26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2941 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2941  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 145 aa  297  4e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1338  helix-turn-helix domain protein  92.41 
 
 		 145 aa  275  2e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2668  transcriptional regulator, XRE family  75.51 
 
 		 164 aa  233  6e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1240  helix-turn-helix domain protein  73.57 
 
 		 141 aa  214  2.9999999999999998e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.261297  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2430  putative transcriptional regulator  40.88 
 
 		 129 aa  108  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.57477 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2544  putative transcriptional regulator  40.15 
 
 		 144 aa  106  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.581927  normal  0.0799833 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2341  putative transcriptional regulator  40.15 
 
 		 144 aa  106  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.913321  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2434  putative transcriptional regulator  40.15 
 
 		 144 aa  106  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.15787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2386  putative transcriptional regulator  39.42 
 
 		 144 aa  105  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.52583 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2925  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.79 
 
 		 114 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000036816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3752  XRE family transcriptional regulator  29 
 
 		 114 aa  50.4  0.000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0339  transcriptional regulator, XRE family  34.67 
 
 		 115 aa  49.7  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.852602 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4330  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  31.87 
 
 		 104 aa  49.7  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.506544 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4036  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  31.87 
 
 		 104 aa  49.7  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.449171  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2636  XRE family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 121 aa  48.5  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000270139  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0110  transcriptional regulator, XRE family  34.67 
 
 		 115 aa  48.1  0.00004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1468  transcriptional regulator, XRE family  29.63 
 
 		 125 aa  47.4  0.00006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000041852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1136  DNA-binding protein  33.77 
 
 		 101 aa  47.4  0.00007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.632905  normal  0.0362151 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3780  XRE family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 122 aa  46.2  0.0002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2265  helix-turn-helix domain-containing protein  32 
 
 		 115 aa  44.7  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0613  putative transcriptional regulator, XRE family  30.23 
 
 		 123 aa  44.3  0.0006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2665  DNA-binding protein  33.75 
 
 		 120 aa  43.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.292881  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0102  XRE family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 115 aa  42.4  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0467204  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4364  hypothetical protein  31.08 
 
 		 107 aa  40.8  0.007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0236727  normal  0.119963 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5438  XRE family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 168 aa  40.4  0.009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04070  transcriptional regulator  31.08 
 
 		 96 aa  40  0.01  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>