0.008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.814605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  32.2 
 
 		 94 aa  40.4  0.009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  32.2 
 
 		 94 aa  40.4  0.009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  41.51 
 
 		 201 aa  40.4  0.009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  32.2 
 
 		 94 aa  40.4  0.009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1957  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 208 aa  40  0.009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.210401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 204 aa  40.4  0.009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2228  XRE family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 197 aa  40.4  0.009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.386344  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  32.2 
 
 		 94 aa  40.4  0.009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0936  helix-turn-helix domain-containing protein  42 
 
 		 119 aa  40.4  0.009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  32.2 
 
 		 94 aa  40.4  0.009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  32.2 
 
 		 94 aa  40.4  0.009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3477  transcriptional regulator, XRE family  34.83 
 
 		 737 aa  40  0.01  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.552103  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  35.37 
 
 		 112 aa  40  0.01  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4148  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 155 aa  40  0.01  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0797664 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2366  transcriptional regulator, XRE family  34.29 
 
 		 184 aa  40  0.01  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>