54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0262 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0262  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 109 aa  215  1e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0283  hypothetical protein  93.41 
 
 		 91 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000768179  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0267  transcriptional regulator, XRE family  92.86 
 
 		 99 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.173549  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3064  hypothetical protein  79.27 
 
 		 116 aa  135  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.296104  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3689  transcriptional regulator, XRE family  64.95 
 
 		 117 aa  130  6e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.18369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2058  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 112 aa  85.5  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04066  predicted transcriptional regulator  46.99 
 
 		 84 aa  79.3  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0860  transcriptional regulator, putative  47.73 
 
 		 101 aa  74.7  0.0000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000051396 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1840  XRE family transcriptional regulator  46.99 
 
 		 111 aa  74.7  0.0000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.69218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0225  hypothetical protein  47.19 
 
 		 111 aa  69.7  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5438  XRE family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 168 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9055  hypothetical protein  45.78 
 
 		 111 aa  67  0.00000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.142837  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0236  helix-turn-helix domain protein  46 
 
 		 111 aa  64.7  0.0000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0476  XRE family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 157 aa  63.5  0.0000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5343  XRE family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 110 aa  59.3  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.992998 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6889  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 125 aa  58.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.934247 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2078  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1558  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 114 aa  58.2  0.00000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3718  transcriptional regulator, XRE family  39.08 
 
 		 114 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.17859  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2212  hypothetical protein  37.36 
 
 		 97 aa  57.8  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000389536 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2959  DNA-binding protein, putative  39.53 
 
 		 130 aa  56.2  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2503  hypothetical protein  40.48 
 
 		 109 aa  56.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7390  putative DNA binding protein  41.46 
 
 		 79 aa  53.5  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2092  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 115 aa  52.8  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.209801  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6143  hypothetical protein  46.55 
 
 		 122 aa  51.6  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927936  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4849  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 216 aa  50.4  0.000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.593628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0677  XRE family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 276 aa  49.7  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.244102  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0190  transcriptional regulator, XRE family  36.17 
 
 		 112 aa  49.7  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0227  transcriptional regulator, XRE family  36.9 
 
 		 113 aa  50.1  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1982  XRE family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 111 aa  48.9  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.497596  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0143  XRE family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 112 aa  49.3  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0785  hypothetical protein  37.7 
 
 		 166 aa  48.5  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00156386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6229  XRE family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 138 aa  48.1  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5217  hypothetical protein  37.78 
 
 		 121 aa  48.1  0.00004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.810491  normal  0.563034 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1975  XRE family transcriptional regulator  44.32 
 
 		 125 aa  47.8  0.00005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0950  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 95 aa  47.8  0.00006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0180  transcriptional regulator, XRE family  35.16 
 
 		 112 aa  47.4  0.00007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0484456  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0377  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 164 aa  46.2  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.817561  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5665  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 156 aa  45.8  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0264  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 112 aa  45.1  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0326  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 112 aa  45.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1344  XRE family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 258 aa  45.1  0.0004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.388374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5342  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 113 aa  43.9  0.0007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.987751 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0895  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 104 aa  43.9  0.0007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1565  XRE family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 142 aa  43.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.533985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2319  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 228 aa  42.7  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288377  normal  0.478428 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3589  helix-turn-helix domain-containing protein  34.41 
 
 		 103 aa  42.7  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.165501  normal  0.395198 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0752  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 102 aa  42.7  0.002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.596173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4199  hypothetical protein  35.11 
 
 		 132 aa  42  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.335436 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2364  XRE family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 114 aa  41.6  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.348863  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4144  hypothetical protein  40.32 
 
 		 109 aa  41.2  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.182974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2930  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 112 aa  40.8  0.006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.372042  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03330  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 100 aa  40.8  0.007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.312142  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0889  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 210 aa  40.4  0.009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>