33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3278 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3278  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 114 aa  223  6e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0655244  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6143  hypothetical protein  42.17 
 
 		 122 aa  61.2  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927936  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5217  hypothetical protein  40.96 
 
 		 121 aa  56.6  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.810491  normal  0.563034 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2092  XRE family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 115 aa  54.7  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.209801  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0227  transcriptional regulator, XRE family  38.36 
 
 		 113 aa  52.4  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0860  transcriptional regulator, putative  33.77 
 
 		 101 aa  52.4  0.000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000051396 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0677  XRE family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 276 aa  48.9  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.244102  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3718  transcriptional regulator, XRE family  36 
 
 		 114 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.17859  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6889  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 125 aa  46.2  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.934247 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6229  XRE family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 138 aa  44.7  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1558  transcriptional regulator, XRE family  32.05 
 
 		 114 aa  44.7  0.0004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1344  XRE family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 258 aa  44.3  0.0005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.388374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1840  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 111 aa  44.3  0.0006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.69218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5438  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 168 aa  43.5  0.0009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2869  hypothetical protein  33.73 
 
 		 113 aa  43.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2212  hypothetical protein  37.88 
 
 		 97 aa  43.5  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000389536 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2319  XRE family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 228 aa  43.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288377  normal  0.478428 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2230  XRE family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 125 aa  43.5  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5342  XRE family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 113 aa  42.4  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.987751 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9055  hypothetical protein  38.46 
 
 		 111 aa  42.7  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.142837  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5343  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 110 aa  42  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.992998 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2040  hypothetical protein  32.53 
 
 		 100 aa  42  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1423  transcriptional regulator, XRE family  41.98 
 
 		 195 aa  41.6  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2364  XRE family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 114 aa  41.6  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.348863  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2959  DNA-binding protein, putative  30 
 
 		 130 aa  41.2  0.004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0225  hypothetical protein  34.72 
 
 		 111 aa  41.2  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0476  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 157 aa  40.8  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2078  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 126 aa  40.4  0.007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7007  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 110 aa  40.4  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4462  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 125 aa  40.4  0.009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4144  hypothetical protein  43.42 
 
 		 109 aa  40  0.009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.182974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3536  helix-turn-helix domain protein  37.88 
 
 		 513 aa  40  0.01  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.948286 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4943  helix-turn-helix domain-containing protein  33.78 
 
 		 107 aa  40  0.01  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>