52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1975 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1975  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 125 aa  238  2.9999999999999997e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6889  XRE family transcriptional regulator  76.8 
 
 		 125 aa  189  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.934247 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2078  XRE family transcriptional regulator  71.43 
 
 		 126 aa  170  6.999999999999999e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1558  transcriptional regulator, XRE family  47.25 
 
 		 114 aa  77.8  0.00000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4199  hypothetical protein  40 
 
 		 132 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.335436 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6229  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 138 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0225  hypothetical protein  45.92 
 
 		 111 aa  72  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0227  transcriptional regulator, XRE family  45.65 
 
 		 113 aa  70.5  0.000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1840  XRE family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 111 aa  68.2  0.00000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.69218  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9055  hypothetical protein  47.13 
 
 		 111 aa  68.2  0.00000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.142837  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0476  XRE family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 157 aa  67  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5343  XRE family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 110 aa  66.2  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.992998 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4943  helix-turn-helix domain-containing protein  43.43 
 
 		 107 aa  65.1  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3718  transcriptional regulator, XRE family  40.22 
 
 		 114 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.17859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2959  DNA-binding protein, putative  45.16 
 
 		 130 aa  62.4  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2503  hypothetical protein  41.84 
 
 		 109 aa  57.8  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5217  hypothetical protein  39.39 
 
 		 121 aa  57  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.810491  normal  0.563034 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2058  transcriptional regulator, XRE family  34.02 
 
 		 112 aa  56.2  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2230  XRE family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 125 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0860  transcriptional regulator, putative  41.03 
 
 		 101 aa  54.7  0.0000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000051396 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0236  helix-turn-helix domain protein  47.13 
 
 		 111 aa  54.7  0.0000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3689  transcriptional regulator, XRE family  39.74 
 
 		 117 aa  54.3  0.0000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.18369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2092  XRE family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 115 aa  53.5  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.209801  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2869  hypothetical protein  40.54 
 
 		 113 aa  52.4  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5342  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 113 aa  50.4  0.000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.987751 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0950  transcriptional regulator, XRE family  32.86 
 
 		 95 aa  47.8  0.00005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7390  putative DNA binding protein  40.91 
 
 		 79 aa  47.4  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6143  hypothetical protein  35.06 
 
 		 122 aa  47  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927936  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3066  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 113 aa  46.6  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.870694  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04066  predicted transcriptional regulator  38.03 
 
 		 84 aa  46.6  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 112 aa  45.4  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3278  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 114 aa  45.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0655244  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5438  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 168 aa  45.1  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0267  transcriptional regulator, XRE family  44.32 
 
 		 99 aa  44.7  0.0004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.173549  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4144  hypothetical protein  42.05 
 
 		 109 aa  44.3  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.182974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0895  XRE family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 104 aa  44.3  0.0006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0262  transcriptional regulator, XRE family  47.89 
 
 		 109 aa  43.9  0.0007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4462  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 125 aa  42.7  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7007  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 110 aa  42.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0283  hypothetical protein  46.27 
 
 		 91 aa  42.4  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000768179  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2282  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 95 aa  42  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545722  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0677  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 276 aa  42  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.244102  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0143  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 112 aa  42  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 220 aa  41.6  0.004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 219 aa  41.2  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2538  transcriptional regulator, XRE family  42.22 
 
 		 145 aa  41.2  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0200677  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0190  transcriptional regulator, XRE family  35.62 
 
 		 112 aa  41.2  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1565  XRE family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 142 aa  41.2  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.533985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3064  hypothetical protein  40.28 
 
 		 116 aa  41.2  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.296104  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2425  transcriptional regulator  34 
 
 		 99 aa  40.8  0.007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0326  transcriptional regulator, XRE family  35.62 
 
 		 112 aa  40  0.01  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0180  transcriptional regulator, XRE family  34.25 
 
 		 112 aa  40  0.01  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0484456  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>