40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4144 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4144  hypothetical protein  100 
 
 		 109 aa  210  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.182974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6143  hypothetical protein  51.09 
 
 		 122 aa  93.2  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927936  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4199  hypothetical protein  47.25 
 
 		 132 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.335436 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4943  helix-turn-helix domain-containing protein  44.68 
 
 		 107 aa  69.7  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1558  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 114 aa  68.9  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1840  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 111 aa  66.2  0.0000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.69218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2230  XRE family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 125 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2959  DNA-binding protein, putative  39.58 
 
 		 130 aa  63.9  0.0000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5342  XRE family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 113 aa  63.5  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.987751 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0236  helix-turn-helix domain protein  44.9 
 
 		 111 aa  62.8  0.000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2078  XRE family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 126 aa  60.1  0.000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3718  transcriptional regulator, XRE family  35.11 
 
 		 114 aa  60.1  0.000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.17859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9055  hypothetical protein  44.83 
 
 		 111 aa  59.3  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.142837  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6889  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 125 aa  58.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.934247 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0225  hypothetical protein  42.39 
 
 		 111 aa  58.2  0.00000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0227  transcriptional regulator, XRE family  36.79 
 
 		 113 aa  57.8  0.00000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0476  XRE family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 157 aa  57.4  0.00000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2092  XRE family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 115 aa  56.6  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.209801  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5217  hypothetical protein  35.42 
 
 		 121 aa  56.6  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.810491  normal  0.563034 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1565  XRE family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 142 aa  55.1  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.533985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5343  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 110 aa  54.3  0.0000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.992998 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6229  XRE family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 138 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2212  hypothetical protein  46.43 
 
 		 97 aa  52.8  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000389536 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3278  transcriptional regulator, XRE family  46.03 
 
 		 114 aa  49.7  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0655244  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1975  XRE family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 125 aa  48.9  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2503  hypothetical protein  37.11 
 
 		 109 aa  47.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2734  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 108 aa  46.2  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3689  transcriptional regulator, XRE family  34.95 
 
 		 117 aa  46.2  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.18369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0950  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 95 aa  45.4  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2869  hypothetical protein  34.38 
 
 		 113 aa  46.2  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03330  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 100 aa  45.1  0.0004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.312142  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2058  transcriptional regulator, XRE family  29.29 
 
 		 112 aa  44.7  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7390  putative DNA binding protein  37.5 
 
 		 79 aa  43.9  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2364  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 114 aa  42.4  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.348863  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5011  XRE family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 126 aa  41.6  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.86875 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04066  predicted transcriptional regulator  44 
 
 		 84 aa  41.2  0.004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0860  transcriptional regulator, putative  32.26 
 
 		 101 aa  41.2  0.005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000051396 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5438  XRE family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 168 aa  40.8  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3064  hypothetical protein  44.9 
 
 		 116 aa  40.4  0.007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.296104  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0283  hypothetical protein  40.32 
 
 		 91 aa  40.4  0.009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000768179  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>