207 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4462 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4462  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 125 aa  253  8e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7007  transcriptional regulator, XRE family  90 
 
 		 110 aa  203  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0190  transcriptional regulator, XRE family  56.36 
 
 		 112 aa  115  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0143  XRE family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 112 aa  115  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2930  XRE family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 112 aa  115  1.9999999999999998e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.372042  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0180  transcriptional regulator, XRE family  55.45 
 
 		 112 aa  114  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0484456  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0264  XRE family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 112 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0326  transcriptional regulator, XRE family  53.64 
 
 		 112 aa  108  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1247  XRE family transcriptional regulator  50.94 
 
 		 111 aa  108  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2398  hypothetical protein  49.38 
 
 		 80 aa  75.1  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.550946  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1982  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 111 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.497596  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2364  XRE family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 114 aa  62  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.348863  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2309  XRE family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 68 aa  56.6  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.632006  normal  0.162361 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2263  DNA-binding protein  38.46 
 
 		 66 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.784233  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2523  DNA-binding protein  38.46 
 
 		 66 aa  52.8  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2539  DNA-binding protein  38.46 
 
 		 66 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.10177e-42 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2347  DNA-binding protein  36.92 
 
 		 69 aa  51.2  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203994  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2306  DNA-binding protein  36.92 
 
 		 69 aa  51.2  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0129797  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4849  XRE family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 216 aa  50.1  0.000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.593628  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3012  DNA-binding protein  38.81 
 
 		 69 aa  49.7  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.632687  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2934  helix-turn-helix family DNA-binding protein  38.81 
 
 		 69 aa  49.7  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3243  DNA-binding protein  38.81 
 
 		 69 aa  49.7  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2319  XRE family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 228 aa  48.9  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288377  normal  0.478428 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5696  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 66 aa  47.8  0.00005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  0.0346696 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0692  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 74 aa  47.4  0.00006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.782082  normal  0.118291 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 198 aa  47.4  0.00007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1423  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 195 aa  47  0.00008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  39.47 
 
 		 505 aa  47  0.00009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0677  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 276 aa  47  0.00009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.244102  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_002936  DET1338  DNA-binding protein  38.98 
 
 		 69 aa  46.2  0.0001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0023  transcriptional regulator  41.27 
 
 		 87 aa  46.2  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0632  transcriptional regulator, XRE family  36.21 
 
 		 71 aa  46.6  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000285782  unclonable  0.0000000000746668 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  50 
 
 		 255 aa  46.6  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4613  DNA-binding protein  32.73 
 
 		 190 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1120  DNA-binding protein  37.29 
 
 		 69 aa  45.4  0.0002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4631  DNA-binding protein  32.73 
 
 		 190 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2161  helix-turn-helix domain-containing protein  41.94 
 
 		 126 aa  45.8  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4633  DNA-binding protein  32.73 
 
 		 190 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4400  DNA-binding protein  32.73 
 
 		 190 aa  45.8  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4240  DNA-binding protein  32.73 
 
 		 190 aa  45.8  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4252  DNA-binding protein  32.73 
 
 		 190 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1344  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 258 aa  45.8  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.388374  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4617  DNA-binding protein  32.73 
 
 		 190 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1149  XRE family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 69 aa  45.8  0.0002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4740  DNA-binding protein  32.73 
 
 		 190 aa  45.8  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0622  DNA-binding protein  32.73 
 
 		 190 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.475485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 220 aa  46.2  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4333  XRE family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 190 aa  45.8  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2058  transcriptional regulator, XRE family  32.39 
 
 		 112 aa  45.1  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0689  XRE family transcriptional regulator  38 
 
 		 63 aa  45.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.285509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0950  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 95 aa  45.1  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0162  hypothetical protein  40.68 
 
 		 64 aa  45.1  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0019  transcriptional regulator, XRE family  36.54 
 
 		 68 aa  45.1  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.45 
 
 		 203 aa  44.7  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  38.98 
 
 		 383 aa  45.1  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2981  helix-turn-helix domain-containing protein  31.11 
 
 		 387 aa  44.3  0.0005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5438  XRE family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 168 aa  44.3  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0729  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 67 aa  44.3  0.0005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 256 aa  44.7  0.0005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3418  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 97 aa  44.3  0.0005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.961393 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0764  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 66 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0661  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 66 aa  44.3  0.0006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0605  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 66 aa  44.3  0.0006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.769041  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0606  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 66 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.393584  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0153  transcriptional regulator  42.37 
 
 		 64 aa  43.9  0.0006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0695  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 66 aa  44.3  0.0006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0823  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 66 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0103184  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  32.58 
 
 		 145 aa  44.3  0.0006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0610  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 66 aa  44.3  0.0006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.081465  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0750  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 66 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000884285 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0092  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 210 aa  43.9  0.0007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  38.98 
 
 		 181 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0831  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 183 aa  43.9  0.0007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000078794  normal  0.173113 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0632  DNA-binding protein  35.53 
 
 		 181 aa  43.5  0.0009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.404047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  38.98 
 
 		 181 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  38.98 
 
 		 181 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4364  transcriptional regulator protein-like protein  40.43 
 
 		 78 aa  43.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  43.4 
 
 		 255 aa  43.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 200 aa  43.5  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  38.98 
 
 		 181 aa  43.5  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 181 aa  43.5  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2228  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 197 aa  43.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.386344  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 181 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  38.98 
 
 		 181 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5148  hypothetical protein  40 
 
 		 75 aa  42.7  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.33566  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4608  DNA-binding protein  35.42 
 
 		 66 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.138106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  38.98 
 
 		 181 aa  43.5  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  38.98 
 
 		 181 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0807  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 169 aa  42.7  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 181 aa  43.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 81 aa  43.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1064  transciptional regulator  37.29 
 
 		 195 aa  43.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 97 aa  43.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4320  XRE family transcriptional regulator  44 
 
 		 181 aa  43.5  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.810122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2052  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 84 aa  43.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.14736  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  36.21 
 
 		 72 aa  43.5  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0752  XRE family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 69 aa  43.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.273056  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2912  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 200 aa  42.7  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2037  Cro/CI family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 358 aa  42.4  0.002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.64032  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4713  transcriptional regulator  40 
 
 		 75 aa  42.7  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0830303  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>