77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0734 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0734  hypothetical protein  100 
 
 		 322 aa  668    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00313074 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0499  hypothetical protein  87.03 
 
 		 314 aa  561  1.0000000000000001e-159  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.12041 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0081  putative transcriptional regulator  47.62 
 
 		 485 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0507  divergent AAA ATPase  49.04 
 
 		 483 aa  276  3e-73  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1448  putative transcriptional regulator  43.96 
 
 		 499 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2841  putative transcriptional regulator  50 
 
 		 458 aa  225  7e-58  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1518  putative transcriptional regulator  43.56 
 
 		 498 aa  192  5e-48  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1526  hypothetical protein  30.74 
 
 		 479 aa  92.8  7e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000462658 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1151  putative transcriptional regulator  38.46 
 
 		 163 aa  89.4  8e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.796033  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1512  hypothetical protein  31.86 
 
 		 205 aa  87.8  2e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000398828 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1900  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 235 aa  84  0.000000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  31.63 
 
 		 471 aa  83.2  0.000000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1129  putative transcriptional regulator  28.53 
 
 		 475 aa  81.3  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1455  putative transcriptional regulator  27.19 
 
 		 462 aa  80.5  0.00000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.551479  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1442  putative transcriptional regulator  33.15 
 
 		 179 aa  79  0.00000000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.174076  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  28.39 
 
 		 467 aa  75.5  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  26.32 
 
 		 480 aa  73.6  0.000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  25.59 
 
 		 480 aa  71.2  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0363  divergent AAA ATPase  48.75 
 
 		 95 aa  71.6  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0538  putative transcriptional regulator  30.96 
 
 		 622 aa  70.1  0.00000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.141611  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5660  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 643 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.449739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3556  putative transcriptional regulator  30.16 
 
 		 620 aa  68.2  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1179  putative transcriptional regulator  30.16 
 
 		 620 aa  68.2  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.379581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0048  putative transcriptional regulator  28.64 
 
 		 656 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1467  putative transcriptional regulator  27.59 
 
 		 508 aa  66.6  0.0000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0052  putative transcriptional regulator  28.17 
 
 		 656 aa  65.9  0.0000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0182  putative transcriptional regulator  25.48 
 
 		 478 aa  65.9  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1812  hypothetical protein  47.06 
 
 		 224 aa  64.3  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3241  filamentation induced by cAMP protein Fic  46.58 
 
 		 175 aa  62  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2669  Fic family protein  42.5 
 
 		 330 aa  62  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2367  putative transcriptional regulator  25.34 
 
 		 509 aa  61.2  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0482  divergent AAA ATP  25.64 
 
 		 475 aa  61.6  0.00000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  26.54 
 
 		 620 aa  60.8  0.00000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1402  putative transcriptional regulator  21.36 
 
 		 551 aa  60.5  0.00000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  25.82 
 
 		 606 aa  59.7  0.00000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 477 aa  58.9  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0057  hypothetical protein  23.96 
 
 		 555 aa  57.8  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  28.45 
 
 		 433 aa  57.8  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1108  hypothetical protein  44.64 
 
 		 122 aa  57.4  0.0000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.617491  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  29.8 
 
 		 481 aa  57.4  0.0000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0085  putative transcriptional regulator  27.03 
 
 		 641 aa  56.6  0.0000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4173  putative transcriptional regulator  27.36 
 
 		 663 aa  55.8  0.0000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.219897  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0634  putative transcriptional regulator  27.01 
 
 		 502 aa  53.5  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1157  transcriptional regulator  28.35 
 
 		 687 aa  53.1  0.000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.033832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  25.31 
 
 		 494 aa  53.1  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1961  putative transcriptional regulator  25.2 
 
 		 515 aa  52.8  0.000009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0558  putative transcriptional regulator  23.71 
 
 		 556 aa  52.4  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411338  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0490  putative transcriptional regulator  25.5 
 
 		 504 aa  52  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0362004 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0416  filamentation induced by cAMP protein Fic  44.68 
 
 		 336 aa  50.4  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3983  putative transcriptional regulator  46.94 
 
 		 484 aa  50.1  0.00005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  24.76 
 
 		 446 aa  50.1  0.00006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28800  hypothetical protein  41.33 
 
 		 331 aa  49.3  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000287413  decreased coverage  0.000000000406133 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4979  putative transcriptional regulator  24.21 
 
 		 586 aa  49.3  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0011144 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0965  putative transcriptional regulator  23.94 
 
 		 522 aa  48.5  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.111949  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3863  filamentation induced by cAMP protein Fic  35.82 
 
 		 334 aa  48.5  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0343511 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0827  ATP-dependent DNA helicase, putative  23.74 
 
 		 526 aa  48.1  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0592  putative transcriptional regulator  24.88 
 
 		 582 aa  47  0.0005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.142374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4927  ATP-dependent DNA helicase recG  25.23 
 
 		 198 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2011  putative transcriptional regulator  36.71 
 
 		 204 aa  45.4  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2380  hypothetical protein  36.71 
 
 		 204 aa  45.4  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3256  putative transcriptional regulator  21.37 
 
 		 545 aa  45.4  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  29.84 
 
 		 469 aa  45.4  0.001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0066  hypothetical protein  31.03 
 
 		 442 aa  45.4  0.001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.144243  hitchhiker  0.00001391 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1538  MloB  22.93 
 
 		 483 aa  45.8  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  unclonable  0.00000000000404574  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0054  putative transcriptional regulator  30.08 
 
 		 226 aa  44.7  0.002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00302392  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3526  putative transcriptional regulator  24.1 
 
 		 459 aa  44.7  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0343  AAA-4 family protein  20.28 
 
 		 548 aa  44.7  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  26.32 
 
 		 485 aa  43.9  0.003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  27.23 
 
 		 467 aa  44.3  0.003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2681  transcriptional regulator  25.26 
 
 		 634 aa  43.5  0.004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0182  putative transcriptional regulator  24.74 
 
 		 473 aa  43.5  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.934205 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3608  putative transcriptional regulator  24.02 
 
 		 628 aa  43.1  0.006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.78709  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0638  putative transcriptional regulator  27.45 
 
 		 488 aa  42.7  0.008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5686  putative transcriptional regulator  23.01 
 
 		 427 aa  42.7  0.008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.146283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  26.97 
 
 		 455 aa  42.7  0.009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1786  putative transcriptional regulator  27.74 
 
 		 519 aa  42.7  0.009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.323375  hitchhiker  0.00000234079 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2244  putative transcriptional regulator  31.03 
 
 		 82 aa  42.4  0.01  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>