111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2361 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2361  hypothetical protein  100 
 
 		 598 aa  1141    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.210389  normal  0.401092 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5521  TRAG family protein  49.04 
 
 		 604 aa  438  1e-121  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.197372  normal  0.646541 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4273  conjugative transfer gene complex protein  43.08 
 
 		 591 aa  296  6e-79  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4560  putative TraG-family protein  35.6 
 
 		 589 aa  291  2e-77  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0985941 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4500  conjugative transfer gene complex protein  33.22 
 
 		 589 aa  289  1e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.610328  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4219  conjugative transfer gene complex protein  34.39 
 
 		 590 aa  278  1e-73  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0363  type IV secretory pathway VirD4 component  35.02 
 
 		 602 aa  229  1e-58  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.397437  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0263  conjugal transfer protein  32.4 
 
 		 583 aa  216  7e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0192996  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4938  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  31.29 
 
 		 669 aa  181  2.9999999999999997e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06490  type IV secretory pathway, VirD4 component  28.77 
 
 		 634 aa  172  1e-41  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00928914  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8942  conjugative transfer gene complex protein  28.98 
 
 		 613 aa  159  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.312755  normal  0.363977 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2343  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  32.77 
 
 		 592 aa  142  1.9999999999999998e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.970374  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1575  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  32.77 
 
 		 592 aa  141  3.9999999999999997e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.016741  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5436  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  29.48 
 
 		 611 aa  140  4.999999999999999e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.561912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0800  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  35.43 
 
 		 587 aa  138  3.0000000000000003e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06790  hypothetical protein  31.52 
 
 		 594 aa  121  3.9999999999999996e-26  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00130  hypothetical protein  32.15 
 
 		 594 aa  119  1.9999999999999998e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2246  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  27.95 
 
 		 506 aa  108  3e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4706  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  28.7 
 
 		 490 aa  108  4e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.220064  normal  0.843758 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0452  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  27.74 
 
 		 621 aa  105  3e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0689  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  30.26 
 
 		 636 aa  102  2e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.01424  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1381  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  29.82 
 
 		 656 aa  100  8e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0604  hypothetical protein  31.09 
 
 		 399 aa  97.1  9e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1438  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  29.85 
 
 		 562 aa  90.5  8e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00273235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3305  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  26.58 
 
 		 690 aa  87.8  5e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000882445  normal  0.114382 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1576  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  27.53 
 
 		 453 aa  85.9  0.000000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.540203  n/a   
 
 
-
 
NC_008770  CJJ81176_pVir0007  hypothetical protein  20.51 
 
 		 628 aa  82  0.00000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0365  TRAG protein  27.75 
 
 		 661 aa  82  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00756366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  27.32 
 
 		 687 aa  77.8  0.0000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  26.42 
 
 		 664 aa  74.7  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  23.9 
 
 		 670 aa  73.2  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  24.88 
 
 		 648 aa  72.4  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  26.42 
 
 		 662 aa  72  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  25.57 
 
 		 661 aa  71.6  0.00000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  23.25 
 
 		 651 aa  71.2  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  24.88 
 
 		 663 aa  71.2  0.00000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  25.57 
 
 		 661 aa  70.5  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  25 
 
 		 661 aa  69.3  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  21.55 
 
 		 699 aa  68.2  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  26.05 
 
 		 666 aa  68.6  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  27.86 
 
 		 660 aa  68.2  0.0000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2738  TRAG family protein  21.74 
 
 		 606 aa  67.4  0.0000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  25 
 
 		 659 aa  67.4  0.0000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  25.45 
 
 		 573 aa  67.4  0.0000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  21.41 
 
 		 699 aa  67  0.0000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  24.41 
 
 		 665 aa  66.6  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  27.17 
 
 		 661 aa  66.6  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  22.35 
 
 		 695 aa  66.2  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  25.85 
 
 		 666 aa  65.5  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  26.61 
 
 		 661 aa  65.9  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1514  TRAG family protein  21.86 
 
 		 606 aa  66.2  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  24.45 
 
 		 669 aa  65.5  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  26.05 
 
 		 659 aa  65.5  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  21.67 
 
 		 678 aa  64.7  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  26.32 
 
 		 674 aa  64.7  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  25.56 
 
 		 663 aa  65.1  0.000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  25.56 
 
 		 663 aa  65.1  0.000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  26.22 
 
 		 666 aa  64.7  0.000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  24.72 
 
 		 662 aa  63.9  0.000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  25.46 
 
 		 668 aa  63.5  0.000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  23.71 
 
 		 593 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  27.3 
 
 		 700 aa  63.2  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  26.43 
 
 		 676 aa  63.5  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  24.72 
 
 		 661 aa  62.8  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  24.38 
 
 		 660 aa  62.4  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  24.72 
 
 		 661 aa  61.6  0.00000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  23.63 
 
 		 576 aa  61.6  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  24.72 
 
 		 664 aa  61.6  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  25.95 
 
 		 662 aa  61.6  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  24.65 
 
 		 664 aa  61.6  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  25.27 
 
 		 666 aa  61.6  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  24.72 
 
 		 664 aa  61.2  0.00000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  25.28 
 
 		 660 aa  61.2  0.00000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  25 
 
 		 665 aa  61.2  0.00000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  24.34 
 
 		 713 aa  60.8  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  23.58 
 
 		 723 aa  60.8  0.00000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  24.72 
 
 		 666 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  21.5 
 
 		 583 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  25 
 
 		 675 aa  58.9  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  25.41 
 
 		 660 aa  59.7  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  24.44 
 
 		 670 aa  58.5  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0788  TRAG family protein  23.7 
 
 		 590 aa  58.2  0.0000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  24.44 
 
 		 673 aa  58.2  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0479  TRAG family protein  26.54 
 
 		 531 aa  58.2  0.0000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.903949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  24.59 
 
 		 672 aa  57.4  0.0000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  24.72 
 
 		 667 aa  57.4  0.0000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  24.72 
 
 		 669 aa  57  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  22.95 
 
 		 594 aa  56.6  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  26.32 
 
 		 509 aa  57  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  21.6 
 
 		 648 aa  54.3  0.000007  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1362  TRAG family protein  23.73 
 
 		 663 aa  53.9  0.000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.824009  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  23.39 
 
 		 554 aa  51.2  0.00005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18910  type IV secretory pathway, VirD4 component  22.17 
 
 		 627 aa  50.8  0.00007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.755696  normal  0.106526 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0821  TRAG family protein  21.85 
 
 		 673 aa  50.8  0.00007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.153462  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6559  TRAG family protein  24.43 
 
 		 561 aa  50.4  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  31.78 
 
 		 575 aa  49.7  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5517  conjugal transfer coupling protein TraG  24.38 
 
 		 665 aa  49.7  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0112559 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6360  TRAG family protein  25.58 
 
 		 579 aa  48.5  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3655  TRAG family protein  23.04 
 
 		 667 aa  48.1  0.0004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291322  decreased coverage  0.00000244512 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0843  TRAG family protein  26.26 
 
 		 682 aa  48.1  0.0005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>