52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_2078 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2078  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 126 aa  242  9.999999999999999e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6889  XRE family transcriptional regulator  76.19 
 
 		 125 aa  181  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.934247 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1975  XRE family transcriptional regulator  71.43 
 
 		 125 aa  143  6e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1558  transcriptional regulator, XRE family  48.89 
 
 		 114 aa  82.4  0.000000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4199  hypothetical protein  39.68 
 
 		 132 aa  80.9  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.335436 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0225  hypothetical protein  46.94 
 
 		 111 aa  76.3  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1840  XRE family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 111 aa  71.2  0.000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.69218  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0227  transcriptional regulator, XRE family  45.05 
 
 		 113 aa  70.9  0.000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9055  hypothetical protein  47.13 
 
 		 111 aa  67.8  0.00000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.142837  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0476  XRE family transcriptional regulator  42 
 
 		 157 aa  66.6  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6229  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 138 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5343  XRE family transcriptional regulator  41 
 
 		 110 aa  65.9  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.992998 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4943  helix-turn-helix domain-containing protein  43.48 
 
 		 107 aa  65.9  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2959  DNA-binding protein, putative  36.75 
 
 		 130 aa  63.9  0.0000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5217  hypothetical protein  38.05 
 
 		 121 aa  63.2  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.810491  normal  0.563034 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2503  hypothetical protein  45.88 
 
 		 109 aa  59.7  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3718  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 114 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.17859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2230  XRE family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 125 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2869  hypothetical protein  43.68 
 
 		 113 aa  56.6  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0236  helix-turn-helix domain protein  46.07 
 
 		 111 aa  55.8  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3689  transcriptional regulator, XRE family  38.83 
 
 		 117 aa  53.1  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.18369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2058  transcriptional regulator, XRE family  32.99 
 
 		 112 aa  53.1  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2092  XRE family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 115 aa  52.4  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.209801  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7390  putative DNA binding protein  43.94 
 
 		 79 aa  51.2  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0860  transcriptional regulator, putative  41.03 
 
 		 101 aa  50.1  0.000009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000051396 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3066  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 113 aa  49.7  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.870694  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4144  hypothetical protein  42.05 
 
 		 109 aa  48.1  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.182974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5342  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 113 aa  47.8  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.987751 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6143  hypothetical protein  32.93 
 
 		 122 aa  46.6  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927936  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0865  XRE family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 113 aa  45.8  0.0002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3064  hypothetical protein  36 
 
 		 116 aa  46.2  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.296104  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0283  hypothetical protein  46.27 
 
 		 91 aa  45.4  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000768179  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0267  transcriptional regulator, XRE family  44.32 
 
 		 99 aa  45.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.173549  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0950  transcriptional regulator, XRE family  29.27 
 
 		 95 aa  44.3  0.0007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0190  transcriptional regulator, XRE family  34.25 
 
 		 112 aa  43.9  0.0008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2364  XRE family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 114 aa  43.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.348863  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0143  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 112 aa  43.5  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0326  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 112 aa  43.5  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1565  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 142 aa  43.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.533985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1136  DNA-binding protein  38.81 
 
 		 101 aa  42.7  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.632905  normal  0.0362151 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1468  transcriptional regulator, XRE family  45.16 
 
 		 125 aa  42.4  0.002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000041852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0180  transcriptional regulator, XRE family  34.25 
 
 		 112 aa  42.7  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0484456  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0895  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 104 aa  42.7  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0264  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 112 aa  42  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5438  XRE family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 168 aa  42  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3278  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 114 aa  41.6  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0655244  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7007  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 110 aa  41.6  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5011  XRE family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 126 aa  41.2  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.86875 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4462  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 125 aa  41.2  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0262  transcriptional regulator, XRE family  46.48 
 
 		 109 aa  40.4  0.009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04066  predicted transcriptional regulator  35.21 
 
 		 84 aa  40.4  0.009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03330  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 100 aa  40  0.01  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.312142  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>