More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_0300 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_0300  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
362 aa  686    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.907769  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4614  diguanylate phosphodiesterase  47.04 
 
 
378 aa  224  2e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1097  diguanylate phosphodiesterase  38.78 
 
 
456 aa  210  3e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0529  diguanylate phosphodiesterase  41.93 
 
 
378 aa  206  4e-52  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.907499  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2441  diguanylate phosphodiesterase  40.74 
 
 
443 aa  203  5e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3633  diguanylate phosphodiesterase  41.03 
 
 
453 aa  199  7e-50  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1691  diguanylate phosphodiesterase  39.59 
 
 
366 aa  182  7e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000214274 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1803  diguanylate phosphodiesterase  42.13 
 
 
382 aa  182  1e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.507868 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5253  diguanylate phosphodiesterase  37.68 
 
 
392 aa  174  2.9999999999999996e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.550971 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1731  diguanylate phosphodiesterase  38.62 
 
 
378 aa  160  3e-38  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  42.99 
 
 
402 aa  157  3e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2421  diguanylate phosphodiesterase  42.72 
 
 
432 aa  149  7e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0356024  normal  0.0553373 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2139  diguanylate phosphodiesterase  38.91 
 
 
403 aa  140  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.067843  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1402  diguanylate phosphodiesterase  43.04 
 
 
372 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.281797  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  39.73 
 
 
454 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  40.76 
 
 
409 aa  139  6e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  42.47 
 
 
447 aa  138  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  36.45 
 
 
429 aa  138  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3112  diguanylate phosphodiesterase  44.93 
 
 
244 aa  138  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  37.1 
 
 
284 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.22 
 
 
710 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  37.73 
 
 
425 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  44.69 
 
 
385 aa  132  7.999999999999999e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  38.39 
 
 
582 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  42.92 
 
 
411 aa  131  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  41.4 
 
 
447 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  37.5 
 
 
601 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  40.45 
 
 
475 aa  131  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.87 
 
 
703 aa  130  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  38.6 
 
 
413 aa  129  7.000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  43.81 
 
 
750 aa  127  3e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  38.03 
 
 
485 aa  126  7e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0172  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  36.75 
 
 
419 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0212595  normal  0.381945 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0177  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  35.78 
 
 
419 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  38.71 
 
 
410 aa  120  3.9999999999999996e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0232  diguanylate phosphodiesterase  38.71 
 
 
352 aa  119  6e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.18 
 
 
584 aa  119  6e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  32.27 
 
 
584 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2526  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  38.89 
 
 
422 aa  119  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  31.3 
 
 
409 aa  119  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.98 
 
 
590 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.76 
 
 
580 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.27 
 
 
583 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.27 
 
 
583 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.73 
 
 
585 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.73 
 
 
585 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.73 
 
 
585 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.82 
 
 
584 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.73 
 
 
585 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.05 
 
 
590 aa  116  6e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.13 
 
 
581 aa  116  6e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.74 
 
 
753 aa  115  8.999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  35.56 
 
 
592 aa  114  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  36.77 
 
 
475 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.5 
 
 
883 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  32.48 
 
 
584 aa  113  5e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.46 
 
 
572 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  39.19 
 
 
407 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  34.09 
 
 
379 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  29.74 
 
 
590 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.18 
 
 
797 aa  110  3e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  34.09 
 
 
357 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3854  diguanylate phosphodiesterase  37.33 
 
 
375 aa  110  4.0000000000000004e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3883  diguanylate phosphodiesterase  39.32 
 
 
442 aa  110  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.385825  decreased coverage  0.00073239 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.13 
 
 
632 aa  109  7.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  33.64 
 
 
306 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.11 
 
 
596 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.22 
 
 
605 aa  108  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.62 
 
 
786 aa  107  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.89 
 
 
743 aa  107  3e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  30.39 
 
 
590 aa  107  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 
584 aa  106  7e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  34.67 
 
 
437 aa  105  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.18 
 
 
773 aa  104  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.8 
 
 
606 aa  103  4e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  34.69 
 
 
265 aa  102  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.28 
 
 
766 aa  99.8  6e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0914  EAL domain-containing protein  28.14 
 
 
256 aa  99.4  8e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  33.33 
 
 
283 aa  99.4  8e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  28.95 
 
 
255 aa  99.4  9e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0525  diguanylate phosphodiesterase  32.07 
 
 
251 aa  99  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3107  diguanylate phosphodiesterase  31.2 
 
 
259 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.757565  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0541  diguanylate phosphodiesterase  27.85 
 
 
257 aa  97.1  5e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  34.91 
 
 
332 aa  96.7  6e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0005  diguanylate phosphodiesterase  33.19 
 
 
259 aa  96.3  7e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.162907  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1231  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.33 
 
 
666 aa  96.3  7e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3566  diguanylate phosphodiesterase  32.92 
 
 
265 aa  95.9  8e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333064  normal  0.483567 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0498  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.57 
 
 
454 aa  95.5  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.617113  normal  0.576496 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0541  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.57 
 
 
454 aa  95.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.965104  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3232  diguanylate phosphodiesterase  28.46 
 
 
266 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.72536  normal  0.33635 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1232  diguanylate cyclase  34.2 
 
 
726 aa  94  3e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.17145  normal  0.473143 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4358  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.8 
 
 
868 aa  94.4  3e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0223815  normal  0.0668738 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0601  diguanylate phosphodiesterase  26.94 
 
 
258 aa  94  4e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.02 
 
 
599 aa  93.6  4e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2731  putative diguanylate phosphodiesterase  28.31 
 
 
259 aa  93.2  7e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0545  diguanylate phosphodiesterase  27.4 
 
 
257 aa  92.8  8e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4075  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.24 
 
 
878 aa  92.8  8e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5458  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.82 
 
 
669 aa  92.8  9e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1122  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.33 
 
 
790 aa  92  1e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000184806 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  30.34 
 
 
351 aa  92.4  1e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>