62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1344 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1344  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 258 aa  514  1.0000000000000001e-145  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.388374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0677  XRE family transcriptional regulator  71.06 
 
 		 276 aa  337  1.9999999999999998e-91  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.244102  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2319  XRE family transcriptional regulator  64.84 
 
 		 228 aa  271  6e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288377  normal  0.478428 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4849  XRE family transcriptional regulator  52.88 
 
 		 216 aa  183  2.0000000000000003e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.593628  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2831  hypothetical protein  35.44 
 
 		 240 aa  55.8  0.0000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3183  hypothetical protein  35.53 
 
 		 241 aa  54.7  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000722228 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3942  transcriptional regulator, XRE family  41.33 
 
 		 197 aa  49.7  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.534044  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2058  transcriptional regulator, XRE family  32.86 
 
 		 112 aa  49.3  0.00006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5438  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 168 aa  49.3  0.00006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3689  transcriptional regulator, XRE family  33.67 
 
 		 117 aa  49.3  0.00007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.18369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0950  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 95 aa  48.5  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04066  predicted transcriptional regulator  39.06 
 
 		 84 aa  47.8  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 101 aa  46.6  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0885  XRE family transcriptional regulator  32 
 
 		 218 aa  46.2  0.0005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4462  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 125 aa  45.8  0.0007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 212 aa  45.8  0.0008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  25.93 
 
 		 245 aa  45.4  0.0008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5343  XRE family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 110 aa  44.7  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.992998 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2636  XRE family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 121 aa  45.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000270139  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3096  transcriptional regulator, XRE family  26.44 
 
 		 192 aa  45.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00124629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3718  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 114 aa  45.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.17859  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0440  DNA-binding protein  38.1 
 
 		 91 aa  45.4  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000374773  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3931  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 		 253 aa  45.4  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.183179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1622  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 142 aa  44.7  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00320147  normal  0.504339 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3970  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 135 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4397  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 135 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.78876 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 528 aa  44.3  0.002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0874  putative transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 		 117 aa  44.3  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4813  putative transcriptionl regulator HipB  34.62 
 
 		 101 aa  44.3  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 211 aa  44.3  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2364  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 114 aa  44.7  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.348863  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 199 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2300  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 135 aa  43.5  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0137231  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 182 aa  43.5  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0476  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 157 aa  43.5  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 182 aa  43.5  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1957  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 208 aa  43.5  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.210401  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 182 aa  43.5  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1252  putative transcription regulator protein  43.08 
 
 		 88 aa  43.5  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7007  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 110 aa  43.1  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0887  XRE family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 218 aa  43.1  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4938  XRE family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 206 aa  43.1  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5958  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 134 aa  43.1  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0267  transcriptional regulator, XRE family  31.17 
 
 		 99 aa  43.1  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.173549  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3418  transcriptional regulator, XRE family  45.31 
 
 		 97 aa  43.1  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.961393 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4967  transcriptional regulator, XRE family  31.31 
 
 		 218 aa  42.7  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.454469  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 182 aa  42.7  0.006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 184 aa  42.7  0.006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0377  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 164 aa  42.7  0.006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.817561  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 77 aa  42.7  0.006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  29.17 
 
 		 182 aa  42.4  0.007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0950  transcriptional regulator, XRE family  30.3 
 
 		 205 aa  42.4  0.007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00163253 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1565  XRE family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 142 aa  42.4  0.008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.533985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0889  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 210 aa  42.4  0.008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  31.67 
 
 		 199 aa  42  0.009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 182 aa  42  0.009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4224  XRE family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 161 aa  42  0.009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4004  transcriptional regulator, XRE family  27.36 
 
 		 181 aa  42  0.01  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 256 aa  42  0.01  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  34.57 
 
 		 346 aa  42  0.01  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 176 aa  42  0.01  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 182 aa  42  0.01  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>