More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcE24377A_0981 on replicon NC_009801
Organism: Escherichia coli E24377A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009801  EcE24377A_0981  phage integrase family site specific recombinase  100 
 
 		 331 aa  690    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.896677  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2810  integrase  58.15 
 
 		 336 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4348  site-specific recombinase, phage integrase family  55.38 
 
 		 326 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.175546  hitchhiker  0.00000000567763 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4307  phage integrase family site specific recombinase  55.38 
 
 		 326 aa  369  1e-101  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0756066  hitchhiker  0.00146275 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3066  integrase  53.07 
 
 		 337 aa  353  2e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0315896  hitchhiker  0.000000103666 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3848  integrase family protein  48.16 
 
 		 327 aa  334  1e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.250043  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1917  integrase  44.51 
 
 		 375 aa  286  2e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2932  integrase family protein  42.72 
 
 		 318 aa  278  8e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2882  phage integrase  39.71 
 
 		 341 aa  249  5e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.948794  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3066  phage integrase  39.83 
 
 		 341 aa  249  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2622  integrase family protein  40.18 
 
 		 335 aa  248  1e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.647869  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1079  integrase  38.53 
 
 		 343 aa  248  1e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3507  phage integrase family protein  39.59 
 
 		 345 aa  246  4.9999999999999997e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000014558 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3514  phage integrase family protein  39.17 
 
 		 336 aa  243  1.9999999999999999e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.123025  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1340  phage integrase family protein  37.13 
 
 		 339 aa  243  3.9999999999999997e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.755571  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2951  phage integrase  38.82 
 
 		 336 aa  239  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.339524  hitchhiker  3.4545800000000002e-18 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00832  hypothetical protein  36.36 
 
 		 338 aa  236  4e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0428035  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2649  integrase family protein  39.4 
 
 		 333 aa  236  4e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.413706  hitchhiker  0.000000656425 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5040  prophage CP-933T integrase  37.75 
 
 		 371 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.530892  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0909  phage integrase family site specific recombinase  36.58 
 
 		 343 aa  235  6e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.046478  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2795  integrase family protein  36.87 
 
 		 350 aa  235  9e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0861235  normal  0.105042 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2110  phage integrase family protein  40.18 
 
 		 335 aa  229  3e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.717737  hitchhiker  0.00928356 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2307  integrase family protein  37.72 
 
 		 335 aa  228  9e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.109793  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3152  integrase family protein  37.68 
 
 		 352 aa  228  1e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0716  integrase  36.89 
 
 		 394 aa  225  8e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0269  integrase family protein  36.23 
 
 		 405 aa  220  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0900  phage integrase family site specific recombinase  38.99 
 
 		 334 aa  218  1e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.198351  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48880  putative bacteriophage integrase  37.76 
 
 		 338 aa  217  2e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000942528  hitchhiker  0.000000101575 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00815  integrase for prophage  36.91 
 
 		 314 aa  215  9e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0720843  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1008  phage integrase  36.95 
 
 		 347 aa  212  7e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05002  integrase  34.68 
 
 		 345 aa  210  3e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0882  integrase family protein  37 
 
 		 313 aa  194  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5364  integrase  33.53 
 
 		 332 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.301624  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53570  putative integrase  37.55 
 
 		 258 aa  162  7e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000326616  decreased coverage  0.0000890956 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0092  Fels-2 prophage protein  40.91 
 
 		 191 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000678287  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1314  phage integrase  49.17 
 
 		 121 aa  123  5e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0188949  normal  0.27853 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  25.53 
 
 		 337 aa  117  3.9999999999999997e-25  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63440  bacteriophage integrase  45.54 
 
 		 126 aa  102  7e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3056  integrase family protein  48.28 
 
 		 164 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0372474 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  30.7 
 
 		 251 aa  91.7  1e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  27.72 
 
 		 421 aa  91.7  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  29.36 
 
 		 367 aa  88.6  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  27.24 
 
 		 353 aa  85.9  8e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  26.34 
 
 		 295 aa  84.3  0.000000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  27.84 
 
 		 429 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  26.95 
 
 		 337 aa  82.8  0.000000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  27.4 
 
 		 397 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0669  phage integrase family protein  28.79 
 
 		 343 aa  81.6  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28710  site-specific recombinase XerD  26.04 
 
 		 370 aa  81.6  0.00000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.870092  normal  0.942592 
 
 
-
 
NC_004310  BR0636  phage integrase family site specific recombinase  30.52 
 
 		 308 aa  80.5  0.00000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0631  phage integrase family site specific recombinase  30.52 
 
 		 308 aa  80.5  0.00000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.45439  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  30.91 
 
 		 411 aa  78.6  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  28.23 
 
 		 402 aa  78.6  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3561  Phage integrase  25.85 
 
 		 275 aa  77.8  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1465  integrase family protein  28.05 
 
 		 334 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.890522 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5304  site-specific recombinase, phage integrase family  24.9 
 
 		 322 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  27.11 
 
 		 404 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  27.27 
 
 		 393 aa  76.6  0.0000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1556  site-specific recombinase, phage integrase family  27.82 
 
 		 331 aa  76.3  0.0000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2647  phage integrase family protein  29.63 
 
 		 315 aa  76.3  0.0000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1271  integrase family protein  27.82 
 
 		 331 aa  76.3  0.0000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.828065  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  27.47 
 
 		 354 aa  75.9  0.0000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  27.47 
 
 		 354 aa  75.9  0.0000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  29.82 
 
 		 282 aa  74.7  0.000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  28.16 
 
 		 308 aa  74.7  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1313  putative integrase  28.25 
 
 		 172 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0718359  normal  0.288713 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3398  phage integrase family site specific recombinase  26.75 
 
 		 407 aa  73.9  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3398  integrase  27.39 
 
 		 293 aa  72.4  0.000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.292469  normal  0.438437 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1617  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.76 
 
 		 330 aa  72  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000155402  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2244  phage integrase family protein  26.72 
 
 		 348 aa  72.4  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.16735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0370  phage integrase family protein  27.06 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  26.1 
 
 		 295 aa  70.9  0.00000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  27.78 
 
 		 305 aa  70.9  0.00000000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  27.13 
 
 		 295 aa  71.2  0.00000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2538  integrase family protein  28.63 
 
 		 263 aa  70.5  0.00000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3891  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.74 
 
 		 317 aa  70.5  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125291  decreased coverage  0.00274094 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4159  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.4 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.937296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4229  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.4 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1439  integrase family protein  26.14 
 
 		 317 aa  70.1  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.110569  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4277  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.4 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.4 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.225708  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4336  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.4 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0787  formylmethanofuran dehydrogenase subunit E-like protein  25.85 
 
 		 320 aa  69.7  0.00000000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.00453269  unclonable  0.000000000000100471 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1659  tyrosine recombinase XerD  25.99 
 
 		 254 aa  69.7  0.00000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5294  integrase family protein  33.76 
 
 		 268 aa  69.7  0.00000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.2 
 
 		 299 aa  69.3  0.00000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.2 
 
 		 299 aa  69.3  0.00000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  24.84 
 
 		 340 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.4 
 
 		 299 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  23.45 
 
 		 308 aa  68.9  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  27.42 
 
 		 295 aa  68.9  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.6 
 
 		 299 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  30 
 
 		 299 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.2 
 
 		 299 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  26.45 
 
 		 296 aa  67.8  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.2 
 
 		 299 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  26.83 
 
 		 285 aa  68.2  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0651  tyrosine recombinase XerD  24.11 
 
 		 297 aa  68.2  0.0000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0950079  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2157  phage integrase  23.89 
 
 		 363 aa  67.8  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0421336  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  27.35 
 
 		 397 aa  68.2  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.887583 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>