50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9055 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011984  Avi_9055  hypothetical protein  100 
 
 		 111 aa  218  1.9999999999999999e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.142837  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2503  hypothetical protein  80 
 
 		 109 aa  172  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0225  hypothetical protein  78.38 
 
 		 111 aa  165  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0476  XRE family transcriptional regulator  72.55 
 
 		 157 aa  142  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1840  XRE family transcriptional regulator  71.29 
 
 		 111 aa  138  1.9999999999999998e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.69218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7390  putative DNA binding protein  85.9 
 
 		 79 aa  137  3.9999999999999997e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5343  XRE family transcriptional regulator  69.61 
 
 		 110 aa  135  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.992998 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0236  helix-turn-helix domain protein  64.86 
 
 		 111 aa  114  5e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4943  helix-turn-helix domain-containing protein  45.92 
 
 		 107 aa  77.8  0.00000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6229  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 138 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1558  transcriptional regulator, XRE family  37.96 
 
 		 114 aa  70.9  0.000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2078  XRE family transcriptional regulator  47.13 
 
 		 126 aa  67.8  0.00000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6889  XRE family transcriptional regulator  45.98 
 
 		 125 aa  67.4  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.934247 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2959  DNA-binding protein, putative  44.83 
 
 		 130 aa  66.6  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0227  transcriptional regulator, XRE family  42.35 
 
 		 113 aa  65.9  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2230  XRE family transcriptional regulator  49 
 
 		 125 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5217  hypothetical protein  38.64 
 
 		 121 aa  63.9  0.0000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.810491  normal  0.563034 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2869  hypothetical protein  43.53 
 
 		 113 aa  63.2  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3689  transcriptional regulator, XRE family  43.96 
 
 		 117 aa  62.4  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.18369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4199  hypothetical protein  38.89 
 
 		 132 aa  62  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.335436 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6143  hypothetical protein  44.16 
 
 		 122 aa  60.8  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927936  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0501  hypothetical protein  37.76 
 
 		 97 aa  59.7  0.00000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5438  XRE family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 168 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2092  XRE family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 115 aa  57.8  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.209801  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3718  transcriptional regulator, XRE family  37.37 
 
 		 114 aa  57.8  0.00000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.17859  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2058  transcriptional regulator, XRE family  39.33 
 
 		 112 aa  57.8  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3064  hypothetical protein  41.46 
 
 		 116 aa  55.8  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.296104  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0283  hypothetical protein  47.06 
 
 		 91 aa  54.7  0.0000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000768179  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0860  transcriptional regulator, putative  45.78 
 
 		 101 aa  54.3  0.0000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000051396 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2734  XRE family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 108 aa  53.1  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0267  transcriptional regulator, XRE family  45.59 
 
 		 99 aa  53.1  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.173549  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04066  predicted transcriptional regulator  39.51 
 
 		 84 aa  51.6  0.000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2040  hypothetical protein  35.29 
 
 		 100 aa  51.6  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1975  XRE family transcriptional regulator  47.13 
 
 		 125 aa  50.4  0.000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5342  XRE family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 113 aa  48.9  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.987751 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4144  hypothetical protein  43.08 
 
 		 109 aa  48.1  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.182974  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0950  transcriptional regulator, XRE family  38.64 
 
 		 95 aa  47.4  0.00006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0262  transcriptional regulator, XRE family  43.21 
 
 		 109 aa  45.8  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2930  XRE family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 112 aa  44.7  0.0004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.372042  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0785  hypothetical protein  38.64 
 
 		 166 aa  43.9  0.0009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00156386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0675  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  34.21 
 
 		 297 aa  42.7  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal  0.529847 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0677  XRE family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 276 aa  42.4  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.244102  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1361  EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase)  43.64 
 
 		 516 aa  41.6  0.004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419571  normal  0.53858 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4154  hypothetical protein  37.31 
 
 		 82 aa  41.2  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3278  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 114 aa  40.8  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0655244  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0143  XRE family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 112 aa  40.4  0.007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5665  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 156 aa  40.4  0.009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  33.8 
 
 		 211 aa  40.4  0.009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0180  transcriptional regulator, XRE family  34.83 
 
 		 112 aa  40  0.01  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0484456  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1247  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 111 aa  40  0.01  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>