51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5438 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_5438  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 168 aa  320  4e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2058  transcriptional regulator, XRE family  45.54 
 
 		 112 aa  89.4  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3689  transcriptional regulator, XRE family  46.53 
 
 		 117 aa  83.6  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.18369  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0860  transcriptional regulator, putative  51.85 
 
 		 101 aa  78.2  0.00000000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000051396 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04066  predicted transcriptional regulator  41.67 
 
 		 84 aa  63.5  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1840  XRE family transcriptional regulator  47.56 
 
 		 111 aa  61.2  0.000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.69218  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0267  transcriptional regulator, XRE family  45.65 
 
 		 99 aa  57.8  0.00000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.173549  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9055  hypothetical protein  45.65 
 
 		 111 aa  57.8  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.142837  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0225  hypothetical protein  45.16 
 
 		 111 aa  57.8  0.00000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4849  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 216 aa  56.6  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.593628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0476  XRE family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 157 aa  55.1  0.0000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2959  DNA-binding protein, putative  38 
 
 		 130 aa  54.3  0.0000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0283  hypothetical protein  43.24 
 
 		 91 aa  54.3  0.0000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000768179  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3064  hypothetical protein  35.71 
 
 		 116 aa  54.3  0.0000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.296104  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1558  transcriptional regulator, XRE family  35.4 
 
 		 114 aa  53.5  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0785  hypothetical protein  35.54 
 
 		 166 aa  53.9  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00156386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5343  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 110 aa  52.4  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.992998 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0677  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 276 aa  51.6  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.244102  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3718  transcriptional regulator, XRE family  37.04 
 
 		 114 aa  51.2  0.000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.17859  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0950  transcriptional regulator, XRE family  42.47 
 
 		 95 aa  50.4  0.00001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5217  hypothetical protein  40.62 
 
 		 121 aa  50.1  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.810491  normal  0.563034 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5665  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 156 aa  50.4  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2636  XRE family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 121 aa  48.9  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000270139  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1344  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 258 aa  49.3  0.00003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.388374  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2503  hypothetical protein  44.09 
 
 		 109 aa  48.9  0.00004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0262  transcriptional regulator, XRE family  44.74 
 
 		 109 aa  48.5  0.00005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0377  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 164 aa  48.1  0.00005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.817561  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3418  transcriptional regulator, XRE family  44.74 
 
 		 97 aa  48.1  0.00006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.961393 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2319  XRE family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 228 aa  47.8  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288377  normal  0.478428 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6889  XRE family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 125 aa  46.6  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.934247 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6143  hypothetical protein  36.78 
 
 		 122 aa  45.8  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927936  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7390  putative DNA binding protein  39.24 
 
 		 79 aa  45.8  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1565  XRE family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 142 aa  45.8  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.533985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2364  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 114 aa  45.1  0.0004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.348863  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0227  transcriptional regulator, XRE family  37 
 
 		 113 aa  45.1  0.0005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7007  transcriptional regulator, XRE family  35.44 
 
 		 110 aa  45.1  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4462  XRE family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 125 aa  44.3  0.0008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2734  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 108 aa  43.5  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0190  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 		 112 aa  42.7  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0236  helix-turn-helix domain protein  46.51 
 
 		 111 aa  42.4  0.003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03330  transcriptional regulator, XRE family  37.84 
 
 		 100 aa  42.4  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.312142  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2668  transcriptional regulator, XRE family  31.68 
 
 		 164 aa  42  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2078  XRE family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 126 aa  42  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2040  hypothetical protein  33.33 
 
 		 100 aa  41.6  0.006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3278  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 114 aa  41.2  0.007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0655244  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4943  helix-turn-helix domain-containing protein  34 
 
 		 107 aa  41.2  0.007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0110  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 		 115 aa  41.2  0.007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2159  hypothetical protein  33.73 
 
 		 198 aa  40.8  0.008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  31.85 
 
 		 222 aa  40.8  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0775  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 622 aa  40.8  0.01  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000679131  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0180  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 		 112 aa  40.8  0.01  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0484456  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>