41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_2092 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_2092  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 115 aa  233  5.0000000000000005e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.209801  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2959  DNA-binding protein, putative  43.85 
 
 		 130 aa  100  8e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5217  hypothetical protein  46.96 
 
 		 121 aa  92.4  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.810491  normal  0.563034 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0227  transcriptional regulator, XRE family  46.09 
 
 		 113 aa  88.2  4e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1558  transcriptional regulator, XRE family  33.64 
 
 		 114 aa  70.1  0.000000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5343  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 110 aa  69.7  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.992998 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1840  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 111 aa  67.8  0.00000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.69218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0476  XRE family transcriptional regulator  37 
 
 		 157 aa  67.8  0.00000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3718  transcriptional regulator, XRE family  42.35 
 
 		 114 aa  67  0.00000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.17859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0225  hypothetical protein  36.46 
 
 		 111 aa  65.9  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6143  hypothetical protein  34.23 
 
 		 122 aa  65.9  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927936  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4199  hypothetical protein  40 
 
 		 132 aa  63.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.335436 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2058  transcriptional regulator, XRE family  34.91 
 
 		 112 aa  58.5  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9055  hypothetical protein  33.64 
 
 		 111 aa  57.8  0.00000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.142837  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4943  helix-turn-helix domain-containing protein  33.01 
 
 		 107 aa  57.4  0.00000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0236  helix-turn-helix domain protein  41.9 
 
 		 111 aa  57.4  0.00000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6889  XRE family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 125 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.934247 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6229  XRE family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 138 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5342  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 113 aa  55.1  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.987751 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3278  transcriptional regulator, XRE family  37.97 
 
 		 114 aa  53.9  0.0000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0655244  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2078  XRE family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 126 aa  52.4  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0143  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 112 aa  51.6  0.000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0860  transcriptional regulator, putative  32.88 
 
 		 101 aa  51.2  0.000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000051396 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2040  hypothetical protein  30.49 
 
 		 100 aa  50.1  0.000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04066  predicted transcriptional regulator  38.46 
 
 		 84 aa  48.9  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2503  hypothetical protein  32.65 
 
 		 109 aa  48.9  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3689  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 117 aa  47  0.00009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.18369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0267  transcriptional regulator, XRE family  36.17 
 
 		 99 aa  46.6  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.173549  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4144  hypothetical protein  33.67 
 
 		 109 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.182974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0190  transcriptional regulator, XRE family  25.71 
 
 		 112 aa  44.7  0.0004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7390  putative DNA binding protein  30 
 
 		 79 aa  43.9  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2230  XRE family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 125 aa  43.5  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0180  transcriptional regulator, XRE family  29.33 
 
 		 112 aa  43.5  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0484456  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3064  hypothetical protein  29.27 
 
 		 116 aa  43.5  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.296104  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0326  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 112 aa  42.7  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  32.88 
 
 		 196 aa  42.7  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0264  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 112 aa  42  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3563  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 189 aa  41.6  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1756  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 409 aa  40.8  0.006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3536  helix-turn-helix domain protein  34.15 
 
 		 513 aa  40.8  0.007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.948286 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1975  XRE family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 125 aa  40.4  0.009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>