67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2058 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2058  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 112 aa  229  1e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0860  transcriptional regulator, putative  52.53 
 
 		 101 aa  98.2  4e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000051396 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3689  transcriptional regulator, XRE family  45.1 
 
 		 117 aa  93.2  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.18369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5438  XRE family transcriptional regulator  45.54 
 
 		 168 aa  89.4  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04066  predicted transcriptional regulator  51.25 
 
 		 84 aa  83.2  0.000000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0267  transcriptional regulator, XRE family  44.9 
 
 		 99 aa  78.2  0.00000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.173549  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1840  XRE family transcriptional regulator  44.57 
 
 		 111 aa  74.3  0.0000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.69218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3064  hypothetical protein  48.19 
 
 		 116 aa  74.3  0.0000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.296104  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0283  hypothetical protein  44.16 
 
 		 91 aa  68.6  0.00000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000768179  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0262  transcriptional regulator, XRE family  48.68 
 
 		 109 aa  64.7  0.0000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2959  DNA-binding protein, putative  37.66 
 
 		 130 aa  59.7  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0227  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 113 aa  58.5  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2092  XRE family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 115 aa  58.5  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.209801  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9055  hypothetical protein  39.33 
 
 		 111 aa  57.8  0.00000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.142837  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0225  hypothetical protein  36.84 
 
 		 111 aa  56.6  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6889  XRE family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 125 aa  56.6  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.934247 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3718  transcriptional regulator, XRE family  38.27 
 
 		 114 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.17859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0236  helix-turn-helix domain protein  49.09 
 
 		 111 aa  55.1  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1558  transcriptional regulator, XRE family  40.7 
 
 		 114 aa  53.5  0.0000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2078  XRE family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 126 aa  53.1  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0476  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 157 aa  50.4  0.000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4849  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 216 aa  50.4  0.000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.593628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0677  XRE family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 276 aa  49.7  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.244102  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5217  hypothetical protein  31.63 
 
 		 121 aa  49.7  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.810491  normal  0.563034 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2364  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 114 aa  49.7  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.348863  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2040  hypothetical protein  35.53 
 
 		 100 aa  49.7  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0785  hypothetical protein  39.34 
 
 		 166 aa  49.7  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00156386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1565  XRE family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 142 aa  49.3  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.533985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4943  helix-turn-helix domain-containing protein  36 
 
 		 107 aa  49.3  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1344  XRE family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 258 aa  49.3  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.388374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0143  XRE family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 112 aa  48.9  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5665  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 156 aa  48.5  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6143  hypothetical protein  39.34 
 
 		 122 aa  48.5  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927936  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5343  XRE family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 110 aa  48.5  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.992998 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5342  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 113 aa  48.1  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.987751 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1247  XRE family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 111 aa  47.4  0.00008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0180  transcriptional regulator, XRE family  31.31 
 
 		 112 aa  46.2  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0484456  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0190  transcriptional regulator, XRE family  31.31 
 
 		 112 aa  46.6  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2319  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 228 aa  46.2  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288377  normal  0.478428 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1975  XRE family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 125 aa  45.8  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0377  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 164 aa  45.8  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.817561  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0326  transcriptional regulator, XRE family  38.03 
 
 		 112 aa  45.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0264  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 112 aa  45.4  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4462  XRE family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 125 aa  45.1  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2503  hypothetical protein  35.29 
 
 		 109 aa  44.7  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 120 aa  43.9  0.0007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4209  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 194 aa  43.5  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.940435  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2930  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 112 aa  42.4  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.372042  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 528 aa  42.4  0.002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2734  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 108 aa  41.6  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2578  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 182 aa  42  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3418  transcriptional regulator, XRE family  29.17 
 
 		 97 aa  41.2  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.961393 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7007  transcriptional regulator, XRE family  32.31 
 
 		 110 aa  40.8  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 201 aa  40.4  0.007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 201 aa  40.4  0.007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3687  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 79 aa  40.4  0.008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4493  DNA-binding protein  32.84 
 
 		 181 aa  40.4  0.008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4481  DNA-binding protein  32.84 
 
 		 181 aa  40.4  0.008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0755  DNA-binding protein  32.84 
 
 		 181 aa  40.4  0.008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4442  DNA-binding protein  32.84 
 
 		 181 aa  40.4  0.008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4590  DNA-binding protein  32.84 
 
 		 181 aa  40.4  0.008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4105  transcriptional regulator  32.84 
 
 		 181 aa  40.4  0.008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4094  transcriptional regulator  32.84 
 
 		 181 aa  40.4  0.008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0950  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 95 aa  40.4  0.008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4258  DNA-binding protein  32.84 
 
 		 181 aa  40.4  0.008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4443  DNA-binding protein  32.84 
 
 		 181 aa  40.4  0.008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6229  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 138 aa  40  0.01  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>