More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_2873 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_2873  RNA methyltransferase, TrmA family  100 
 
 
428 aa  843    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.608612  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1927  23S rRNA methyltransferase/RumA  65.79 
 
 
419 aa  543  1e-153  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.317953  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6757  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  59.07 
 
 
415 aa  463  1e-129  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2283  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  57.46 
 
 
407 aa  445  1.0000000000000001e-124  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.393981 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1715  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  55.1 
 
 
449 aa  437  1e-121  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.167025  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1643  RNA methyltransferase, TrmA family  54.82 
 
 
455 aa  408  1e-113  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0689931 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1396  RNA methyltransferase  48.81 
 
 
397 aa  362  6e-99  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.671396  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1564  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  53.19 
 
 
450 aa  360  2e-98  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.361248 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24220  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  51.45 
 
 
399 aa  342  8e-93  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.553679  normal  0.147194 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1879  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  51.52 
 
 
440 aa  336  5e-91  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.160336  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1523  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  48.88 
 
 
411 aa  332  7.000000000000001e-90  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1488  deoxyribonuclease  49.64 
 
 
412 aa  328  1.0000000000000001e-88  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.290236  normal  0.555959 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5189  deoxyribonuclease  46.68 
 
 
517 aa  320  3e-86  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.186668  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4525  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  46.06 
 
 
387 aa  317  3e-85  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.48067 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1453  deoxyribonuclease  51.17 
 
 
417 aa  315  9.999999999999999e-85  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0082448 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1325  deoxyribonuclease/Rho related TRAM  46.85 
 
 
488 aa  311  1e-83  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.367718  normal  0.30892 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16200  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  45.96 
 
 
442 aa  306  4.0000000000000004e-82  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.808986 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2901  deoxyribonuclease  45.64 
 
 
413 aa  304  2.0000000000000002e-81  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1944  (Uracil-5)-methyltransferase  47.06 
 
 
405 aa  293  5e-78  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.500594  hitchhiker  0.00873961 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1643  deoxyribonuclease  42.79 
 
 
453 aa  291  2e-77  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0120532  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1636  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  41.99 
 
 
465 aa  288  2e-76  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000693583 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3754  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  46.03 
 
 
433 aa  284  2.0000000000000002e-75  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000020273  normal  0.148893 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1914  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  47.14 
 
 
447 aa  278  9e-74  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15760  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  45.04 
 
 
401 aa  277  2e-73  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.230124  normal  0.545948 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1710  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  47.06 
 
 
420 aa  275  1.0000000000000001e-72  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.191392 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14530  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  42.62 
 
 
440 aa  270  5e-71  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1403  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  43.38 
 
 
430 aa  265  2e-69  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.075228  normal  0.736746 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13050  SAM-dependent methyltransferase, tRNA(uracil-5)-methyltransferase  36.92 
 
 
490 aa  239  5.999999999999999e-62  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00461265  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2188  deoxyribonuclease  39.04 
 
 
404 aa  231  2e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.179666  hitchhiker  0.00299032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2199  deoxyribonuclease  39.04 
 
 
404 aa  231  2e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2245  deoxyribonuclease  39.04 
 
 
404 aa  231  2e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12704  hypothetical protein  37.18 
 
 
405 aa  226  5.0000000000000005e-58  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3925  (Uracil-5)-methyltransferase  40.1 
 
 
402 aa  226  7e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0169441  normal  0.531349 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2475  (Uracil-5)-methyltransferase  38.31 
 
 
395 aa  219  6e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.632436  normal  0.804466 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2704  RNA methyltransferase, TrmA family  33.33 
 
 
397 aa  212  1e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000380281  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1197  RNA methyltransferase  29.87 
 
 
454 aa  207  2e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000142692  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0261  SAM-dependent methyltransferase  34.66 
 
 
422 aa  207  3e-52  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0467  RNA methyltransferase, TrmA family  29.17 
 
 
454 aa  206  6e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0170  RNA methyltransferase, TrmA family  32.05 
 
 
405 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0493  TRAM domain protein  34.74 
 
 
471 aa  200  3.9999999999999996e-50  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.214175 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1912  RNA methyltransferase  33.69 
 
 
473 aa  199  7e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000182205  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0232  RNA methyltransferase, TrmA family  28.94 
 
 
419 aa  196  8.000000000000001e-49  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193721  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  30.29 
 
 
453 aa  196  9e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03000  RNA methyltransferase, TrmA family  29.58 
 
 
453 aa  192  1e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1551  RNA methyltransferase  34.26 
 
 
434 aa  189  5.999999999999999e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000011157  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  34.1 
 
 
436 aa  189  8e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06020  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  32.51 
 
 
444 aa  187  4e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.14779  hitchhiker  0.000000000313227 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1225  RNA methyltransferase, TrmA family  30.7 
 
 
457 aa  187  4e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3305  RNA methyltransferase, TrmA family  30.13 
 
 
460 aa  186  5e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0337  RNA methyltransferase, TrmA family  29.87 
 
 
459 aa  186  5e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.95395  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0311  RNA methyltransferase  28.16 
 
 
458 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2259  SAM-dependent methyltransferase related to tRNA (uracil-5-)-methyltransferase-like protein  37.39 
 
 
443 aa  183  6e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0876132  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0313  RNA methyltransferase  28.22 
 
 
458 aa  181  2e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2225  tRNA (uracil-5-) -methyltransferase  31.44 
 
 
419 aa  181  2e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  29.33 
 
 
460 aa  179  5.999999999999999e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0381  RNA methyltransferase, TrmA family  28.22 
 
 
454 aa  179  7e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.432112  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0407  RNA methyltransferase, TrmA family  28 
 
 
458 aa  179  7e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4938  RNA methyltransferase, TrmA family  28.44 
 
 
454 aa  179  7e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0464028  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3145  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.87 
 
 
450 aa  179  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000412374  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0305  RNA methyltransferase  28 
 
 
458 aa  178  1e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0517475  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0363  RNA methyltransferase  27.96 
 
 
460 aa  178  2e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0318  RNA methyltransferase  28 
 
 
458 aa  178  2e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.875741  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0301  RNA methyltransferase  28 
 
 
458 aa  178  2e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0333  RNA methyltransferase  28 
 
 
458 aa  178  2e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0241  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  32.03 
 
 
455 aa  177  2e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.468571  normal  0.547918 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0365  RNA methyltransferase, TrmA family  28 
 
 
458 aa  177  2e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2766  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.43 
 
 
450 aa  177  4e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000280871  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4802  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  27.41 
 
 
485 aa  177  5e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.810738  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0289  RNA methyltransferase  31.65 
 
 
488 aa  176  5e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.198099  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0340  RNA methyltransferase  27.13 
 
 
446 aa  176  7e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0121257  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0678  RNA methyltransferase, TrmA family  26.15 
 
 
415 aa  176  8e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1649  RNA methyltransferase  29.21 
 
 
439 aa  176  9.999999999999999e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1583  RNA methyltransferase, TrmA family  30.38 
 
 
446 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000730131  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3290  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.43 
 
 
450 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0140033  hitchhiker  0.000775175 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1748  RNA methyltransferase  31.28 
 
 
438 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0364333  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1224  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.43 
 
 
450 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00249304  hitchhiker  0.000020369 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1181  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.39 
 
 
445 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0405802  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1192  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  29.91 
 
 
468 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000506489  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2144  RNA methyltransferase  30.68 
 
 
439 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.090086  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09160  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  33.03 
 
 
441 aa  173  5e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0844867 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3147  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.43 
 
 
450 aa  173  5e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0637752  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0357  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  27.57 
 
 
455 aa  172  1e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.820235  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0782  RNA methyltransferase, TrmA family  32.11 
 
 
456 aa  171  2e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.14607  normal  0.115427 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1722  RNA methyltransferase  28.41 
 
 
439 aa  171  3e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2158  RNA methyltransferase, TrmA family  33.78 
 
 
438 aa  171  3e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011697  PHATRDRAFT_16911  predicted protein  33 
 
 
378 aa  171  3e-41  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1248  RNA methyltransferase, TrmA family  32.96 
 
 
461 aa  170  5e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1849  RNA methyltransferase, TrmA family  32.05 
 
 
437 aa  170  5e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0652  RNA methyltransferase, TrmA family  32.15 
 
 
441 aa  169  6e-41  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000483498  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1286  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.16 
 
 
442 aa  169  7e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0270354  unclonable  0.00000000011365 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0348  RNA methyltransferase  27.13 
 
 
455 aa  169  7e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.359971  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1176  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.53 
 
 
463 aa  169  7e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0393959  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2261  RNA methyltransferase  29.01 
 
 
457 aa  169  1e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000592232  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  30.25 
 
 
449 aa  167  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0268238  normal  0.546108 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0850  RNA methyltransferase, TrmA family  31.6 
 
 
407 aa  167  2.9999999999999998e-40  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1110  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.24 
 
 
463 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0371274  normal  0.891306 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1354  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase related enzyme  28.35 
 
 
456 aa  167  4e-40  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.452487  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0963  RNA methyltransferase, TrmA family  33.19 
 
 
457 aa  166  5e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.128465  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1032  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  31.18 
 
 
443 aa  166  8e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0127983  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2249  RNA methyltransferase, TrmA family  27.95 
 
 
458 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.79134  hitchhiker  0.00749966 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>