More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4202 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4202  integrase family protein  100 
 
 		 406 aa  838    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5219  integrase family protein  56.93 
 
 		 406 aa  504  9.999999999999999e-143  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.759008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2366  integrase family protein  51.88 
 
 		 415 aa  441  9.999999999999999e-123  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0952  integrase family protein  49.39 
 
 		 412 aa  403  1e-111  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.571908  normal  0.0199815 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4345  phage integrase family protein  48.76 
 
 		 435 aa  393  1e-108  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11843  putative transposase  40.1 
 
 		 416 aa  299  5e-80  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.383494  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0145  integrase family protein  34.99 
 
 		 411 aa  238  1e-61  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.468231  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0539  integrase family protein  32.86 
 
 		 436 aa  223  3e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.19804 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0890  integrase family protein  32.86 
 
 		 436 aa  219  7.999999999999999e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.304857  normal  0.483711 
 
 
-
 
NC_002950  PG1113  integrase  32.51 
 
 		 407 aa  210  3e-53  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0974  integrase family protein  30.95 
 
 		 430 aa  208  2e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0711773  normal  0.0223597 
 
 
-
 
NC_002950  PG1435  integrase  34.66 
 
 		 408 aa  202  8e-51  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.102507 
 
 
-
 
NC_002950  PG0819  integrase  31.39 
 
 		 409 aa  195  1e-48  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1454  integrase  31.39 
 
 		 409 aa  195  1e-48  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3248  integrase family protein  30.75 
 
 		 437 aa  190  5e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0820  integrase  27.43 
 
 		 400 aa  132  1.0000000000000001e-29  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1453  integrase  27.43 
 
 		 400 aa  132  1.0000000000000001e-29  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2069  phage integrase family protein  29.08 
 
 		 419 aa  97.4  4e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0530977  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5336  integrase family protein  29.92 
 
 		 378 aa  96.3  8e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.850487 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1729  hypothetical protein  27.27 
 
 		 404 aa  94.7  2e-18  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000763037 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3099  integrase family protein  27.65 
 
 		 441 aa  92.8  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.979662 
 
 
-
 
NC_002950  PG0838  integrase  29.86 
 
 		 432 aa  91.3  3e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.116388 
 
 
-
 
NC_002950  PG0874  mobilizable transposon, int protein  28.43 
 
 		 367 aa  88.2  2e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0746163 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5173  integrase family protein  25.62 
 
 		 411 aa  88.6  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.54702 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2705  phage integrase family protein  30.11 
 
 		 386 aa  85.9  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.248695  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00445  tyrosine type site-specific recombinase  23.85 
 
 		 405 aa  82  0.00000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.459489  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0211  integrase family protein  27.25 
 
 		 384 aa  81.3  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000967186 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2633  phage integrase family protein  29.07 
 
 		 419 aa  78.6  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1600  phage integrase family protein  26.37 
 
 		 404 aa  78.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3281  integrase family protein  33.14 
 
 		 372 aa  78.2  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.739809 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4262  integrase family protein  26.24 
 
 		 379 aa  77  0.0000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3592  phage integrase family protein  28.68 
 
 		 419 aa  76.6  0.0000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4000  phage integrase family protein  25.95 
 
 		 389 aa  77  0.0000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6168  integrase family protein  24.05 
 
 		 411 aa  75.9  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1173  phage integrase family site specific recombinase  27.49 
 
 		 354 aa  70.9  0.00000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5872  integrase family protein  29.08 
 
 		 433 aa  70.1  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03935  integrase  26.87 
 
 		 406 aa  68.2  0.0000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.439206  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2090  integrase family protein  26.67 
 
 		 392 aa  67  0.0000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.30003  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1462  Tn5520-like integrase (transfer factor)  26.36 
 
 		 402 aa  64.7  0.000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.174557  normal  0.0965208 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  26.36 
 
 		 297 aa  61.2  0.00000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0063  integrase family protein  25.1 
 
 		 409 aa  61.2  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008696  Tpen_1891  phage integrase family protein  26.82 
 
 		 278 aa  59.3  0.0000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0850  integrase family protein  21.36 
 
 		 429 aa  57.4  0.0000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  28.03 
 
 		 404 aa  57.8  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5531  integrase family protein  24.55 
 
 		 461 aa  57  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000725821  normal  0.462507 
 
 
-
 
NC_002620  TC0626  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.19 
 
 		 315 aa  56.6  0.0000007  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  25.8 
 
 		 302 aa  56.6  0.0000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0585  integrase family protein  25.84 
 
 		 251 aa  55.8  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3762  phage integrase  24.02 
 
 		 379 aa  55.1  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.288729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  26.55 
 
 		 298 aa  55.5  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  28.89 
 
 		 411 aa  55.5  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0287  site-specific recombinase, phage integrase family  34.38 
 
 		 412 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3658  putative bacteriophage integrase  29.27 
 
 		 444 aa  54.7  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2809  phage integrase family protein  26.06 
 
 		 311 aa  54.7  0.000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3139  phage integrase family protein  28.33 
 
 		 344 aa  54.7  0.000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.424721  normal  0.214127 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0092  integrase family protein  27.53 
 
 		 270 aa  54.3  0.000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.554655  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1953  integrase family protein  21.91 
 
 		 405 aa  54.3  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.247559  normal  0.500213 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1016  integrase family protein  25.77 
 
 		 412 aa  54.3  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0590  tyrosine recombinase XerD  24.4 
 
 		 306 aa  53.9  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3062  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.65 
 
 		 308 aa  53.9  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  21.6 
 
 		 295 aa  53.5  0.000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0608  phage integrase family protein  28.93 
 
 		 348 aa  52.8  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6131  integrase family protein  24.07 
 
 		 305 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2499  phage integrase family protein  28.33 
 
 		 381 aa  52.8  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.005662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0023  integrase family protein  24.31 
 
 		 291 aa  52.8  0.00001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0569  integrase family protein  25 
 
 		 251 aa  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0286562 
 
 
-
 
NC_002978  WD0752  phage integrase family site specific recombinase  23.02 
 
 		 309 aa  52  0.00002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.232674  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25380  tyrosine recombinase XerD subunit  23.6 
 
 		 311 aa  52  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.732719 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4727  integrase family protein  26.9 
 
 		 608 aa  52  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  23.47 
 
 		 305 aa  52  0.00002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2671  integrase family protein  26.9 
 
 		 608 aa  52  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.54 
 
 		 298 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  22.64 
 
 		 313 aa  51.6  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  22.22 
 
 		 307 aa  52  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2584  integrase family protein  26.9 
 
 		 608 aa  52  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1347  tyrosine recombinase XerD  25.11 
 
 		 306 aa  51.6  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.816733  normal  0.74121 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  28.16 
 
 		 284 aa  51.2  0.00003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  23.85 
 
 		 397 aa  51.6  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1428  phage integrase  23.43 
 
 		 317 aa  50.4  0.00005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473602  normal  0.0585003 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  24.27 
 
 		 302 aa  50.4  0.00005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6605  integrase family protein  25.85 
 
 		 292 aa  50.4  0.00006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0880  phage integrase family protein  24.55 
 
 		 291 aa  50.4  0.00006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0027577 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7462  integrase family protein  25.85 
 
 		 292 aa  50.4  0.00006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.105755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.05 
 
 		 317 aa  50.4  0.00006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7619  integrase family protein  25.85 
 
 		 292 aa  50.4  0.00006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.192826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_5002  hypothtical protein  21.5 
 
 		 308 aa  50.1  0.00007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0748381  hitchhiker  0.0000000255834 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.63 
 
 		 298 aa  50.1  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  27.71 
 
 		 325 aa  50.1  0.00007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  20.63 
 
 		 308 aa  50.1  0.00008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1821  integrase family protein  35.38 
 
 		 307 aa  50.1  0.00008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0364742  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1639  integrase family protein  29.63 
 
 		 301 aa  49.7  0.00008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0514216  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.57 
 
 		 314 aa  49.7  0.00009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  25.19 
 
 		 291 aa  49.7  0.00009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.93 
 
 		 296 aa  48.9  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.93 
 
 		 296 aa  48.9  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.32 
 
 		 298 aa  49.7  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.32 
 
 		 298 aa  49.3  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.32 
 
 		 298 aa  49.3  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.93 
 
 		 296 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.93 
 
 		 296 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>