32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_6254 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_6254  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 94 aa  187  4e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.853292 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6539  XRE family transcriptional regulator  97.87 
 
 		 94 aa  183  7e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.625099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1251  XRE family transcriptional regulator  95.74 
 
 		 94 aa  182  9e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6581  XRE family transcriptional regulator  95.74 
 
 		 94 aa  182  9e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2282  XRE family transcriptional regulator  65.85 
 
 		 95 aa  110  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545722  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1918  transcriptional regulator, XRE family  55.91 
 
 		 94 aa  106  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0543598  normal  0.812558 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1776  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 		 79 aa  57.4  0.00000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0912116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0830  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 88 aa  57  0.00000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.0000289664  hitchhiker  0.0000066158 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0510  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 89 aa  55.5  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.152715  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2260  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 72 aa  48.5  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0140  helix-turn-helix domain protein  43.84 
 
 		 87 aa  48.5  0.00003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.7168 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2161  helix-turn-helix domain-containing protein  37.93 
 
 		 126 aa  46.2  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3420  transcriptional regulator, XRE family  31.75 
 
 		 78 aa  45.8  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.964582 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1196  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 75 aa  45.8  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.151247 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0291  helix-turn-helix domain protein  38.6 
 
 		 92 aa  45.8  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30630  transcription regulator protein  36 
 
 		 122 aa  46.2  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.635425  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2661  putative transcription regulator protein  38.89 
 
 		 111 aa  43.5  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.574569 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1911  putative transcription regulator protein  35.62 
 
 		 112 aa  42.7  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4462  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 125 aa  42.4  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0143  XRE family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 112 aa  42.7  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03585  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 206 aa  41.6  0.003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7007  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 110 aa  42  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1170  helix-turn-helix domain-containing protein  36.11 
 
 		 196 aa  42  0.003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 176 aa  41.2  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  38.89 
 
 		 188 aa  40.8  0.006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0641  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 806 aa  40.8  0.006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0190  transcriptional regulator, XRE family  30.56 
 
 		 112 aa  40.8  0.007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 197 aa  40.8  0.007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0715  transcriptional regulator, XRE family  31.34 
 
 		 187 aa  40.4  0.007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.39864  normal  0.0327391 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0180  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 112 aa  40.4  0.008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0484456  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5392  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 183 aa  40  0.009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.471231  normal  0.0187132 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 207 aa  40  0.01  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>