More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mflv_4571 on replicon NC_009338
Organism: Mycobacterium gilvum PYR-GCK



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
447 aa  874    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  46.05 
 
 
475 aa  191  2e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  32.17 
 
 
409 aa  183  6e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  31.35 
 
 
429 aa  177  4e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  42.19 
 
 
402 aa  174  2.9999999999999996e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  41.05 
 
 
410 aa  174  2.9999999999999996e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2139  diguanylate phosphodiesterase  41.45 
 
 
403 aa  172  1e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.067843  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  42.19 
 
 
413 aa  171  2e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  34.85 
 
 
454 aa  171  3e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  41.8 
 
 
485 aa  170  4e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0172  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  39.13 
 
 
419 aa  168  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0212595  normal  0.381945 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0177  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  38.74 
 
 
419 aa  166  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  34.52 
 
 
425 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.12 
 
 
703 aa  162  1e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2421  diguanylate phosphodiesterase  36.31 
 
 
432 aa  157  3e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0356024  normal  0.0553373 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3854  diguanylate phosphodiesterase  41.45 
 
 
375 aa  155  2e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  42.6 
 
 
385 aa  152  8.999999999999999e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.65 
 
 
710 aa  149  9e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  32.87 
 
 
447 aa  146  6e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  34.57 
 
 
411 aa  144  3e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.25 
 
 
750 aa  143  5e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2526  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  35.71 
 
 
422 aa  143  6e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  38.62 
 
 
407 aa  135  9.999999999999999e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0232  diguanylate phosphodiesterase  37.08 
 
 
352 aa  135  9.999999999999999e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0378  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  30.33 
 
 
475 aa  135  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.150373  normal  0.0425607 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2441  diguanylate phosphodiesterase  38.77 
 
 
443 aa  134  3.9999999999999996e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.05 
 
 
583 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
583 aa  130  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0529  diguanylate phosphodiesterase  36.97 
 
 
378 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.907499  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  33.05 
 
 
584 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.05 
 
 
584 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.05 
 
 
590 aa  128  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.05 
 
 
753 aa  127  5e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  35.29 
 
 
475 aa  127  5e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4614  diguanylate phosphodiesterase  37.5 
 
 
378 aa  126  7e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.63 
 
 
584 aa  126  9e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.47 
 
 
585 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.47 
 
 
585 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.47 
 
 
585 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.47 
 
 
585 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0300  diguanylate phosphodiesterase  39.34 
 
 
362 aa  124  2e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.907769  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.02 
 
 
786 aa  124  3e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3633  diguanylate phosphodiesterase  36.91 
 
 
453 aa  124  5e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.44 
 
 
883 aa  124  5e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0122  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.06 
 
 
515 aa  123  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.907666  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  33.47 
 
 
584 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  32.26 
 
 
284 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1097  diguanylate phosphodiesterase  38.03 
 
 
456 aa  121  3e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1691  diguanylate phosphodiesterase  38.03 
 
 
366 aa  120  4.9999999999999996e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000214274 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.62 
 
 
766 aa  120  6e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.79 
 
 
581 aa  119  9e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3883  diguanylate phosphodiesterase  36.59 
 
 
442 aa  119  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.385825  decreased coverage  0.00073239 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.08 
 
 
773 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.76 
 
 
580 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0317  GGDEF family protein  32.92 
 
 
481 aa  119  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.33 
 
 
797 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.17 
 
 
632 aa  117  3.9999999999999997e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.61 
 
 
590 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1803  diguanylate phosphodiesterase  36.19 
 
 
382 aa  116  7.999999999999999e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.507868 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.73 
 
 
541 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0207  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.74 
 
 
536 aa  114  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.155784  normal  0.372054 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  31.9 
 
 
582 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2156  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.8 
 
 
904 aa  114  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.145891  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1402  diguanylate phosphodiesterase  35.55 
 
 
372 aa  114  3e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.281797  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.77 
 
 
611 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  29.91 
 
 
409 aa  112  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4439  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.32 
 
 
657 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3642  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.41 
 
 
526 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.84 
 
 
572 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1731  diguanylate phosphodiesterase  37.44 
 
 
378 aa  110  5e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1358  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.92 
 
 
723 aa  110  5e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.48099  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  30.8 
 
 
997 aa  110  7.000000000000001e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.166586  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.14 
 
 
610 aa  109  9.000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.04 
 
 
615 aa  109  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1993  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.18 
 
 
1034 aa  109  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.717773  normal  0.933886 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.14 
 
 
633 aa  108  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  31.47 
 
 
601 aa  109  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003067  hypothetical protein  28.87 
 
 
818 aa  108  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000138455  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1508  hypothetical protein  31.45 
 
 
840 aa  108  2e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  34.31 
 
 
416 aa  108  2e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.35 
 
 
535 aa  108  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2658  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.17 
 
 
641 aa  108  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.47 
 
 
616 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.18 
 
 
594 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.18 
 
 
594 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.04 
 
 
613 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3092  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.15 
 
 
601 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.275422  normal  0.0228529 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.01 
 
 
512 aa  108  2e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.04 
 
 
613 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.13 
 
 
606 aa  108  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.44 
 
 
584 aa  108  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0346  diguanylate phosphodiesterase  33.62 
 
 
250 aa  107  3e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.160431  normal  0.561605 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00175  hypothetical protein ycgF  33.62 
 
 
390 aa  107  3e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.61 
 
 
613 aa  108  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.65 
 
 
449 aa  107  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.97576 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0330  diguanylate cyclase  30.26 
 
 
433 aa  107  5e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1403  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.71 
 
 
567 aa  107  6e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0679086  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.03 
 
 
616 aa  106  7e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1286  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.53 
 
 
706 aa  106  7e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.780244 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1264  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  30.77 
 
 
521 aa  106  7e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0322571  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>