More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A1332 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007355  Mbar_A1332  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 269 aa  553  1e-157  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1625  tRNA pseudouridine synthase A  61.71 
 
 		 275 aa  355  5.999999999999999e-97  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.875957  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0989  tRNA pseudouridine synthase A  41.04 
 
 		 267 aa  202  7e-51  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2301  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.74 
 
 		 270 aa  169  6e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2400  tRNA pseudouridine synthase ACD  41 
 
 		 276 aa  168  7e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2714  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.15 
 
 		 280 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.971768  normal  0.823422 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0217  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.06 
 
 		 276 aa  156  4e-37  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2002  tRNA pseudouridine synthase A  35.47 
 
 		 275 aa  143  3e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.402759  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  35.74 
 
 		 273 aa  140  1.9999999999999998e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 262 aa  135  5e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1051  tRNA pseudouridine synthase A  38.58 
 
 		 255 aa  135  6.0000000000000005e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000873816  hitchhiker  0.00519599 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  32.95 
 
 		 262 aa  134  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1675  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.84 
 
 		 281 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.352236  hitchhiker  0.000000344781 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  34.67 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  36.15 
 
 		 259 aa  133  3e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.78 
 
 		 244 aa  132  5e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4968  tRNA pseudouridine synthase A  32.73 
 
 		 298 aa  132  6.999999999999999e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803704  normal  0.567804 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  34.52 
 
 		 259 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  34.08 
 
 		 271 aa  131  1.0000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  35.57 
 
 		 288 aa  130  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  33.82 
 
 		 297 aa  129  3e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1665  tRNA pseudouridine synthase A  36.21 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.298328  normal  0.709625 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1404  tRNA pseudouridine synthase A  34.66 
 
 		 262 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.43342  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  33.86 
 
 		 274 aa  129  4.0000000000000003e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  33.21 
 
 		 268 aa  129  6e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  34.8 
 
 		 296 aa  128  8.000000000000001e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  35.27 
 
 		 287 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0684  tRNA pseudouridine synthase A  34.44 
 
 		 262 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  34.88 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  34.9 
 
 		 258 aa  127  3e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  34.5 
 
 		 274 aa  126  3e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  31.82 
 
 		 271 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  38.06 
 
 		 246 aa  125  5e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  32.61 
 
 		 288 aa  126  5e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  38.06 
 
 		 246 aa  125  5e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 282 aa  125  6e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  34.68 
 
 		 248 aa  125  6e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1272  tRNA pseudouridine synthase A  34.02 
 
 		 262 aa  125  8.000000000000001e-28  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1305  tRNA pseudouridine synthase A  37.28 
 
 		 263 aa  125  8.000000000000001e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0505813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  35.41 
 
 		 274 aa  125  9e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  34.11 
 
 		 274 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  34.87 
 
 		 285 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 261 aa  124  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.21 
 
 		 246 aa  124  2e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0213  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.5 
 
 		 255 aa  123  3e-27  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0717474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  33.84 
 
 		 284 aa  123  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  36.03 
 
 		 261 aa  123  3e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  36.03 
 
 		 261 aa  123  3e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  34.8 
 
 		 259 aa  123  3e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  33.08 
 
 		 274 aa  123  4e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3371  Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain protein  31.13 
 
 		 295 aa  123  4e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1438  tRNA pseudouridine synthase A  31.64 
 
 		 299 aa  122  5e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  36.19 
 
 		 250 aa  122  5e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  34.48 
 
 		 285 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  33.98 
 
 		 332 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  33.07 
 
 		 261 aa  122  6e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  34.94 
 
 		 274 aa  122  7e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  33.73 
 
 		 274 aa  122  7e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  33.09 
 
 		 300 aa  122  7e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  33.59 
 
 		 286 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  34.75 
 
 		 302 aa  122  8e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  35.37 
 
 		 256 aa  121  9e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 261 aa  121  9e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  33.87 
 
 		 264 aa  121  9.999999999999999e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  34.15 
 
 		 346 aa  121  9.999999999999999e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 284 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  34.01 
 
 		 275 aa  121  9.999999999999999e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  34 
 
 		 270 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.05 
 
 		 278 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0746  tRNA pseudouridine synthase A  35.12 
 
 		 247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.57289e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  33.86 
 
 		 264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  35.34 
 
 		 247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  32.67 
 
 		 271 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  32.67 
 
 		 270 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  32.67 
 
 		 270 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  32.67 
 
 		 270 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  32.67 
 
 		 271 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  32.67 
 
 		 270 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  35.88 
 
 		 257 aa  120  3e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1280  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.71 
 
 		 255 aa  120  3e-26  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.528542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  32.67 
 
 		 270 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  35.89 
 
 		 247 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  35.63 
 
 		 244 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  34.4 
 
 		 245 aa  119  3.9999999999999996e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 		 244 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  32.54 
 
 		 261 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1358  Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain protein  31.63 
 
 		 293 aa  119  4.9999999999999996e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21360  pseudouridylate synthase I  34.88 
 
 		 271 aa  119  4.9999999999999996e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0418388  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  34.66 
 
 		 244 aa  119  6e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  31.5 
 
 		 286 aa  119  6e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  32.67 
 
 		 273 aa  119  6e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  33.86 
 
 		 264 aa  119  6e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  36.89 
 
 		 262 aa  119  7e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1525  Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain protein  34.27 
 
 		 253 aa  119  7e-26  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  31.49 
 
 		 305 aa  118  7.999999999999999e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.18 
 
 		 245 aa  118  9e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  34.39 
 
 		 261 aa  118  9e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 261 aa  118  9e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  35.74 
 
 		 256 aa  118  9.999999999999999e-26  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  34.52 
 
 		 261 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>