37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5678 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5678  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
90 aa  179  9.000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.669501  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3371  helix-turn-helix domain-containing protein  53.85 
 
 
88 aa  69.7  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1196  transcriptional regulator, XRE family  50.88 
 
 
75 aa  58.2  0.00000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.151247 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2711  hypothetical protein  43.55 
 
 
94 aa  55.5  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.75348 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2168  transcriptional regulator, XRE family  45.16 
 
 
68 aa  53.1  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.117298  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2260  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 
72 aa  52.8  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0249  XRE family transcriptional regulator  48.94 
 
 
68 aa  51.6  0.000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0212  transcriptional regulator, XRE family  48.94 
 
 
68 aa  51.2  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0291  helix-turn-helix domain protein  43.33 
 
 
92 aa  50.4  0.000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03585  transcriptional regulator  37.84 
 
 
206 aa  50.4  0.000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0510  XRE family transcriptional regulator  42.03 
 
 
89 aa  48.9  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.152715  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4412  XRE family transcriptional regulator  45.31 
 
 
183 aa  48.9  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0919942  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2161  helix-turn-helix domain-containing protein  37.1 
 
 
126 aa  47.8  0.00006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 
83 aa  47  0.00008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08690  Helix-turn-helix protein  35.71 
 
 
87 aa  45.4  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.176489 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  31.71 
 
 
101 aa  45.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_002936  DET0251  transcriptional repressor LexA, putative  38.71 
 
 
217 aa  44.7  0.0004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00843575  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0274  transcriptional repressor LexA, putative  38.71 
 
 
217 aa  44.7  0.0004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0884  transcriptional repressor LexA, putative  38.71 
 
 
217 aa  44.7  0.0004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0403534  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0830  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 
88 aa  43.5  0.0009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.0000289664  hitchhiker  0.0000066158 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3353  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 
133 aa  43.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 
81 aa  42.4  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1274  XRE family transcriptional regulator  35.62 
 
 
86 aa  42.7  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.329441  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0013  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 
135 aa  42  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  41.38 
 
 
201 aa  42  0.003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1776  transcriptional regulator, XRE family  44.23 
 
 
79 aa  41.6  0.004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0912116  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1824  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 
117 aa  40.8  0.006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3536  helix-turn-helix domain protein  37.33 
 
 
513 aa  40.8  0.006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.948286 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0791  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 
214 aa  40.8  0.006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 
213 aa  40.4  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  33.9 
 
 
110 aa  40.8  0.007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2999  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 
200 aa  40.4  0.007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290253  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0504  transcriptional regulator  34.43 
 
 
75 aa  40.8  0.007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 
91 aa  40.4  0.008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0168  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 
86 aa  40.4  0.008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  32.2 
 
 
72 aa  40.4  0.008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1231  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 
69 aa  40  0.01  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0450833  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>