21 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2228 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_2228  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 109 aa  216  1e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2159  hypothetical protein  42.86 
 
 		 198 aa  79.3  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0752  transcriptional regulator, XRE family  47.95 
 
 		 102 aa  66.6  0.00000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.596173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2427  XRE family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 107 aa  62.4  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.716989 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2665  DNA-binding protein  37.21 
 
 		 120 aa  54.3  0.0000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.292881  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2636  XRE family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 121 aa  50.1  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000270139  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0613  putative transcriptional regulator, XRE family  32.32 
 
 		 123 aa  49.3  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2265  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 115 aa  48.1  0.00004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3780  XRE family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 122 aa  47.4  0.00006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0093  hypothetical protein  33.73 
 
 		 122 aa  46.6  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0110  transcriptional regulator, XRE family  32.26 
 
 		 115 aa  46.6  0.0001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3752  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 114 aa  45.4  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0625  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 108 aa  45.8  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000512612 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0339  transcriptional regulator, XRE family  32.26 
 
 		 115 aa  45.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.852602 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4036  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  32.88 
 
 		 104 aa  45.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.449171  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4330  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  32.88 
 
 		 104 aa  45.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.506544 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3589  helix-turn-helix domain-containing protein  38.33 
 
 		 103 aa  43.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.165501  normal  0.395198 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3045  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 406 aa  42  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.181635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4226  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  42.55 
 
 		 79 aa  42  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6167  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  44.44 
 
 		 89 aa  41.2  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.689241  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0102  XRE family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 115 aa  40  0.01  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0467204  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>