129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2161 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2161  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 126 aa  250  4.0000000000000004e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2260  transcriptional regulator, XRE family  47.83 
 
 		 72 aa  62  0.000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0510  XRE family transcriptional regulator  50.75 
 
 		 89 aa  58.2  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.152715  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1776  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 79 aa  57.8  0.00000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0912116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2711  hypothetical protein  39.19 
 
 		 94 aa  55.5  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.75348 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4154  hypothetical protein  35.21 
 
 		 82 aa  54.3  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2282  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 95 aa  53.1  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545722  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0291  helix-turn-helix domain protein  42.86 
 
 		 92 aa  53.5  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1196  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 75 aa  52.8  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.151247 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0830  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 88 aa  51.2  0.000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.0000289664  hitchhiker  0.0000066158 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 91 aa  51.2  0.000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1918  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 94 aa  51.2  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0543598  normal  0.812558 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0098  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  35.94 
 
 		 305 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1251  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 94 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6581  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 94 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2930  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 112 aa  48.1  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.372042  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5678  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 90 aa  47.8  0.00006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.669501  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2426  hypothetical protein  36.21 
 
 		 75 aa  47.4  0.00008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 91 aa  47  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1136  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 108 aa  47.4  0.00008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 230 aa  46.6  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6539  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 94 aa  46.6  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.625099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6254  helix-turn-helix domain-containing protein  37.93 
 
 		 94 aa  46.2  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.853292 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2290  hypothetical protein  37.5 
 
 		 74 aa  46.2  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0914  XRE family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 108 aa  45.8  0.0002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0675  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  39.66 
 
 		 297 aa  45.8  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal  0.529847 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  36.67 
 
 		 188 aa  45.8  0.0002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4462  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 125 aa  45.8  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2168  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 68 aa  46.2  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.117298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4412  XRE family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 183 aa  45.4  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0919942  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6295  helix-turn-helix domain-containing protein  38.1 
 
 		 93 aa  45.4  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2399  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  33.78 
 
 		 328 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_002950  PG0857  transcriptional regulator, putative  43.4 
 
 		 74 aa  44.7  0.0004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000197317 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0143  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 112 aa  44.7  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5392  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 183 aa  45.1  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.471231  normal  0.0187132 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7007  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 110 aa  44.7  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 176 aa  44.7  0.0005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0715  transcriptional regulator, XRE family  31.94 
 
 		 187 aa  44.7  0.0005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.39864  normal  0.0327391 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 85 aa  44.3  0.0006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  37.5 
 
 		 178 aa  44.3  0.0006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0954  XRE family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 63 aa  44.3  0.0006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3420  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 78 aa  44.3  0.0006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.964582 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 81 aa  43.9  0.0008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0264  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 112 aa  43.9  0.0008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 179 aa  43.9  0.0008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 252 aa  43.9  0.0008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0180  transcriptional regulator, XRE family  33.78 
 
 		 112 aa  43.9  0.0008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0484456  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03640  predicted transcriptional regulator  34.15 
 
 		 98 aa  43.5  0.0009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.634668  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  36.21 
 
 		 94 aa  43.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  36.21 
 
 		 94 aa  43.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 186 aa  43.5  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0752  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 102 aa  43.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.596173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0249  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 68 aa  43.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4302  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 79 aa  43.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.397769  normal  0.707115 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  36.21 
 
 		 94 aa  43.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  36.21 
 
 		 94 aa  43.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  36.21 
 
 		 94 aa  43.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  36.21 
 
 		 94 aa  43.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15700  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  35.09 
 
 		 507 aa  43.5  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.645755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0168  transcriptional regulator, XRE family  32.84 
 
 		 86 aa  43.5  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0190  transcriptional regulator, XRE family  33.78 
 
 		 112 aa  43.5  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0326  transcriptional regulator, XRE family  32 
 
 		 112 aa  43.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 101 aa  42.4  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 205 aa  42.4  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2812  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  35.48 
 
 		 338 aa  42.4  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 191 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 191 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2134  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  36.36 
 
 		 114 aa  42.7  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0677285  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  40.38 
 
 		 68 aa  42.4  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1443  hypothetical protein  51.35 
 
 		 64 aa  42.4  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0602265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0632  DNA-binding protein  35.94 
 
 		 181 aa  42.4  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.404047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 191 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 213 aa  42.7  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0212  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 68 aa  42.4  0.002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0496  DNA-binding protein, putative  34.43 
 
 		 72 aa  42  0.003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0764  DNA-binding protein  39.58 
 
 		 66 aa  42  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4255  transcriptional regulator, XRE family  35.09 
 
 		 333 aa  42  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000524025 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0661  DNA-binding protein  39.58 
 
 		 66 aa  42  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0605  transcriptional regulator  39.58 
 
 		 66 aa  42  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.769041  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0606  transcriptional regulator  39.58 
 
 		 66 aa  42  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.393584  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0750  DNA-binding protein  39.58 
 
 		 66 aa  42  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000884285 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0695  DNA-binding protein  39.58 
 
 		 66 aa  42  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2222  DNA-binding protein  33.93 
 
 		 179 aa  42  0.003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1934  DNA-binding protein  33.93 
 
 		 179 aa  42  0.003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3371  helix-turn-helix domain-containing protein  35.48 
 
 		 88 aa  42  0.003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4608  DNA-binding protein  39.58 
 
 		 66 aa  42  0.003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.138106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0770  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 262 aa  42  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.528769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0610  XRE family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 66 aa  42  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.081465  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5342  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 113 aa  42  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.987751 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03585  transcriptional regulator  32.76 
 
 		 206 aa  42  0.003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0823  DNA-binding protein  39.58 
 
 		 66 aa  42  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0103184  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0729  DNA-binding protein  39.58 
 
 		 67 aa  42  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4216  transcriptional regulator, XRE family  35.09 
 
 		 333 aa  42  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 91 aa  41.2  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2725  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 272 aa  41.6  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.692599  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2769  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 272 aa  41.6  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.218137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1349  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 97 aa  41.6  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 94 aa  41.2  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3755  transcriptional regulator, XRE family  45.24 
 
 		 87 aa  41.6  0.004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 76 aa  41.6  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>