47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1558 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1558  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 114 aa  224  3e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4943  helix-turn-helix domain-containing protein  58.88 
 
 		 107 aa  126  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6229  XRE family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 138 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2230  XRE family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 125 aa  107  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2078  XRE family transcriptional regulator  48.89 
 
 		 126 aa  82.4  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4199  hypothetical protein  39.47 
 
 		 132 aa  80.5  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.335436 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6889  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 125 aa  77  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.934247 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0476  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 157 aa  71.2  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9055  hypothetical protein  37.96 
 
 		 111 aa  70.9  0.000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.142837  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2092  XRE family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 115 aa  70.1  0.000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.209801  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6143  hypothetical protein  36.59 
 
 		 122 aa  70.1  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927936  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0225  hypothetical protein  37.5 
 
 		 111 aa  69.3  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5217  hypothetical protein  38.95 
 
 		 121 aa  69.3  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.810491  normal  0.563034 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1840  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 111 aa  63.9  0.0000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.69218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2959  DNA-binding protein, putative  34.74 
 
 		 130 aa  63.5  0.0000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2503  hypothetical protein  37.76 
 
 		 109 aa  63.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1975  XRE family transcriptional regulator  47.25 
 
 		 125 aa  61.6  0.000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5343  XRE family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 110 aa  60.8  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.992998 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4144  hypothetical protein  36.84 
 
 		 109 aa  60.1  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.182974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3718  transcriptional regulator, XRE family  31.07 
 
 		 114 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.17859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04066  predicted transcriptional regulator  41.77 
 
 		 84 aa  57.4  0.00000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0501  hypothetical protein  34.41 
 
 		 97 aa  54.3  0.0000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0236  helix-turn-helix domain protein  42.22 
 
 		 111 aa  54.3  0.0000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0227  transcriptional regulator, XRE family  31.76 
 
 		 113 aa  54.3  0.0000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2058  transcriptional regulator, XRE family  40.7 
 
 		 112 aa  53.5  0.0000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5438  XRE family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 168 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2734  XRE family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 108 aa  53.5  0.0000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5342  XRE family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 113 aa  50.8  0.000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.987751 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3689  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 117 aa  49.3  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.18369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0950  transcriptional regulator, XRE family  31.17 
 
 		 95 aa  48.9  0.00003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3064  hypothetical protein  35.8 
 
 		 116 aa  48.1  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.296104  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7390  putative DNA binding protein  31.51 
 
 		 79 aa  47  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0267  transcriptional regulator, XRE family  33.75 
 
 		 99 aa  44.7  0.0005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.173549  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0860  transcriptional regulator, putative  32.99 
 
 		 101 aa  44.3  0.0006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000051396 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3278  transcriptional regulator, XRE family  31.58 
 
 		 114 aa  44.3  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0655244  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1247  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 111 aa  43.5  0.0009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2869  hypothetical protein  32.04 
 
 		 113 aa  43.5  0.0009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0180  transcriptional regulator, XRE family  27.88 
 
 		 112 aa  43.5  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0484456  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0190  transcriptional regulator, XRE family  26.92 
 
 		 112 aa  42.7  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0143  XRE family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 112 aa  42.4  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2364  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 114 aa  41.2  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.348863  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2319  XRE family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 228 aa  41.2  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288377  normal  0.478428 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0677  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 276 aa  40.8  0.006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.244102  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0283  hypothetical protein  31.17 
 
 		 91 aa  40.4  0.009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000768179  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5011  XRE family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 126 aa  40.4  0.009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.86875 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1565  XRE family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 142 aa  40  0.009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.533985  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0074  hypothetical protein  35.56 
 
 		 94 aa  40.4  0.009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>